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- PDB-6u2g: BRAF-MEK complex with AMP-PCP bound to BRAF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u2g
タイトルBRAF-MEK complex with AMP-PCP bound to BRAF
要素
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE / Kinase / AMP-PCP / dimer / SIGNALING PROTEI
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of endodermal cell differentiation / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / Golgi inheritance / placenta blood vessel development ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of endodermal cell differentiation / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / Golgi inheritance / placenta blood vessel development / MAP-kinase scaffold activity / positive regulation of muscle contraction / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / labyrinthine layer development / regulation of axon regeneration / cerebellar cortex formation / melanosome transport / Signalling to p38 via RIT and RIN / type B pancreatic cell proliferation / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / Signaling by MAP2K mutants / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / negative regulation of fibroblast migration / vesicle transport along microtubule / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / central nervous system neuron differentiation / triglyceride homeostasis / regulation of T cell differentiation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / MAPK3 (ERK1) activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / endodermal cell differentiation / face development / MAP kinase kinase activity / positive regulation of ATP biosynthetic process / Bergmann glial cell differentiation / Uptake and function of anthrax toxins / thyroid gland development / synaptic vesicle exocytosis / neuron projection morphogenesis / protein kinase activator activity / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / response to axon injury / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / Schwann cell development / keratinocyte differentiation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / positive regulation of stress fiber assembly / ERK1 and ERK2 cascade / myelination / positive regulation of autophagy / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / dendrite cytoplasm / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to calcium ion / response to glucocorticoid / thymus development / protein serine/threonine kinase activator activity / animal organ morphogenesis / Signal transduction by L1 / Spry regulation of FGF signaling / cell motility / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / small GTPase binding / Negative regulation of MAPK pathway / centriolar satellite / long-term synaptic potentiation / cellular response to xenobiotic stimulus / epidermal growth factor receptor signaling pathway / neuron differentiation / chemotaxis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF
類似検索 - 分子機能
: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase B-raf / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.886 Å
データ登録者Liau, N.P.D. / Wendorff, T. / Hymowitz, S. / Sudhamsu, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Negative regulation of RAF kinase activity by ATP is overcome by 14-3-3-induced dimerization.
著者: Liau, N.P.D. / Wendorff, T.J. / Quinn, J.G. / Steffek, M. / Phung, W. / Liu, P. / Tang, J. / Irudayanathan, F.J. / Izadi, S. / Shaw, A.S. / Malek, S. / Hymowitz, S.G. / Sudhamsu, J.
履歴
登録2019年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8807
ポリマ－78,7252
非ポリマー1,1555
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.420, 117.420, 130.273
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 43506.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 35217.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 4種, 38分子

#3: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium sulfate, MES, PEK 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.886→80.159 Å / Num. obs: 23613 / % possible obs: 99.05 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02315 / Net I/av σ(I): 17.85 / Net I/σ(I): 17.85
反射 シェル解像度: 2.886→2.989 Å / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 2337 / CC1/2: 0.786 / % possible all: 99.96

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829_final精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MNE

4mne


解像度: 2.886→80.159 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2757 1205 5.1 %
Rwork0.229 22403 -
obs0.2313 23608 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 194.95 Å2 / Biso mean: 79.0371 Å2 / Biso min: 37.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.886→80.159 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4531 0 69 33 4633
Biso mean--63.05 58.16 -
残基数----573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0164703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3246336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008799
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.8441770
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.886-3.00180.35841490.31142451100
3.0018-3.13840.3091470.26452467100
3.1384-3.30390.29761070.25142507100
3.3039-3.51090.29881220.26952492100
3.5109-3.78190.26281240.2271230992
3.7819-4.16250.24691520.21152469100
4.1625-4.76480.23841260.19832512100
4.7648-6.00280.24021280.22242554100
6.0028-80.1590.31481500.22612642100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 52.4199 Å / Origin y: -44.4515 Å / Origin z: -17.9216 Å
111213212223313233
T0.2752 Å2-0.0022 Å2-0.0436 Å2-0.685 Å20.1017 Å2--0.4696 Å2
L0.8237 °20.1389 °20.1809 °2-2.5004 °21.6543 °2--3.486 °2
S0.0735 Å °-0.2028 Å °-0.1438 Å °0.1107 Å °0.0901 Å °-0.1602 Å °-0.0446 Å °-0.1873 Å °-0.0932 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA43 - 902
2X-RAY DIFFRACTION1allB451 - 901
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 40
4X-RAY DIFFRACTION1allC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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