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万見
- PDB-6u6r: Solution NMR Structure Of The delta30-ngMinE Protein From Neisser... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u6r
タイトルSolution NMR Structure Of The delta30-ngMinE Protein From Neisseria gonorrheae
要素Cell division topological specificity factor
キーワードCELL CYCLE / MinD / MinE / CELL DIVISION
機能・相同性Cell division topological specificity factor MinE / Cell division topological specificity factor MinE superfamily / Septum formation topological specificity factor MinE / regulation of division septum assembly / cell division / identical protein binding / Cell division topological specificity factor
機能・相同性情報
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法個体NMR / na
データ登録者Cai, M. / Shen, Y. / Clore, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Probing transient excited states of the bacterial cell division regulator MinE by relaxation dispersion NMR spectroscopy.
著者: Cai, M. / Huang, Y. / Shen, Y. / Li, M. / Mizuuchi, M. / Ghirlando, R. / Mizuuchi, K. / Clore, G.M.
履歴
登録2019年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division topological specificity factor
B: Cell division topological specificity factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2752
ポリマ－15,2752
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1800 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area5860 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cell division topological specificity factor


分子量: 7637.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: minE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58152

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D CBCA(CO)NH
121isotropic23D HN(CA)CB
131isotropic23D HNCO
141isotropic23D HBHA(CBCACO)NH
153isotropic23D CBCA(CO)NH
163isotropic23D HBHA(CBCACO)NH
173isotropic23D HNCO
183isotropic23D HN(CA)CB
292anisotropic3HSQC IPAP
2102isotropic3HSQC IPAP
2114anisotropic3HSQC IPAP
2124isotropic3HSQC IPAP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM U-13C/15N MinE-d30, 95% H2O/5% D2OU-13C/15N_sample_d3095% H2O/5% D2O
solution21 mM U-2H/15N MinE-d30-RDC, 1 mM U-2H/15N MinE-d30-CPMG, 90% H2O/10% D2OU-2H/15N_sample_d3090% H2O/10% D2O
solution31 mM U-13C/15N MinE-d30-I24N, 95% H2O/5% D2OU-13C/15N_sample_d30_I24N95% H2O/5% D2O
solution41 mM 2H/15N MinE-d30-I24N-RDC, 1 mM 2H/15N MinE-d30-I24N-CPMG, 90% H2O/10% D2OU-2H/15N_sample_d30_I24N90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMMinE-d30U-13C/15N1
1 mMMinE-d30-RDCU-2H/15N2
1 mMMinE-d30-CPMGU-2H/15N2
1 mMMinE-d30-I24NU-13C/15N3
1 mMMinE-d30-I24N-RDC2H/15N4
1 mMMinE-d30-I24N-CPMG2H/15N4
25 mMpotassium phosphatenatural abundance1
25 mMpotassium phosphatenatural abundance3
0.5 mMEDTAnatural abundance1
0.5 mMEDTAnatural abundance3
0.1 mMbenzamidine chloridenatural abundance1
0.1 mMbenzamidine chloridenatural abundance3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)詳細 (eV)
125 mMMinE-CN6.51 bar298 K
2200 mMMinE-RDC6.51 bar298 K+ 200 mM NaCl,11mg/ml phage pf1 and 10% (v/v) D2O instead 5% (v/v) D2O

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
PIPPGarrettchemical shift assignment
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PIPPGarrettpeak picking
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
精密化手法: na / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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