PDB-6u6w: Discovery and optimization of salicyclic acid-derived sulfonamide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u6w

タイトル

Discovery and optimization of salicyclic acid-derived sulfonamide inhibitors of the WDR5:MYC protein-protein interaction

要素

WD repeat-containing protein 5

キーワード

TRANSCRIPTION/INHIBITOR / WDR5 / MYC / RBBP5 / structure-based design / high-throughput screening / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Zhao, B. / Wang, F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery and Optimization of Salicylic Acid-Derived Sulfonamide Inhibitors of the WD Repeat-Containing Protein 5-MYC Protein-Protein Interaction.
著者: Macdonald, J.D. / Chacon Simon, S. / Han, C. / Wang, F. / Shaw, J.G. / Howes, J.E. / Sai, J. / Yuh, J.P. / Camper, D. / Alicie, B.M. / Alvarado, J. / Nikhar, S. / Payne, W. / Aho, E.R. / ...

履歴

登録	2019年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6u6w.ent.gz	211.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6u6w_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u6w_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6u6w_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	6u6w_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/6u6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/6u6w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6u5mC 6u5yC 6u80C 6u8bC 6u8lC 6u8oC 6dy7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6u8b-1 6u80-1 3n0e-d 6u80-2 4gm9-1 3frx-4 3n0d-d 3frx-2 3rpd-2 6u8b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 5

B: WD repeat-containing protein 5

ヘテロ分子

69.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WD repeat-containing protein 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: WD repeat-containing protein 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.247, 46.604, 68.822
Angle α, β, γ (deg.)	89.92, 91.69, 104.88
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein 分子量: 34232.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: 化合物	ChemComp-Q0Y / 5-bromo-N-(5-chloro-2-hydroxyphenyl)-2-methoxybenzene-1-sulfonamide 分子量: 392.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₁BrClNO₄S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris pH 6.5, 0.2M ammonium acetate, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→40 Å / Num. obs: 159898 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 10.45 Å² / CC_1/2: 0.92 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.065 / R_rim(I) all: 0.097 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.351 / Num. unique obs: 7832 / CC_1/2: 0.795 / R_pim(I) all: 0.243 / R_rim(I) all: 0.361 / R_sym value: 0.265 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DY7

6dy7

解像度: 1.2→25.5 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 17.06

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.179	7873	4.93 %
R_work	0.16	-	-
obs	0.161	159762	90 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→25.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4728	0	42	921	5691

