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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u75 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of S. Cerevisiae SUMO E3 Ligase SIZ2 | |||||||||
要素 | E3 SUMO-protein ligase SIZ2 | |||||||||
キーワード | LIGASE / SUMO / SIGNAL TRANSDUCTION / REPLICATION / RING E3 / PIAS / SIZ / UBIQUITIN / UBC9 / METAL-BINDING / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / UBL CONJUGATION PATHWAY / ZINC-FINGER | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMO transferase activity / protein sumoylation / chromosome segregation / double-stranded DNA binding / chromatin / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å | |||||||||
データ登録者 | Lima, C.D. / Cappadocia, L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2021 タイトル: DNA asymmetry promotes SUMO modification of the single-stranded DNA-binding protein RPA. 著者: Cappadocia, L. / Kochanczyk, T. / Lima, C.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6u75.cif.gz | 120.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6u75.ent.gz | 90.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6u75.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6u75_validation.pdf.gz | 435.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6u75_full_validation.pdf.gz | 436.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6u75_validation.xml.gz | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6u75_validation.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/6u75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/6u75 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3i2dS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30759.445 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 154-420 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NFI1, SIZ2, YOR156C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q12216, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20 mM Tris-HCl pH8 100 mM NaCl 20% glycerol 1 mM beta-mercaptoethanol 40 % PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.63→49 Å / Num. obs: 21200 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 44.61 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 11.15 |
反射 シェル | 解像度: 2.63→2.73 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 5431 / CC1/2: 0.726 / Rpim(I) all: 0.316 / Rrim(I) all: 0.581 / % possible all: 86.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3I2D 解像度: 2.63→49 Å / SU ML: 0.3895 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 28.0328
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.63→49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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