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- PDB-6ty2: CT PART CRYSTAL STRUCTURE OF THE RYMV-ENCODED VIRAL RNA SILENCING... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ty2
タイトルCT PART CRYSTAL STRUCTURE OF THE RYMV-ENCODED VIRAL RNA SILENCING SUPPRESSOR P1
要素p1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ZINC FINGERS / RNA SILENCING SUPPRESSOR
機能・相同性metal ion binding / p1
機能・相同性情報
生物種Rice yellow mottle virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Vignols, F. / Hoh, F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: A Flexible and Original Architecture of Two Unrelated Zinc Fingers Underlies the Role of the Multitask P1 in RYMV Spread.
著者: Poignavent, V. / Hoh, F. / Terral, G. / Yang, Y. / Gillet, F.X. / Kim, J.H. / Allemand, F. / Lacombe, E. / Brugidou, C. / Cianferani, S. / Demene, H. / Vignols, F.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2013
タイトル: The RYMV-encoded viral suppressor of RNA silencing P1 is a zinc-binding protein with redox-dependent flexibility.
著者: Gillet, F.X. / Cattoni, D.I. / Petiot-Becard, S. / Delalande, F. / Poignavent, V. / Brizard, J.P. / Bessin, Y. / Dorsselaer, A.V. / Declerck, N. / Sanglier-Cianferani, S. / Brugidou, C. / Vignols, F.
#2: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2019
タイトル: NMR chemical shift backbone assignment of the viral protein P1 encoded by the African Rice Yellow Mottle Virus.
著者: Yang, Y. / Poignavent, V. / Gillet, F.X. / Vignols, F. / Demene, H.
履歴
登録2020年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.id ..._citation.country / _citation.id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p1
B: p1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0014
ポリマ－12,8702
非ポリマー1312
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area7620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)38.081, 31.188, 41.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 p1


分子量: 6435.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rice yellow mottle virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q709H6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M tri-Sodium citrate pH 5.6, 20 %(v/v) Isopropanol and 20 %(w/v) PEG 4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.253 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.253 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→41.29 Å / Num. obs: 11192 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 1 / CC star: 0.08 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Rrim(I) all: 0.015 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.68→1.77 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1535 / Rpim(I) all: 0.6 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.98→37.368 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 344 5.03 %
Rwork0.1935 --
obs0.1953 6835 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→37.368 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数847 0 2 48 897
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0691154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004159
LS精密化 シェル解像度: 1.9805→2.4951 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2782 167 -
Rwork0.2148 3225 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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