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万見
- PDB-6u65: Mcl-1 bound to compound 19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u65
タイトルMcl-1 bound to compound 19
要素Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS/INHIBITOR / anti-apoptotic / inhibitor / PROTEIN BINDING / APOPTOSIS-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-Q0A / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Stuckey, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-CA-217141-01 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery and Characterization of 2,5-Substituted Benzoic Acid Dual Inhibitors of the Anti-apoptotic Mcl-1 and Bfl-1 Proteins.
著者: Kump, K.J. / Miao, L. / Mady, A.S.A. / Ansari, N.H. / Shrestha, U.K. / Yang, Y. / Pal, M. / Liao, C. / Perdih, A. / Abulwerdi, F.A. / Chinnaswamy, K. / Meagher, J.L. / Carlson, J.M. / Khanna, ...著者: Kump, K.J. / Miao, L. / Mady, A.S.A. / Ansari, N.H. / Shrestha, U.K. / Yang, Y. / Pal, M. / Liao, C. / Perdih, A. / Abulwerdi, F.A. / Chinnaswamy, K. / Meagher, J.L. / Carlson, J.M. / Khanna, M. / Stuckey, J.A. / Nikolovska-Coleska, Z.
履歴
登録2019年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,30721
ポリマ－71,3534
非ポリマー2,95417
水3,387188
1
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6166
ポリマ－17,8381
非ポリマー7785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5485
ポリマ－17,8381
非ポリマー7104
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6546
ポリマ－17,8381
非ポリマー8165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4894
ポリマ－17,8381
非ポリマー6513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.712, 85.223, 109.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17838.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820

-
非ポリマー , 5種, 205分子

#2: 化合物
ChemComp-Q0A / 2-[({4-[(4-fluorophenyl)methyl]piperazin-1-yl}sulfonyl)amino]-5-[(2-phenylethyl)sulfanyl]benzoic acid