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.2397	261	0.213	4945	X-RAY DIFFRACTION	87
1.2136-1.2279	0.2293	252	0.2081	4963	X-RAY DIFFRACTION	88
1.2279-1.2429	0.2267	265	0.2062	5108	X-RAY DIFFRACTION	90
1.2429-1.2586	0.2108	253	0.2031	5107	X-RAY DIFFRACTION	91
1.2586-1.2752	0.2055	299	0.1893	5104	X-RAY DIFFRACTION	91
1.2752-1.2927	0.2121	298	0.1874	5120	X-RAY DIFFRACTION	92
1.2927-1.3111	0.2237	279	0.1869	5163	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3111-1.3307	0.2011	250	0.1757	5246	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3307-1.3515	0.1998	251	0.1786	5167	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3515-1.3736	0.1954	245	0.1696	5253	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3736-1.3973	0.1923	270	0.1695	5206	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3973-1.4227	0.1775	272	0.1594	5222	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4227-1.4501	0.1629	260	0.1598	5252	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4501-1.4797	0.1712	286	0.1586	5260	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4797-1.5119	0.1787	250	0.1581	5310	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5119-1.547	0.1988	249	0.1603	5262	X-RAY DIFFRACTION	94
1.547-1.5857	0.1757	267	0.152	5292	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5857-1.6286	0.1741	319	0.1492	5262	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6286-1.6765	0.1758	307	0.1491	5277	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6765-1.7306	0.1674	250	0.1479	5358	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7306-1.7924	0.1741	266	0.1508	5348	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7924-1.8642	0.1896	311	0.1571	5264	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8642-1.949	0.1788	197	0.1514	4116	X-RAY DIFFRACTION	73
1.949-2.0517	0.1637	275	0.1507	5406	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0517-2.1802	0.1841	272	0.1539	5342	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1802-2.3484	0.1743	191	0.1632	3324	X-RAY DIFFRACTION	59
2.3484-2.5845	0.189	254	0.1694	5491	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5845-2.958	0.1694	302	0.1641	5473	X-RAY DIFFRACTION	98
2.958-3.7249	0.1662	220	0.1516	4296	X-RAY DIFFRACTION	77
3.7249-25.492	0.1622	202	0.147	3952	X-RAY DIFFRACTION	73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0434	-0.0453	-0.0314	0.0366	0.0189	0.0107	0.1847	0.0298	0.1369	-0.2645	0.166	0.0039	0.1146	-0.2004	-0.0857	0.2785	-0.0909	-0.0016	0.2546	0.0466	0.1869	3.5141	-9.8966	-2.6086
2	0.5301	0.1382	0.287	0.4845	-0.2275	0.3447	0.0035	0.1095	-0.0247	-0.0916	-0.016	-0.0908	0.1232	0.0361	-0.002	0.0876	0.0108	0.0178	0.1021	-0.0057	0.0845	24.3142	-14.528	19.0625
3	0.5642	-0.0123	-0.574	0.8104	-0.8457	2.225	0.0329	0.0729	0.0281	0.013	-0.0148	-0.0225	-0.0827	0.0645	0.0391	0.0571	0.0045	0.0026	0.0968	0.0035	0.0843	27.0194	-3.6826	24.5319
4	1.6057	-0.2948	-1.22	0.9723	0.0793	1.652	0.0493	-0.02	0.0205	0.0112	-0.02	-0.0972	-0.0105	0.1235	-0.0083	0.0588	0.0017	-0.0086	0.0965	0.0027	0.0899	32.3296	-1.3814	28.3155
5	1.479	-0.0296	-0.2458	0.9348	0.0267	2.3842	0.0276	-0.0043	0.0237	0.0231	-0.0128	-0.0211	-0.0351	-0.0473	-0.0126	0.0514	0.0098	0.012	0.0616	0.0011	0.0847	22.2099	4.0175	27.2563
6	2.6329	-0.1267	-1.1179	0.6399	0.1331	1.5185	0.002	0.0012	0.0964	0.0225	0.0103	-0.1438	-0.0366	0.1134	-0.0108	0.0864	-0.0012	0.0077	0.0926	-0.0013	0.1068	23.4693	9.1013	31.1666
7	0.7944	0.2317	-1.0798	0.7263	-0.1417	2.699	0.0194	0.0472	0.0881	-0.0698	0.0273	0.038	-0.0822	-0.0786	-0.0575	0.0728	0.008	0.0041	0.0857	-0.0008	0.0886	13.7514	7.0685	24.6905
8	1.1296	1.0312	-0.736	2.4582	-1.4287	2.0491	-0.0179	-0.0586	0.0847	-0.1205	0.0076	0.0987	0.0017	-0.1051	-0.0085	0.0998	0.0172	0.0104	0.0991	-0.0119	0.1266	9.0349	11.7755	27.2492
9	1.4797	0.5891	-0.6703	1.7211	-0.9005	2.8382	-0.0069	0.091	0.1617	-0.147	0.1069	0.091	0.0291	-0.1965	-0.0336	0.0686	-0.0073	0.0015	0.0718	0.0069	0.1021	5.9337	2.3863	20.8764
10	1.0085	-0.1887	0.0511	0.9907	0.5012	0.7027	0.0089	-0.0479	0.0959	0.0091	0.0453	0.0814	-0.0709	-0.0152	-0.038	0.0838	-0.0109	0.0035	0.0959	0.0124	0.1112	3.0743	-3.1443	20.2347
11	1.3332	-0.352	0.1247	1.1341	-0.321	1.3726	-0.015	0.0095	-0.1073	-0.0645	0.0614	0.1126	0.0876	-0.0243	-0.0599	0.0857	-0.0193	-0.0033	0.0861	0.0028	0.0891	4.2583	-14.1419	17.2648
12	1.1023	0.1734	0.1583	1.4098	-0.5246	0.9097	-0.065	-0.003	-0.0481	-0.0795	0.0886	0.0037	0.1394	-0.0702	-0.0137	0.0871	0.0003	0.0039	0.1056	-0.0113	0.0751	15.4399	-15.7791	16.9254
13	0.4316	0.043	0.1431	0.507	0.0413	0.3709	0.0564	-0.0699	-0.0186	0.1345	-0.0307	0.0167	0.0384	-0.0308	-0.015	0.107	-0.0213	0.0081	0.0809	0.0024	0.0729	7.5286	10.0965	-8.3924
14	0.8272	0.1157	-0.101	1.0425	-0.296	1.0461	0.0077	-0.0078	0.0144	0.0434	0.0007	0.0692	0.0238	-0.0366	0.0085	0.0699	-0.0021	0.0119	0.062	-0.002	0.0753	3.7034	26.4189	-16.3563
15	1.2288	-0.8773	-0.1365	0.9432	-0.0902	0.6924	-0.0467	-0.079	0.1686	0.0914	0.0479	-0.0976	-0.0493	0.0966	-0.0063	0.106	-0.008	-0.0023	0.0959	-0.0062	0.1271	14.0732	32.7232	-12.8263
16	0.8766	0.2955	0.1712	0.9919	-0.1483	0.9865	0.0303	-0.0231	0.0281	0.1087	-0.0159	-0.0504	0.0141	-0.052	-0.0105	0.0982	-0.015	-0.0104	0.0853	-0.0017	0.0779	23.0951	17.7332	-6.6173

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 24 THROUGH 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 34 THROUGH 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 85 THROUGH 106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 107 THROUGH 126 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 127 THROUGH 148 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 149 THROUGH 167 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 168 THROUGH 190 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 191 THROUGH 210 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 213 THROUGH 233 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'A' AND (RESID 234 THROUGH 272 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'A' AND (RESID 273 THROUGH 303 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'A' AND (RESID 304 THROUGH 334 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 24 THROUGH 126 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 127 THROUGH 190 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 191 THROUGH 233 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 234 THROUGH 334 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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