PDB-6u4b: WbbM bifunctional glycosytransferase apo structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u4b

タイトル

WbbM bifunctional glycosytransferase apo structure

要素

WbbM protein

キーワード

TRANSFERASE / Glycsoyltransferase / bifunctional / trimeric / WbbM / DUF4422

機能・相同性

Domain of unknown function DUF4422 / Domain of unknown function (DUF4422) / : / Glycosyl transferase, family 8 / Glycosyl transferase family 8 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / metal ion binding / WbbM protein

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kimber, M.S. / Mallette, E. / Kamski-Hennekam, E.R. / Gitalis, R.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: A bifunctional O-antigen polymerase structure reveals a new glycosyltransferase family.
著者: Clarke, B.R. / Ovchinnikova, O.G. / Sweeney, R.P. / Kamski-Hennekam, E.R. / Gitalis, R. / Mallette, E. / Kelly, S.D. / Lowary, T.L. / Kimber, M.S. / Whitfield, C.

履歴

登録	2019年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u4b.cif.gz	301.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u4b.ent.gz	202.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6u4b_validation.pdf.gz	426 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u4b_full_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示
XML形式データ	6u4b_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	6u4b_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3cr8-d 20144 4gkx-d 5f5m-1 5ouq-d 4mji-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WbbM protein

ヘテロ分子

69.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WbbM protein

ヘテロ分子

A: WbbM protein

ヘテロ分子

A: WbbM protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
209 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.030, 124.030, 73.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-601- MG

#1: タンパク質	WbbM protein 分子量: 69697.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: wbbM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q48484
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.01 % / 解説: hexagonal prisms
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 mM MgCl, 0.1 M HEPES and 30% v/v PEG MME 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→47.288 Å / Num. obs: 37124 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 39.05 Å² / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 2755 / CC_1/2: 0.83 / R_sym value: 0.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→47.28 Å / SU ML: 0.2537 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.3833
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2269	1855	5 %
R_work	0.1883	35247	-
obs	0.1902	37102	99.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4655	0	2	188	4845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	4774
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5234	6470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0429	692
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	836
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.8292	2821

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.16	0.3788	142	0.3169	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.16-2.22	0.3439	144	0.2901	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.22-2.29	0.329	142	0.2684	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.29-2.37	0.2694	140	0.2448	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.37-2.47	0.3055	144	0.2308	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.47-2.58	0.3333	143	0.2263	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.58-2.72	0.2569	142	0.2238	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.72-2.89	0.2606	144	0.2113	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.89-3.11	0.2702	142	0.2105	2706	X-RAY DIFFRACTION	98.96
3.11-3.42	0.2302	142	0.1975	2707	X-RAY DIFFRACTION	98.82
3.42-3.92	0.2141	143	0.1682	2706	X-RAY DIFFRACTION	98.55
3.92-4.94	0.1776	143	0.1416	2713	X-RAY DIFFRACTION	98.14
4.94-47.28	0.1633	144	0.1542	2730	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.03300261929	-0.927697810851	0.165129650215	4.42040999324	0.500352262138	1.88669964181	0.171313016846	0.130865369889	-0.817979325549	0.0281265412591	-0.0825531154417	0.299328652716	0.253735171679	-0.202988808651	-0.0930290307836	0.285672228416	-0.0260142514308	0.0604369534092	0.339669391508	-0.0445727319147	0.640525741194	142.19998948	18.6781753413	-14.8720593597
2	3.98607363693	0.322943182553	-0.0763417240314	2.87270561434	0.754605566342	1.98486538444	0.135496333543	0.0258090967403	-0.10819342434	0.0337476973348	-0.164658735936	0.665675739792	0.0368930678734	-0.349171149275	0.0553830657242	0.271827275915	-0.0055567726527	0.0469117103698	0.393883633424	0.0394498478469	0.601009172564	130.288379384	32.1083254723	-10.3124864869
3	5.64956936921	-0.974850586021	0.488250518352	0.997218794306	0.15855486732	0.610226553945	-0.0641541503691	0.0953335294628	-0.247459384669	0.0423924944175	-0.0271852401395	0.226761092185	0.00277289936904	-0.139540772127	0.0920345140487	0.291345526157	-0.018930680627	0.028013827442	0.282307854341	-0.00407443285909	0.627032731207	157.439241095	17.0496486589	-12.3119998477
4	3.11493767022	-0.117557459523	-0.397199454072	2.72387531454	-0.332154895084	1.0034364613	-0.00237423972311	-0.0934750270269	-0.0742550194565	0.131971911267	-0.125144014238	0.272950549136	0.137547560546	-0.115531619789	0.102652672978	0.297912096674	-0.0179914011931	0.0588788117627	0.31255403463	-0.0138158490793	0.476728708523	172.003004348	9.95932602126	-9.76677183715
5	5.30048897065	-0.866612035846	0.788643102072	2.13282238587	-1.00107789123	2.13554927991	-0.0197283723438	-0.246269587649	-0.637035975738	0.108011266945	-0.131344852283	0.0340226015437	0.357955043234	0.12869358416	0.144476327386	0.351833696307	0.0218276592026	0.0815230225146	0.276057745947	-0.0170008227225	0.570508923933	177.214633384	-2.36502995278	-7.25076673189
6	3.68550567396	-3.59788895947	0.375879329696	6.73492251694	0.842616281479	0.0097705159131	-0.326238910101	-0.393962416028	0.375464978806	0.737773363535	0.255637763368	-0.0588919126595	0.0595720520993	0.0574500320356	0.0254837022133	0.418134493277	-0.00953211709521	0.0309608610894	0.430434072869	0.0548032586077	0.650167315815	187.606803792	18.3673788527	-2.32083718077

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 119 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 120 through 252 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 253 through 305 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 306 through 434 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 435 through 522 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 523 through 578 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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