PDB-6u67: Mcl-1 bound to compound 24

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u67

タイトル

Mcl-1 bound to compound 24

要素

Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

キーワード

APOPTOSIS/INHIBITOR / anti-apoptotic / inhibitor / PROTEIN BINDING / APOPTOSIS-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular homeostasis / cell fate determination / channel activity / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein transmembrane transporter activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Stuckey, J.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery and Characterization of 2,5-Substituted Benzoic Acid Dual Inhibitors of the Anti-apoptotic Mcl-1 and Bfl-1 Proteins.
著者: Kump, K.J. / Miao, L. / Mady, A.S.A. / Ansari, N.H. / Shrestha, U.K. / Yang, Y. / Pal, M. / Liao, C. / Perdih, A. / Abulwerdi, F.A. / Chinnaswamy, K. / Meagher, J.L. / Carlson, J.M. / Khanna, ...

履歴

登録	2019年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u67.cif.gz	147.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u67.ent.gz	115.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6u67_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u67_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6u67_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	6u67_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/6u67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/6u67	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6u63C 6u64C 6u65C 6u6fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bw2-3 6ne5-4 6qg8-d 4zbf-6 4zbf-5 1mmp-1 2jcn-d 4zbf-7 3kz0-1 4bpi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

39.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.514, 134.376, 70.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-511- HOH
2	1	B-582- HOH

#1: タンパク質	Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT 分子量: 17838.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物	ChemComp-Q01 / 2-({[4-(4-tert-butylphenyl)piperazin-1-yl]sulfonyl}amino)-5-{[3-oxo-3-(phenylamino)propyl]sulfanyl}benzoic acid 分子量: 596.761 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₆N₄O₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BNL / BIPHENYL / ビフェニル分子量: 154.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% (w/v) PEG-1000, 0.1 M Tris pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 28285 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.059 / Χ²: 0.665 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 202344

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.84-1.87	6	0.333	1367	0.968	0.146	0.365	0.704	98.2
1.87-1.91	6.7	0.295	1374	0.975	0.122	0.32	0.711	99.7
1.91-1.94	7.2	0.266	1390	0.983	0.106	0.287	0.745	100
1.94-1.98	7.3	0.217	1424	0.99	0.086	0.234	0.728	100
1.98-2.03	7.3	0.18	1401	0.993	0.071	0.194	0.71	100
2.03-2.07	7.3	0.163	1380	0.993	0.064	0.175	0.72	100
2.07-2.12	7.3	0.137	1399	0.995	0.054	0.148	0.674	100
2.12-2.18	7.3	0.115	1402	0.996	0.046	0.124	0.661	100
2.18-2.25	7.3	0.103	1407	0.997	0.041	0.111	0.679	100
2.25-2.32	7.3	0.09	1397	0.997	0.036	0.097	0.699	100
2.32-2.4	7.3	0.089	1408	0.996	0.035	0.096	0.755	100
2.4-2.5	7.3	0.092	1420	0.996	0.037	0.099	0.82	100
2.5-2.61	7.3	0.082	1404	0.996	0.032	0.088	0.781	100
2.61-2.75	7.3	0.066	1418	0.998	0.026	0.071	0.685	100
2.75-2.92	7.3	0.055	1420	0.998	0.022	0.06	0.585	100
2.92-3.15	7.3	0.054	1422	0.998	0.021	0.058	0.624	100
3.15-3.46	7.3	0.05	1431	0.998	0.02	0.054	0.62	100
3.46-3.96	7.2	0.048	1450	0.998	0.019	0.052	0.72	100
3.96-4.99	7	0.03	1445	0.999	0.012	0.032	0.362	100
4.99-50	6.6	0.028	1526	0.999	0.012	0.03	0.319	99

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.84→22.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.146 / SU R_free Blow DPI: 0.129 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.128

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	1386	4.91 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.192	28248	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.93 Å² / B_iso mean: 32.83 Å² / B_iso min: 13.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.8563 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.9199 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.9364 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.84→22.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2394	0	185	180	2759
B_iso mean	-	-	34.07	40.55	-
残基数	-	-	-	-	302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1246	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	531	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2647	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	322	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3339	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2647	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3580	HARMONIC	2	0.88
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.74
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.97

LS精密化シェル

解像度: 1.84→1.85 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	36	6.37 %
R_work	0.1884	529	-
all	0.1928	565	-
obs	-	-	90.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0373	0.1586	0.0776	2.4896	0.9353	1.284	0.1086	0.0916	-0.1392	-0.1816	-0.061	-0.2683	0.0715	0.0181	-0.0475	-0.0289	0.0479	0.0357	-0.0525	-0.0032	-0.031	9.8828	33.1018	4.0622
2	0.6382	-0.0813	0.3166	1.2764	-0.5312	2.0498	-0.0207	-0.0621	0.0758	0.0108	-0.13	-0.2992	-0.3013	0.1686	0.1507	-0.0023	-0.0342	-0.0072	-0.0507	0.0325	-0.011	16.6266	64.9734	16.4182
3	0	-0.5576	-0.5835	1.5781	-0.6237	0	0.0789	-0.0697	-0.0224	0.0176	-0.2112	-0.021	-0.0154	-0.0486	0.1322	0.0184	0.0055	-0.016	0.0152	0.0285	-0.0388	5.584	49.7688	15.1268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|172 - A\|321 }	A	172 - 321
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|170 - B\|321 }	B	170 - 321
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|401 - A\|403 B\|401 - B\|403 }	A	401 - 403
4	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|401 - A\|403 B\|401 - B\|403 }	B	401 - 403

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