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- PDB-6u3k: The crystal structure of 4-(pyridin-2-yl)benzoate-bound CYP199A4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u3k
タイトルThe crystal structure of 4-(pyridin-2-yl)benzoate-bound CYP199A4
要素Cytochrome P450シトクロムP450
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Cytochrome P450 (シトクロムP450) / 4-pyridin-2-ylbenzoic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / シトクロムP450 / シトクロムP450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / シトクロムP450 / Cytochrome P450 superfamily / シトクロムP450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 4-(pyridin-2-yl)benzoic acid / シトクロムP450
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Podgorski, M.N. / Bruning, J.B. / Bell, S.G.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP140103229 オーストラリア
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Biophysical Techniques for Distinguishing Ligand Binding Modes in Cytochrome P450 Monooxygenases.
著者: Podgorski, M.N. / Harbort, J.S. / Coleman, T. / Stok, J.E. / Yorke, J.A. / Wong, L.L. / Bruning, J.B. / Bernhardt, P.V. / De Voss, J.J. / Harmer, J.R. / Bell, S.G.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4394
ポリマ－44,5871
非ポリマー8513
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area14830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.270, 51.240, 79.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 / シトクロムP450 / CYP199A4


分子量: 44587.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain HaA2) (光合成細菌)
株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2IU02, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PQS / 4-(pyridin-2-yl)benzoic acid / 4-(2-ピリジル)安息香酸


分子量: 199.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2 M magnesium acetate, 100 mM Bis-Tris buffer (adjusted with acetic acid to pH 5.0-5.75),20-32% w/v PEG3350
PH範囲: 5.0-5.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月27日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) water-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.233 Å / Num. obs: 32441 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 17.95 Å2 / CC1/2: 0.934 / Rmerge(I) obs: 0.492 / Rpim(I) all: 0.196 / Rrim(I) all: 0.53 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.847.32.8071383119000.4461.0993.0150.997.1
9-44.235.20.23314802870.8820.1090.2595.898.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.76 Å44.23 Å
Translation5.76 Å44.23 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5UVB

5uvb


解像度: 1.8→44.233 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 1690 5.21 %
Rwork0.1968 --
obs0.199 32417 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 62.38 Å2 / Biso mean: 21.7622 Å2 / Biso min: 9.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→44.233 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3021 0 59 250 3330
Biso mean--14.7 27.17 -
残基数----393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7754373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2742617
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.8530.37791310.3443251897
1.853-1.91280.31481120.2893255097
1.9128-1.98110.32891340.2713252097
1.9811-2.06050.29211590.2464251798
2.0605-2.15420.29521340.224254498
2.1542-2.26780.28741280.2023255998
2.2678-2.40990.21691510.1983253198
2.4099-2.59590.25371690.1843253798
2.5959-2.85710.26451570.1746257598
2.8571-3.27050.1851290.1687258499
3.2705-4.120.20161490.1543260299
4.12-44.2330.19321370.183269099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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