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- PDB-6tyr: Crystal structure of Laccase from Thermus thermophilus HB27 with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tyr
タイトルCrystal structure of Laccase from Thermus thermophilus HB27 with a close conformation of its beta-hairpin
要素Laccase
キーワードOXIDOREDUCTASE / close loop / laccase / multicopper oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / ferroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / COPPER (II) ION / Laccase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.813 Å
データ登録者Miranda-Blancas, R. / Rudino-Pinera, E.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: The beta-hairpin from the Thermus thermophilus HB27 laccase works as a pH-dependent switch to regulate laccase activity.
著者: Miranda-Blancas, R. / Avelar, M. / Rodriguez-Arteaga, A. / Sinicropi, A. / Rudino-Pinera, E.
履歴
登録2019年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4518
ポリマ－48,7911
非ポリマー6597
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Protein was loaded at superdex 75 column and eluted woth MES pH 5.5 20 mM and 50 mM NaCl
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.445, 85.386, 169.156
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-276-

ARG

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要素

#1: タンパク質 Laccase / multicopper oxidase


分子量: 48791.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C1370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72HW2, laccase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 4000, 20% 2-propanol, 100 mM sodium citrate pH 5.5
PH範囲: 5.5-5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月25日 / 詳細: OSMIC VARIMAX CU-HF
放射モノクロメーター: Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→42.29 Å / Num. obs: 39303 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 23.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0307 / Rpim(I) all: 0.0307 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 25.62
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.81-1.881.90.3472.934300.6820.3470.49185.4
1.88-1.951.90.2454.138130.820.2450.34695
1.95-2.041.90.1685.938450.8990.1680.23795.6
2.04-2.151.90.128.138620.9460.120.1796.5
2.15-2.281.90.0911.239430.9670.090.12796.9
2.28-2.461.90.06914.239410.9810.0690.09797.4
2.46-2.711.90.05418.839970.9870.0540.07798.7
2.71-3.120.0332.741010.9960.030.04399.8
3.1-3.9120.0255.841080.9980.020.02899.9
3.91-42.2920.01391.342630.9990.0130.01899.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACK7.0.076データスケーリング
PHASER7.0.076位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XU9

2xu9


解像度: 1.813→42.29 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 1908 4.86 %
Rwork0.1806 --
obs0.1831 39244 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.99 Å2 / Biso mean: 27.8254 Å2 / Biso min: 9.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.813→42.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3439 0 34 290 3763
Biso mean--41.24 36.28 -
残基数----439
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8134-1.85870.3279950.2824223282
1.8587-1.9090.31191230.2656256394
1.909-1.96510.33871560.2358258595
1.9651-2.02860.28691370.2123263396
2.0286-2.10110.26351270.2136263096
2.1011-2.18520.24261540.2024263397
2.1852-2.28460.26351230.1976268297
2.2846-2.40510.24961250.1883268697
2.4051-2.55580.26041380.1921268398
2.5558-2.75310.23781360.1856276599
2.7531-3.030.21271420.1784272899
3.03-3.46830.22191540.16532787100
3.4683-4.3690.19711540.14522806100
4.369-42.290.20951440.1662923100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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