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- PDB-6u3u: Crystal Structure of Shiga Toxin 2K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u3u
タイトルCrystal Structure of Shiga Toxin 2K
要素(Shiga toxin 2K subunit ...) x 2
キーワードTOXIN / Shiga Toxin / AB5 Toxin / Toxoid
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated hemolysis of host erythrocyte / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, subunit A / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, subunit A / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Enterotoxin / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
rRNA N-glycosylase / Shiga toxin 2B subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.287 Å
データ登録者Zhang, Y.Z. / He, X.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
United States Department of Agriculture (USDA) 米国
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2019
タイトル: Structural and Functional Characterization of Stx2k, a New Subtype of Shiga Toxin 2.
著者: Hughes, A.C. / Zhang, Y. / Bai, X. / Xiong, Y. / Wang, Y. / Yang, X. / Xu, Q. / He, X.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Shiga toxin 2K subunit A
C: Shiga toxin 2K subunit B
D: Shiga toxin 2K subunit B
E: Shiga toxin 2K subunit B
H: Shiga toxin 2K subunit B
I: Shiga toxin 2K subunit B
A: Shiga toxin 2K subunit A
F: Shiga toxin 2K subunit B
G: Shiga toxin 2K subunit B
J: Shiga toxin 2K subunit B
K: Shiga toxin 2K subunit B
L: Shiga toxin 2K subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,54022
ポリマ－143,56412
非ポリマー97610
水2,090116
1
B: Shiga toxin 2K subunit A
C: Shiga toxin 2K subunit B
D: Shiga toxin 2K subunit B
E: Shiga toxin 2K subunit B
H: Shiga toxin 2K subunit B
I: Shiga toxin 2K subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,39313
ポリマ－71,7826
非ポリマー6117
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12540 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area23200 Å2
手法PISA
2
A: Shiga toxin 2K subunit A
F: Shiga toxin 2K subunit B
G: Shiga toxin 2K subunit B
J: Shiga toxin 2K subunit B
K: Shiga toxin 2K subunit B
L: Shiga toxin 2K subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1489
ポリマ－71,7826
非ポリマー3663
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12370 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.178, 157.022, 107.407
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Shiga toxin 2K subunit ... , 2種, 12分子 BACDEHIFGJKL

#1: タンパク質 Shiga toxin 2K subunit A


分子量: 33038.961 Da / 分子数: 2 / 変異: E167Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: E167Q / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: stx2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle T7 / 参照: UniProt: L0I969
#2: タンパク質
Shiga toxin 2K subunit B / Shiga toxin 2B subunit / Verocytotoxin 2 B-subunit


分子量: 7748.584 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: vtx2B, stx2B, stx2B_2, BvCmsKKP036_03423, BvCmsNSP045_04912
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q4PS70

-
非ポリマー , 4種, 126分子

#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 10% w/v PEG 8000, 15% Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.039→107.059 Å / Num. obs: 94159 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 328715
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.039-2.1773.60.6611708447090.660.4050.7771.664.4
6.008-107.0593.50.0321631247070.9970.020.03830.298.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R4P

1r4p


解像度: 2.287→52.076 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2245 1992 2.37 %
Rwork0.1968 --
obs0.1974 83973 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 191.64 Å2 / Biso mean: 75.3925 Å2 / Biso min: 39.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.287→52.076 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9873 0 135 116 10124
Biso mean--92.86 58.14 -
残基数----1266
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2872-2.34440.31411440.2912581799
2.3444-2.40780.30841400.28125869100
2.4078-2.47870.29121480.2704587999
2.4787-2.55870.28861450.2671586499
2.5587-2.65010.25091310.2577585099
2.6501-2.75620.29471460.2501581098
2.7562-2.88160.30951350.2593582899
2.8816-3.03350.26411420.2537587599
3.0335-3.22360.28631580.2503587799
3.2236-3.47240.2421350.2391585699
3.4724-3.82180.24611340.2064583298
3.8218-4.37450.20451520.1645587799
4.3745-5.51050.171360.1483580498
5.5105-52.0760.1841460.1575594398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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