PDB-6u3l: Crystal structure of Hemerythrin HHE cation binding domain-contai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u3l

タイトル

Crystal structure of Hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein: Rv2633c homolog from Mycobacterium kansasii

要素

Hemerythrin HHE cation binding domain protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Hemerythrin HHE cation binding domain protein / Hemerythrin HHE cation binding domain protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium kansasii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a hemerythrin-like protein from Mycobacterium kansasii and homology model of the orthologous Rv2633c protein of M. tuberculosis.
著者: Ma, Z. / Abendroth, J. / Buchko, G.W. / Rohde, K.H. / Davidson, V.L.

履歴

登録	2019年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2020年1月22日	ID: 6PIE
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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類似構造データ	4fr9-d 6q09-d 6tyj-d 6ltz-d 3ebq-d 6iuh-1 6pbi-2 3irb-1 1c6h-d 6pml-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MykaA.20209.a TargetTrack: MykaA.20209.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hemerythrin HHE cation binding domain protein

ヘテロ分子

19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.050, 52.050, 104.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Hemerythrin HHE cation binding domain protein 分子量: 19533.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium kansasii (バクテリア) 遺伝子: BZL29_7639 / プラスミド: MykaA.20209.a.B11 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1V3WIE5, UniProt: X7XZL2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.45 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MCSG-1 screen F3: 200mM ammonium citrate, 25% PEG 3350: MykaA.20209.a.B11.PB00101 at 2mg/ml, grown at 14C: cryo: 20% EG: tray 308332F3: puck vlf8-4. For experimental phasing, a crystal from ...詳細: MCSG-1 screen F3: 200mM ammonium citrate, 25% PEG 3350: MykaA.20209.a.B11.PB00101 at 2mg/ml, grown at 14C: cryo: 20% EG: tray 308332F3: puck vlf8-4. For experimental phasing, a crystal from MCSG-1 screen, condition F3 (200mM ammonium citrate, 25% PEG 3350) with MykaA.20209.a B1.PB00101 at 3mg/ml, grown at 14C, was incubated for 15 sec each in a solution of 90% reservoir and 10% 2.5M sodium iodide in ethylene glycol, and then in a solution of 80% reservoir and 20% 2.5M sodium iodide in ethylene glycol, and vitrified in liquid nitrogen: tray 308326f3: puck fdn8-5

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.45 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: MCSG-1 screen F3: 200mM ammonium citrate, 25% PEG 3350: MykaA.20209.a.B11.PB00101 at 2mg/ml, grown at 14C: cryo: 20% EG: tray 308332F3: puck vlf8-4. For experimental phasing, a crystal from ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-F		1	0.97872
回転陽極			RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX-300	1	CCD	2010年3月21日
RIGAKU SATURN 944+	2	CCD	2010年3月18日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID	モノクロメーター
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2	C(111)

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97872	1
2	1.5418	1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 17189 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.91 % / B_iso Wilson estimate: 28.21 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_rim(I) all: 0.044 / Χ²: 1.052 / Net I/σ(I): 24.94

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	4.944	0.639	2.18	1264	0.85	0.716	99.9
1.8-1.84	6.278	0.552	3.11	1200	0.911	0.603	100
1.84-1.9	7.179	0.46	4.28	1177	0.944	0.496	100
1.9-1.96	7.279	0.344	5.69	1149	0.974	0.37	100
1.96-2.02	7.297	0.232	8.23	1123	0.987	0.249	100
2.02-2.09	7.21	0.174	10.88	1084	0.991	0.188	100
2.09-2.17	7.223	0.118	15.16	1044	0.996	0.128	100
2.17-2.26	7.222	0.096	18.98	1012	0.997	0.103	100
2.26-2.36	7.245	0.076	22.86	957	0.998	0.082	100
2.36-2.48	7.223	0.062	27.36	937	0.998	0.067	100
2.48-2.61	7.181	0.054	31.58	894	0.998	0.058	100
2.61-2.77	7.201	0.047	35.44	829	0.999	0.05	99.9
2.77-2.96	7.174	0.039	41.78	782	0.999	0.042	100
2.96-3.2	7.15	0.033	47.36	752	0.999	0.035	100
3.2-3.5	7.02	0.029	55.03	689	0.999	0.031	100
3.5-3.91	6.998	0.025	60.74	641	1	0.027	100
3.91-4.52	6.911	0.02	64.53	551	1	0.022	99.8
4.52-5.53	6.858	0.021	63.14	487	1	0.023	100
5.53-7.83	6.475	0.023	60.94	383	0.999	0.025	100
7.83-50	5.615	0.02	62.2	234	0.999	0.022	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定
PARROT		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→45.08 Å / SU ML: 0.2115 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.5768

