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- PDB-6u5g: MicroED structure of a FIB-milled CypA Crystal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u5g
タイトルMicroED structure of a FIB-milled CypA Crystal
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
キーワードISOMERASE / Peptidyl-prolyl / cis-trans / cyclophilin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / negative regulation of viral life cycle / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / negative regulation of viral life cycle / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / viral release from host cell / protein peptidyl-prolyl isomerization / Calcineurin activates NFAT / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / : / neutrophil chemotaxis / activation of protein kinase B activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / positive regulation of protein secretion / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / negative regulation of protein kinase activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / protein folding / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / Neutrophil degranulation / apoptotic process / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wolff, A.M. / Martynowycz, M.W. / Zhao, W. / Gonen, T. / Fraser, J.S. / Thompson, M.C.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM123159 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124149 米国
National Science Foundation (NSF, United States)STC-1231306 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117126 米国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2020
タイトル: Comparing serial X-ray crystallography and microcrystal electron diffraction (MicroED) as methods for routine structure determination from small macromolecular crystals.
著者: Alexander M Wolff / Iris D Young / Raymond G Sierra / Aaron S Brewster / Michael W Martynowycz / Eriko Nango / Michihiro Sugahara / Takanori Nakane / Kazutaka Ito / Andrew Aquila / Asmit ...著者: Alexander M Wolff / Iris D Young / Raymond G Sierra / Aaron S Brewster / Michael W Martynowycz / Eriko Nango / Michihiro Sugahara / Takanori Nakane / Kazutaka Ito / Andrew Aquila / Asmit Bhowmick / Justin T Biel / Sergio Carbajo / Aina E Cohen / Saul Cortez / Ana Gonzalez / Tomoya Hino / Dohyun Im / Jake D Koralek / Minoru Kubo / Tomas S Lazarou / Takashi Nomura / Shigeki Owada / Avi J Samelson / Tomoyuki Tanaka / Rie Tanaka / Erin M Thompson / Henry van den Bedem / Rahel A Woldeyes / Fumiaki Yumoto / Wei Zhao / Kensuke Tono / Sebastien Boutet / So Iwata / Tamir Gonen / Nicholas K Sauter / James S Fraser / Michael C Thompson /
要旨: Innovative new crystallographic methods are facilitating structural studies from ever smaller crystals of biological macromolecules. In particular, serial X-ray crystallography and microcrystal ...Innovative new crystallographic methods are facilitating structural studies from ever smaller crystals of biological macromolecules. In particular, serial X-ray crystallography and microcrystal electron diffraction (MicroED) have emerged as useful methods for obtaining structural information from crystals on the nanometre to micrometre scale. Despite the utility of these methods, their implementation can often be difficult, as they present many challenges that are not encountered in traditional macromolecular crystallography experiments. Here, XFEL serial crystallography experiments and MicroED experiments using batch-grown microcrystals of the enzyme cyclophilin A are described. The results provide a roadmap for researchers hoping to design macromolecular microcrystallography experiments, and they highlight the strengths and weaknesses of the two methods. Specifically, we focus on how the different physical conditions imposed by the sample-preparation and delivery methods required for each type of experiment affect the crystal structure of the enzyme.
履歴
登録2019年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-20645
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20645
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0371
ポリマ－18,0371
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.400, 53.400, 87.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein / Rotamase A


分子量: 18036.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA, CYPA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / タイプ: COMPLEX / 詳細: monomer / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
EM crystal formation詳細: 600 uL of protein at 60 mg/mL was combined with 400 uL of 50 percent PEG 3350 in a glass vial and stirred with an Octagon stir bar at 500 RPM
Lipid mixture: NA / 温度: 296 K
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE
結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %

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データ収集

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DIFFRACTION
撮影電子線照射量: 0.06 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
EM回折カメラ長: 2055 mm
EM回折 シェル
解像度 (Å)IDEM diffraction stats-IDフーリエ空間範囲 (%)多重度構造因子数位相残差 (°)
3.6045-30.493411843.41358114.45
2.8617-3.604521873.64371922.05
2.5002-2.861731873.72374632.3
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 86 % / 再高解像度: 2.5 Å / 測定した強度の数: 22370 / 構造因子数: 6236 / 位相誤差: 23.06 ° / 位相残差: 23.06 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.217 / Rsym: 0.217
反射Biso Wilson estimate: 35.52 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
6PHENIXdev2880モデルフィッティング
8PHENIXdev2880分子置換PHASER
12PHENIXdev2880３次元再構成
13PHENIX1.16-3549モデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 42.4 Å / B: 53.4 Å / C: 87.76 Å / 空間群名: P212121 / 空間群番号: 19
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 4YUM

4yum


Accession code: 4YUM / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4YUM

4yum


解像度: 2.5→26.48 Å / SU ML: 0.4224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5393
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 396 3.46 %
Rwork0.1854 --
obs0.1867 11440 86.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.01121276
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.73211711
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.0545177
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.0053226
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d12.8187744
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.860.32171330.26653745ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY87.4
2.86-3.60.28481410.20333717ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY86.81
3.6-26.480.15481220.14613582ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY83.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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