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- PDB-3cr8: Hexameric APS kinase from Thiobacillus denitrificans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cr8
タイトルHexameric APS kinase from Thiobacillus denitrificans
要素Sulfate adenylyltransferase, adenylylsulfate kinase
キーワードTRANSFERASE / APS kinase / Adenylylsulfate kinase / sulfate metabolism / Nucleotide 2 kinase / Nucleotidyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfate assimilation via adenylyl sulfate reduction / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / adenylyl-sulfate kinase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Sulfate adenylyltransferase / Sulfate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase catalytic domain / ATP-sulfurylase PUA-like domain / ATP-sulfurylase / PUA-like domain / Adenylyl-sulfate kinase / Adenylylsulphate kinase / PUA-like superfamily ...: / Sulfate adenylyltransferase / Sulfate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase catalytic domain / ATP-sulfurylase PUA-like domain / ATP-sulfurylase / PUA-like domain / Adenylyl-sulfate kinase / Adenylylsulphate kinase / PUA-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylyl-sulfate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thiobacillus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Gay, S.C. / Segel, I.H. / Fisher, A.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of the two-domain hexameric APS kinase from Thiobacillus denitrificans: structural basis for the absence of ATP sulfurylase activity.
著者: Gay, S.C. / Segel, I.H. / Fisher, A.J.
履歴
登録2008年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfate adenylyltransferase, adenylylsulfate kinase
B: Sulfate adenylyltransferase, adenylylsulfate kinase
C: Sulfate adenylyltransferase, adenylylsulfate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,9153
ポリマ－184,9153
非ポリマー00
水1,54986
1
A: Sulfate adenylyltransferase, adenylylsulfate kinase
B: Sulfate adenylyltransferase, adenylylsulfate kinase
C: Sulfate adenylyltransferase, adenylylsulfate kinase

A: Sulfate adenylyltransferase, adenylylsulfate kinase
B: Sulfate adenylyltransferase, adenylylsulfate kinase
C: Sulfate adenylyltransferase, adenylylsulfate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,8306
ポリマ－369,8306
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area21000 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area120270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.071, 227.211, 106.766
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-564-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21B
31B
41B
51C
61C
71C
81C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNASPASPBB4 - 2034 - 203
22GLUGLUALAALABB206 - 263206 - 263
33SERSERSERSERBB288 - 378288 - 378
44GLYGLYTHRTHRBB381 - 477381 - 477
51LEULEUASPASPCC5 - 2035 - 203
62GLUGLUALAALACC206 - 263206 - 263
73SERSERSERSERCC288 - 378288 - 378
84GLYGLYTHRTHRCC381 - 477381 - 477

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要素

#1: タンパク質 Sulfate adenylyltransferase, adenylylsulfate kinase


分子量: 61638.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus denitrificans (バクテリア)
株: ATCC 25259 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q3SM86, sulfate adenylyltransferase, adenylyl-sulfate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: K/Na Tartrate, NaCl, Bis Tris Propane, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月28日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: Double Si(111) crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. all: 3317 / Num. obs: 38467 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.084 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Num. unique all: 3925 / Χ2: 0.818 / % possible all: 95.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1I2D

1i2d


解像度: 2.95→35.028 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1889 4.93 %random
Rwork0.243 ---
all0.246 3925 --
obs0.245 38315 92.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 19.07 Å2 / Biso mean: 60.52 Å2 / Biso min: 139.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.772 Å2-0 Å20 Å2
2---11.034 Å20 Å2
3---23.806 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→35.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11253 0 0 86 11339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01411358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.86715336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1171775
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3324098
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B3636X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.418
15C3589X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.486
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.030.3961550.3212895305096
3.03-3.1190.3681340.2752863299796
3.119-3.2190.2911470.2612895304296
3.219-3.3340.371350.2622890302596
3.334-3.4680.2961490.2542882303196
3.468-3.6250.3011630.2512829299294
3.625-3.8160.2431580.242869302795
3.816-4.0550.2511430.2242602274587
4.055-4.3680.2631150.2332250236581
4.368-4.8060.231390.1822918305795
4.806-5.4990.2191520.1912893304595
5.499-6.920.2951510.2312923307494
6.92-35.0310.2741480.2572717286585

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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