PDB-6u0f: Neutron crystal structure of T4L L99AE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u0f

タイトル

Neutron crystal structure of T4L L99AE

要素

Endolysin

キーワード

HYDROLASE / T4 Lysozyme / cavity

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR /

分子置換 / 解像度: 2.053 Å

データ登録者

Cuneo, M.J. / Myles, D.A. / Li, L.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solvent entry into cavities of T4 lysozyme.
著者: Li, L. / Myles, D.A. / Cuneo, M.J.

履歴

登録	2019年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u0f.cif.gz	81.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u0f.ent.gz	63.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6u0f_validation.pdf.gz	385 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u0f_full_validation.pdf.gz	385.8 KB	表示
XML形式データ	6u0f_validation.xml.gz	5.6 KB	表示
CIF形式データ	6u0f_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6u0bC 6u0cC 5vnqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1g0j-d 247l-d 1qt5-d 253l-d 2lcb-d 1pqi-d 1lyd-d 3dn4-d 1p64-d 1pqd-d 1qt7-d 2ou9-d 3ht6-d 3hua-d 246l-d 3htb-d 2a4t-d 3dn0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Endolysin

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.100, 61.100, 97.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase 分子量: 18586.283 Da / 分子数: 1 / 変異: L99A, C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: e, T4Tp126 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: D9IEF7, UniProt: P00720*PLUS, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折	1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: ~2.0 M Na/K phosphate, pH 6-7, 250 mM NaCl

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	298	1	N
2	298	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	1	1.5418
NUCLEAR REACTOR	ORNL Spallation Neutron Source	MANDI		2	2.0-4.0

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	2017年8月1日
ORNL ANGER CAMERA	2	IMAGE PLATE	2017年8月1日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	2	1
3	4	1

反射

Entry-ID: 6U0F

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_sym value	Diffraction-ID	Net I/σ(I)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_pim(I) all
2.05-50	13092	96.4	3.2	0.096	1	10.4
2-15	12780	86.1	3.8		2	8.1	0.994	0.1487	0.07717

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all	CC_1/2	R_pim(I) all
2.05-2.12		0.0556	2.3	1262	1	95.6
2-2.064	2.9	0.2253	3.44	1086	2	75.8	0.534	0.127

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Mantid		データ削減
LaueView		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 18.65 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 5VNQ

5vnq

解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso max (Å²)	B_iso mean (Å²)	B_iso min (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	Diffraction-ID	σ(F)
2.053-35.754	X-RAY DIFFRACTION	118.62	32.3898	12.04	0.1949	0.1602	0.162	652	13092	5	96.38	1	1.35
2-13.795	NEUTRON DIFFRACTION				0.2406	0.2188	0.2199	641	12780	5.02	86.44	2	0

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.053→35.754 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1306	0	1	157	1464
B_iso mean	-	-	26.64	40.94	-
残基数	-	-	-	-	164

LS精密化シェル

R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.1462	0.2811	117	0.2894	2213	NEUTRON DIFFRACTION	80
2.1462-2.3612	0.2825	123	0.2746	2368	NEUTRON DIFFRACTION	85
2.3612-2.7007	0.2682	122	0.2551	2343	NEUTRON DIFFRACTION	85
2.7007-3.3942	0.2692	135	0.2379	2510	NEUTRON DIFFRACTION	89
3.3942-13.795	0.1964	144	0.162	2705	NEUTRON DIFFRACTION	93
2.053-2.2114	0.2282	118	0.2006	2385	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2114-2.4339	0.2031	131	0.1777	2445	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4339-2.786	0.2329	127	0.1801	2490	X-RAY DIFFRACTION	97
2.786-3.5096	0.2126	136	0.1687	2502	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5096-35.754	0.1626	143	0.134	2615	X-RAY DIFFRACTION	97

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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