PDB-6tyj: Crystal structure of zinc-bound Hemerythrin HHE cation binding do...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tyj

タイトル

Crystal structure of zinc-bound Hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein (soak): Rv2633c homolog from Mycobacterium kansasii

要素

Hemerythrin HHE cation binding domain protein

キーワード

PROTEIN BINDING / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / metal ion binding / Hemerythrin HHE cation binding domain protein / Hemerythrin HHE cation binding domain protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium kansasii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of zinc-bound Hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein (soak): Rv2633c homolog from Mycobacterium kansasii
著者: Abendroth, J. / Delker, S.L. / Buchko, G.W. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tyj.cif.gz	101.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tyj.ent.gz	62.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tyj_validation.pdf.gz	250.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tyj_full_validation.pdf.gz	250.3 KB	表示
XML形式データ	6tyj_validation.xml.gz	1 KB	表示
CIF形式データ	6tyj_validation.cif.gz	3.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/6tyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/6tyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pie PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3twt-2 6u3l-d 5ffc-1 3cdo-3 6usb-d 6a6i-4 3bt5-d 3ebq-d 1ft0-2 6cyo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MykaA.20209.a TargetTrack: MykaA.20209.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hemerythrin HHE cation binding domain protein

ヘテロ分子

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.230, 52.230, 104.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Hemerythrin HHE cation binding domain protein 分子量: 19533.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium kansasii (バクテリア) 遺伝子: BZL29_7639 / プラスミド: MykaA.20209.a.B11 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1V3WIE5, UniProt: X7XZL2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Optimization screen around condition MCSG1-H6, well C1: 3.0M sodium formate, 100mM Sodium acetate / HCl pH 4.43: MykaA.20209.a.B11.PB00104 at 22mg/ml, iron-containing red protein: O/N soak ...詳細: Optimization screen around condition MCSG1-H6, well C1: 3.0M sodium formate, 100mM Sodium acetate / HCl pH 4.43: MykaA.20209.a.B11.PB00104 at 22mg/ml, iron-containing red protein: O/N soak with 5mM ZnCl2: cryo: direct: tray 311000c1: puck ydb7-6

結晶

マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.83 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Optimization screen around condition MCSG1-H6, well C1: 3.0M sodium formate, 100mM Sodium acetate / HCl pH 4.43: MykaA.20209.a.B11.PB00104 at 22mg/ml, iron-containing red protein: O/N soak ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月25日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 22570 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.68 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 24.28

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	6.693	0.558	3.19	1653	0.918	0.605	100
1.64-1.69	8.594	0.523	4.16	1618	0.959	0.557	99.9
1.69-1.74	10.473	0.472	5.35	1515	0.978	0.497	100
1.74-1.79	10.931	0.362	7.06	1510	0.987	0.38	99.9
1.79-1.85	10.924	0.268	9.29	1482	0.993	0.281	100
1.85-1.91	10.946	0.193	12.25	1404	0.996	0.203	100
1.91-1.98	10.897	0.156	15.13	1373	0.996	0.163	100
1.98-2.07	10.92	0.111	19.97	1340	0.998	0.116	100
2.07-2.16	10.894	0.083	25.29	1269	0.999	0.088	100
2.16-2.26	10.856	0.071	29.25	1215	0.999	0.075	100
2.26-2.39	10.788	0.061	33.48	1182	0.999	0.064	100
2.39-2.53	10.808	0.053	38.75	1070	0.999	0.056	100
2.53-2.7	10.758	0.05	41.03	1042	0.999	0.053	100
2.7-2.92	10.644	0.045	45.57	992	0.999	0.047	100
2.92-3.2	10.446	0.042	48.74	890	0.999	0.044	100
3.2-3.58	10.301	0.037	52.06	826	0.999	0.039	100
3.58-4.13	10.217	0.033	53.44	741	1	0.035	100
4.13-5.06	10.029	0.032	54.33	627	0.999	0.034	100
5.06-7.16	9.583	0.036	52.71	509	0.999	0.038	100
7.16-50	7.981	0.035	48.96	312	0.998	0.038	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6pie, apo structure

