[日本語] English
万見
- PDB-6u3o: JR51 DQ2-p.aeru-alpha2a complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u3o
タイトルJR51 DQ2-p.aeru-alpha2a complex
要素
  • (MHC class II HLA-DQ- ...) x 2
  • (T-CELL RECEPTOR, JR5.1 ...) x 2
  • Peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immune Complex / Celiac disease / Gliadin epitope / TCR cross-reactivity
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide transmembrane transporter activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Oligopeptide transporter OPT / Oligopeptide transporter, OPT superfamily / Metal-nicotianamine transporter YSL-like / OPT oligopeptide transporter protein / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal ...Oligopeptide transporter OPT / Oligopeptide transporter, OPT superfamily / Metal-nicotianamine transporter YSL-like / OPT oligopeptide transporter protein / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II HLA-DQ-alpha chain / MHC class II HLA-DQ-beta-1 / Oligopeptide transporter, OPT family
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.743 Å
データ登録者Petersen, J. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)CE140100011 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: T cell receptor cross-reactivity between gliadin and bacterial peptides in celiac disease.
著者: Petersen, J. / Ciacchi, L. / Tran, M.T. / Loh, K.L. / Kooy-Winkelaar, Y. / Croft, N.P. / Hardy, M.Y. / Chen, Z. / McCluskey, J. / Anderson, R.P. / Purcell, A.W. / Tye-Din, J.A. / Koning, F. / ...著者: Petersen, J. / Ciacchi, L. / Tran, M.T. / Loh, K.L. / Kooy-Winkelaar, Y. / Croft, N.P. / Hardy, M.Y. / Chen, Z. / McCluskey, J. / Anderson, R.P. / Purcell, A.W. / Tye-Din, J.A. / Koning, F. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: T-CELL RECEPTOR, JR5.1 alpha
H: T-CELL RECEPTOR, JR5.1 beta
A: T-CELL RECEPTOR, JR5.1 alpha
B: T-CELL RECEPTOR, JR5.1 beta
C: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
D: MHC class II HLA-DQ-beta-1
E: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
F: MHC class II HLA-DQ-beta-1
I: Peptide
J: Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,91812
ポリマ－194,07010
非ポリマー8492
水1,18966
1
G: T-CELL RECEPTOR, JR5.1 alpha
H: T-CELL RECEPTOR, JR5.1 beta
E: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
F: MHC class II HLA-DQ-beta-1
I: Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4596
ポリマ－97,0355
非ポリマー4241
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: T-CELL RECEPTOR, JR5.1 alpha
B: T-CELL RECEPTOR, JR5.1 beta
C: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
D: MHC class II HLA-DQ-beta-1
J: Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4596
ポリマ－97,0355
非ポリマー4241
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.057, 157.650, 106.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
T-CELL RECEPTOR, JR5.1 ... , 2種, 4分子 GAHB

#1: タンパク質 T-CELL RECEPTOR, JR5.1 alpha


分子量: 22567.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 T-CELL RECEPTOR, JR5.1 beta


分子量: 27229.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
MHC class II HLA-DQ- ... , 2種, 4分子 CEDF

#3: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-alpha chain


分子量: 21501.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O19705
#4: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-beta-1


分子量: 23703.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O19712

-
タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 70分子 IJ

#5: タンパク質・ペプチド Peptide


分子量: 2033.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9HX82*PLUS
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 23%PEG3350, 0.01mM Na-Acetate, 0.1 M Tris pH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.743→47.03 Å / Num. obs: 58874 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.04437 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.743→2.841 Å / Num. unique obs: 5791 / Rpim(I) all: 0.3744

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.743→47.03 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
反射数%反射
obs58558 99.26 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.743→47.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12766 0 56 66 12888

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る