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- PDB-6u97: Structure of OmcF_H47I mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u97
タイトルStructure of OmcF_H47I mutant
要素Lipoprotein cytochrome c, 1 heme-binding site
キーワードELECTRON TRANSPORT / OmcF / redox-Bohr effect
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid lumen / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Lipoprotein cytochrome c, 1 heme-binding site
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Pokkuluri, P.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2019
タイトル: Modulation of the Redox Potential and Electron/Proton Transfer Mechanisms in the Outer Membrane Cytochrome OmcF FromGeobacter sulfurreducens.
著者: Teixeira, L.R. / Cordas, C.M. / Fonseca, M.P. / Duke, N.E.C. / Pokkuluri, P.R. / Salgueiro, C.A.
履歴
登録2019年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein cytochrome c, 1 heme-binding site
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1403
ポリマ－8,4281
非ポリマー7132
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 1
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.186, 39.019, 49.218
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein cytochrome c, 1 heme-binding site


分子量: 8427.596 Da / 分子数: 1 / 変異: H47I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (strain ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA) (バクテリア)
株: ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA / 遺伝子: omcF, GSU2432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74AE4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.44 % / 解説: needle clusters
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 2% (v/v) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→50 Å / Num. obs: 31673 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 10.02 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.929 / Net I/σ(I): 42.5
反射 シェル解像度: 1.13→1.15 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 1901 / CC1/2: 0.963 / Rpim(I) all: 0.114 / Rrim(I) all: 0.327 / Χ2: 0.958 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.13→23.87 Å / SU ML: 0.0605 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 19.3043
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1528 897 4.93 %
Rwork0.1263 --
obs0.1275 18212 64.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→23.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数622 0 5 92 719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0137665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2754925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5125354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.13-1.20.2189290.1672555X-RAY DIFFRACTION12.69
1.2-1.290.1362730.09251385X-RAY DIFFRACTION31.43
1.29-1.420.13311460.08682789X-RAY DIFFRACTION63.24
1.42-1.630.12421850.08753691X-RAY DIFFRACTION82.98
1.63-2.050.1312350.124269X-RAY DIFFRACTION95.59
2.05-23.870.1712290.14214626X-RAY DIFFRACTION99.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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