6pie
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.6→45.23 Å / SU ML: 0.1692 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.0064

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2076	2012	8.94 %	0
R_work	0.1775	-	-	-
obs	0.1802	22495	99.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1268	0	4	153	1425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1320
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8953	1801
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0537	208
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	236
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.9394	821

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2592	153	0.2257	1449	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.64-1.68	0.2762	135	0.2206	1465	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.68-1.73	0.2865	135	0.2192	1402	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.73-1.79	0.2547	154	0.2065	1413	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.79-1.85	0.2487	145	0.2033	1446	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.85-1.93	0.2259	152	0.1866	1438	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.93-2.02	0.224	143	0.1893	1451	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.02-2.12	0.2481	141	0.1839	1432	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.12-2.26	0.2148	146	0.1852	1471	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.26-2.43	0.2117	128	0.1753	1456	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.43-2.67	0.1936	136	0.185	1469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-3.06	0.2356	148	0.1882	1500	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.86	0.203	123	0.1686	1525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-45.23	0.168	173	0.1555	1566	X-RAY DIFFRACTION	99.77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7875564645	-2.71513106041	3.31554705739	3.50746784777	-3.14759105904	4.18980531264	0.0662037599848	-0.583918892472	-0.289670177686	0.0925139689968	0.541520442778	0.54444349188	0.0438570079735	-1.03104750772	-0.588739789326	0.159377544791	0.00521399953315	0.0299765872784	0.386248232531	0.107357506118	0.258392016771	-16.1869168449	32.2488215667	4.41064307843
2	2.3210384404	-2.24440706119	2.37279698538	3.93658920105	-3.46328812214	4.51117348482	0.0897848674339	0.0181014020785	0.00828246394381	-0.111314146708	0.00586468172531	-0.0429101169003	0.147266461954	-0.0885158555128	-0.142279952074	0.144776231	-0.0153573374473	0.00542243702329	0.208991380192	0.00316365968182	0.166117126982	-6.72781715141	32.3275567553	1.40376399942
3	4.74383998133	-4.11366158741	4.28295040523	6.96564521461	-5.5406232845	6.76790293971	-0.191881318549	0.0780830214052	0.238920623416	0.55120562775	-0.222375009404	-0.500540796057	-0.596772661318	0.338973474513	0.528901501181	0.265996775791	-0.0487705675645	-0.0341451203993	0.201406659265	0.0342770882353	0.217544984905	-2.19127998179	43.7821731474	2.50811592617
4	7.67082249153	-4.9965551013	3.92939510615	5.24153908586	-3.45086328211	5.48762072976	-0.201315471481	-0.0624353509841	0.560592757684	0.396683648007	-0.0123737229349	-0.395383480039	-0.761888700899	-0.336959759925	0.223379172056	0.333292701524	0.0637066001588	0.0131036637709	0.22853913265	-0.0111202456403	0.21974012246	-4.31641552027	37.5231086611	11.9735206782
5	1.80514263132	-1.70666640018	-0.175175235071	5.24841537411	0.355549744471	2.56128320555	-0.0996684621919	-0.108837580976	-0.119464730348	-0.0760850398252	0.200777174099	0.405231145604	0.129260458323	-0.23503746038	-0.106500220285	0.157068604787	-0.0141749482186	-0.0140399691173	0.297955729856	0.0561794849579	0.155246769119	-13.9639703753	34.6485000078	-8.23062148963
6	8.76101148585	-2.28228664118	-2.44527438857	2.4374896576	0.269927438463	4.55209104332	-0.0316940283063	0.0125720907321	0.25303661873	-0.716723464378	-0.120470982485	-0.464579525961	-0.811817142812	-0.223135522207	0.062129188787	0.482890315841	0.0590773391816	-0.0151786597263	0.610052630245	0.0386058884787	0.303076630357	4.10519868819	30.451253404	-1.33880855024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 60 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 61 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 112 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 113 through 152 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 153 through 161 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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