分子量: 529.647 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28FN3O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG 3350, 200 mM NH4 Acetate, 100 mM Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 39233 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 31.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.69 / Net I/av σ(I): 19.98 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.147.50.43219300.9240.170.4640.829100
2.14-2.187.50.35219270.9510.1380.3790.809100
2.18-2.227.50.29819130.9610.1170.320.809100
2.22-2.267.50.26219520.9730.1030.2810.793100
2.26-2.317.50.23519270.9770.0920.2520.79100
2.31-2.377.50.19219270.9840.0750.2060.771100
2.37-2.427.50.17519410.9860.0680.1880.768100
2.42-2.497.50.1619390.9880.0630.1720.794100
2.49-2.567.50.14319590.990.0560.1530.799100
2.56-2.657.50.12519120.9930.0490.1350.786100
2.65-2.747.50.1119720.9930.0430.1190.767100
2.74-2.857.40.09719320.9950.0380.1040.723100
2.85-2.987.50.08419680.9960.0330.090.655100
2.98-3.147.40.07119380.9960.0280.0770.642100
3.14-3.337.40.06419880.9970.0250.0690.674100
3.33-3.597.40.05619620.9970.0220.060.604100
3.59-3.957.40.05519900.9970.0220.0590.731100
3.95-4.527.30.03619870.9990.0140.0390.416100
4.52-5.77.20.02920290.9990.0110.0310.285100
5.7-506.70.03421400.9980.0140.0370.33699.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→43.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9455 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9357 / SU R Cruickshank DPI: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.207 / SU Rfree Blow DPI: 0.166 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.167
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2215 1945 4.97 %RANDOM
Rwork0.1874 ---
obs0.1891 39167 99.33 %-
原子変位パラメータBiso max: 127.94 Å2 / Biso mean: 37.55 Å2 / Biso min: 14.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5277 Å20 Å20 Å2
2---1.0362 Å20 Å2
3----1.4915 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.255 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→43.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4691 0 199 188 5078
Biso mean--38.79 42.77 -
残基数----603
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2362SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes113HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes828HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5007HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion639SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6084SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5007HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6750HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.83
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 124 4.74 %
Rwork0.1855 2491 -
all0.1886 2615 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.22251.88541.54772.7866-0.21482.2347-0.32640.46540.8790.02350.0480.1238-0.29940.23660.2784-0.0488-0.0218-0.0151-0.07950.11930.049117.86461.8519-10.0217
22.62080.0277-0.10551.2315-0.58931.7857-0.01710.073-0.0581-0.0052-0.0834-0.1270.02560.25010.1004-0.04760.0004-0.0108-0.03270.0468-0.034324.2721-12.2082-4.9787
36.81941.05981.59723.52480.4063.42360.0873-0.28380.37840.0418-0.12220.3362-0.238-0.22540.0349-0.0920.0090.0221-0.03560.01180.00316.4419-5.397-5.3573
40.84690.1851-1.41230.90630.40543.2467-0.1202-0.3959-0.04240.30530.0653-0.0565-0.00960.04630.05490.0155-0.0039-0.00840.04330.0413-0.081424.5274-23.568529.5715
52.04310.1758-0.38110.8457-0.47931.4359-0.0247-0.0168-0.10660.12460.04820.02120.0179-0.1245-0.0235-0.03950.00960.0013-0.03070.0367-0.056420.8524-24.356514.0779
64.11780.2320.48122.6062-1.33432.91080.1239-0.47260.26540.13440.0109-0.3057-0.40180.4642-0.1347-0.0623-0.0749-0.03610.0711-0.0186-0.002436.6662-18.039122.7731
72.63270.11830.05152.7413-0.02122.11590.09130.21850.2421-0.18030.04040.0248-0.3435-0.1216-0.13160.0417-0.0046-0.0356-0.10410.0127-0.113548.12217.2685-2.3364
81.39210.1378-0.30162.31160.90282.215-0.02930.2613-0.1962-0.20820.0999-0.21790.05450.0546-0.0706-0.0249-0.0123-0.0743-0.0478-0.0322-0.022151.88875.1347-3.8541
91.67960.63752.75520.58370.3255.18660.08970.0479-0.00810.2303-0.05090.4023-0.3888-0.7413-0.0388-0.02340.06410.01350.0317-0.0128-0.03137.657815.42147.1219
102.98471.6343-0.93021.8556-0.47774.36050.1023-0.3204-0.09610.0490.029-0.13010.70090.5203-0.13120.08990.0955-0.11070.1186-0.0387-0.038370.5539-1.176829.1787
113.7656-0.25361.38870.63790.35835.36960.2815-0.1013-0.45690.06790.11740.1640.66940.0638-0.3989-0.06130.0343-0.112-0.1784-0.0311-0.120562.1741-1.771318.4178
127.676-2.1641-0.94010-2.46236.36670.19120.13980.3408-0.1825-0.1581-0.35830.04871.0576-0.0331-0.1480.03210.00710.0895-0.0745-0.118777.65514.290116.3112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|172 - 217}A172 - 217
2X-RAY DIFFRACTION2{A|218 - 299}A218 - 299
3X-RAY DIFFRACTION3{A|300 - 321}A300 - 321
4X-RAY DIFFRACTION4{B|172 - 213}B172 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5{B|214 - 301}B214 - 301
6X-RAY DIFFRACTION6{B|302 - 321}B302 - 321
7X-RAY DIFFRACTION7{C|170 - 230}C170 - 230
8X-RAY DIFFRACTION8{C|231 - 302}C231 - 302
9X-RAY DIFFRACTION9{C|303 - 322}C303 - 322
10X-RAY DIFFRACTION10{D|172 - 203}D172 - 203
11X-RAY DIFFRACTION11{D|204 - 297}D204 - 297
12X-RAY DIFFRACTION12{D|298 - 321}D298 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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