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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u94 | ||||||
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タイトル | Structure of RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family from Burkholderia mallei ATCC 23344 | ||||||
![]() | RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family | ||||||
![]() | LIPID TRANSPORT / outer membrane lipoprotein / NodT family / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Horanyi, P.S. / Fox III, D. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family from Burkholderia mallei ATCC 23344 著者: Horanyi, P.S. / Fox III, D. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 420.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3d5kS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63968.863 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-619 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 23344 / 遺伝子: BMAA1392 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30 mM magnesium chloride hexahydrate, 30 mM calcium chloride dihydrate, 0.1 M Tris base, BICINE, pH 8.5, 20% v/v ethylene glycol, 10% w/v PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月18日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→30.48 Å / Num. obs: 26543 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.36 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 22.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 1932 / CC1/2: 0.972 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3D5K 解像度: 2.35→30.48 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 82.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→30.48 Å
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拘束条件 |
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