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2179	1695	9.87 %	0
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.1819	17176	99.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1266	0	4	118	1388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	1331
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8509	1816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0483	206
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	239
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9897	825

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.8	0.3205	122	0.2647	1296	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.8-1.86	0.3171	136	0.2375	1268	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.86-1.93	0.2702	125	0.2143	1265	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.93-2	0.2446	147	0.2041	1266	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2-2.09	0.2396	147	0.1946	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.21	0.2307	158	0.1757	1248	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.21-2.34	0.239	133	0.1846	1295	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.34-2.52	0.2422	148	0.1913	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.78	0.2663	154	0.1892	1288	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.78-3.18	0.2151	143	0.1868	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-4.01	0.1915	144	0.1592	1332	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-45.08	0.1733	138	0.158	1414	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.66024167452	-3.8201962432	4.75196548826	3.98821450465	-2.8589896442	4.33815835422	-0.0261965213318	-0.473545013238	-0.252826132632	0.31205489565	0.589039026483	0.749324892536	-0.18193020895	-0.976931404034	-0.415945618507	0.176486601142	0.00630332346429	0.0600874574933	0.351182083719	0.0899254997462	0.294098931663	-16.2453175796	32.5994336078	4.49369254542
2	1.94987068809	-2.60611609303	2.60935356981	5.15450508469	-5.05054777977	5.38253578539	0.0555163942658	-0.076841324243	-0.0543996791871	-0.0336777621839	0.147182607404	0.166638779794	0.0584417463935	-0.163483735768	-0.210492025825	0.136564239928	-0.0343471653077	0.00876240532833	0.210380273101	-0.00189197012844	0.157037816137	-6.7939753738	32.515628672	1.60834811877
3	6.37370760574	-4.64497598297	3.18498336538	4.44313729018	-1.17459317422	3.02207225587	-0.10389227415	-0.209819740532	0.25246661922	0.226853918272	-0.107017809002	-0.500818362961	-0.0542329922715	0.146667180106	0.204224778562	0.253616946553	-0.045325140705	0.0113638661483	0.211895134699	0.0333008100539	0.206157375732	-1.58516285656	43.466877219	2.64372420812
4	5.92841783339	-3.87187546465	4.46004311711	2.52955198371	-2.91247772057	3.36527354914	0.277528727429	0.507894815712	0.523753016325	0.177812409303	0.0532364893844	-0.529314681864	-0.664457436083	0.727171312507	0.391943518225	0.290477037155	-0.0600135171444	-0.0184577497549	0.329317797057	-0.00188934206132	0.244055274012	7.42871005842	28.9535998627	17.341819928
5	9.24006039947	-7.35392341048	6.05742803843	8.6717453132	-6.15337921695	7.40273184678	-0.55130242933	-0.10191306351	0.388172749601	0.524662562459	0.360012106964	0.117626053539	-1.33204830179	-0.839647698396	0.072708816956	0.55377656444	0.115220414528	0.0152246104496	0.352876033262	0.019796827625	0.288016584124	-5.9696474026	38.8968591458	11.3153162421
6	4.34044242826	0.0799512619941	1.97140225346	3.35890176149	-0.803355774215	3.78056792216	-0.297890901779	-0.713685726551	0.488049735899	0.617530204712	0.512353607301	0.690134021968	-0.508263337521	-0.622504575955	-0.136209215874	0.308050862611	0.154914766294	0.0924192916092	0.473705827694	0.152613998196	0.478127210288	-21.0058964285	48.796777377	-5.83061241663
7	7.69109251111	-5.05184608052	1.70656303504	7.31814312432	-2.70106809096	4.43533442296	-0.0456663609006	0.106077182982	-0.195984575787	-0.244620994884	0.185493057433	0.320576114921	0.474696254677	0.059693034734	-0.20204415053	0.255436298323	-0.0503825282798	-0.00997013305421	0.264956469312	0.0347968032777	0.174938003538	-11.367904844	29.8686425608	-8.82607655466
8	5.17889301799	-2.93377164679	1.17848255852	9.03243904813	-2.87603270537	4.0823919993	-0.291273585764	-0.038815759953	0.501439244256	0.157936759288	-0.0177672084272	-0.809726420964	-0.658314513655	1.2774321531	0.405686470648	0.471361592061	-0.125124222441	-0.0346136536686	0.739984720142	0.00962201320654	0.256045997268	3.61976144268	30.3145284525	-1.09797722196

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 60 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 61 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 90 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 91 through 112 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 113 through 123 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 124 through 152 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 153 through 161 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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