PDB-6u58: Toho1 Beta Lactamase Glu166Gln Mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u58

タイトル

Toho1 Beta Lactamase Glu166Gln Mutant

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Langan, P.S. / Sullivan, B. / Weiss, K.L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2020
タイトル: Probing the Role of the Conserved Residue Glu166 in a Class A Beta-Lactamase Using Neutron and X-ray Protein Crystallography
著者: Langan, P.S. / Sullivan, B. / Weiss, K.L. / Coates, L.

履歴

登録	2019年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.source
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u58.cif.gz	114.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u58.ent.gz	90.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u58.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6u58_validation.pdf.gz	401.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u58_full_validation.pdf.gz	401.1 KB	表示
XML形式データ	6u58_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	6u58_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u58	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xqzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zq9-d 6sp6-d 2wyx-d 2xr0-d 3bfc-1 4ebn-1 3zhh-4 1iys-d 6c78-d 4c3q-d 4ehk-2 1bza-d 5fao-2 6d18-d 5a93-d 6c79-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.543, 73.543, 99.721
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-510- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28103.729 Da / 分子数: 1 / 変異: E166Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla CTX-M-56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A3FFV8, UniProt: Q47066*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	293	1	N
2	293	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007	1	1.54
SPALLATION SOURCE	ORNL Spallation Neutron Source	MANDI		2	2-4

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS EIGER R 1M	1	PIXEL	2019年5月1日
ORNL ANGER CAMERA	2	AREA DETECTOR	2018年6月6日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.54	1
2	2	1
3	4	1

反射

Entry-ID: 6U58

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.9-30.34	133121	100	5.3	0.995	1	11.4
1.89-14.42	24170	95.68	4.61	0.946	2	8.4

反射シェル

解像度 (Å)	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID
1.9-1.94	1660	0.635	1
1.89-1.96	2136	0.469	2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260)	精密化
CrysalisPro		データ削減
Mantid		データ削減

精密化

交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 2XQZ

2xqz

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)	Diffraction-ID
1.9-30.34	X-RAY DIFFRACTION	0.18	0.15	133121	100	1
1.89-14.42	NEUTRON DIFFRACTION	0.26	0.24	24170	95.68

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1970	0	10	147	2127

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.96 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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