ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SCALA | 3.3.22データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | REFMAC | 5.8.0189精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | iMOSFLM | | データ削減 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5UY1 解像度: 1.8→58.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.19 / WRfactor Rwork: 0.1506 / FOM work R set: 0.8527 / SU B: 5.637 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.1109 / SU Rfree: 0.1084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1931 | 1545 | 5.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1573 | - | - | - |
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obs | 0.1592 | 28449 | 96.34 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 96.23 Å2 / Biso mean: 28.574 Å2 / Biso min: 15.15 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.62 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.62 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -1.23 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→58.43 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2345 | 0 | 77 | 177 | 2599 |
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Biso mean | - | - | 36.26 | 36.4 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 292 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.03 | 0.019 | 2514 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.005 | 0.02 | 2293 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.537 | 1.986 | 3440 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.366 | 3.006 | 5307 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.227 | 5 | 293 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg30.697 | 23.448 | 116 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg13.524 | 15 | 371 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg23.779 | 15 | 17 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.155 | 0.2 | 354 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.017 | 0.021 | 2787 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 535 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.287 | 101 | - |
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Rwork | 0.245 | 2084 | - |
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all | - | 2185 | - |
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obs | - | - | 96.72 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 86.862 Å / Origin y: 59.99 Å / Origin z: 10.573 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1376 Å2 | 0.0158 Å2 | 0.0127 Å2 | - | 0.0524 Å2 | 0.0146 Å2 | - | - | 0.006 Å2 |
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L | 1.1208 °2 | 0.2896 °2 | 0.3302 °2 | - | 0.7338 °2 | 0.2352 °2 | - | - | 2.4658 °2 |
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S | -0.0136 Å ° | 0.0319 Å ° | 0.0111 Å ° | 0.0923 Å ° | 0.0069 Å ° | 0.0211 Å ° | 0.2362 Å ° | 0.1386 Å ° | 0.0067 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A4 - 295 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A301 | | |
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