PDB-6txm: Crystal structure of thermotoga maritima E65R Ferritin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6txm

タイトル

Crystal structure of thermotoga maritima E65R Ferritin

要素

Ferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Metal binding / engineered protein

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial non-heme ferritin / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.198 Å

データ登録者

Wilk, P. / Grudnik, P. / Kumar, M. / Heddle, J. / Chakraborti, S.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Nanoscale / 年: 2021
タイトル: A single residue can modulate nanocage assembly in salt dependent ferritin.
著者: Kumar, M. / Markiewicz-Mizera, J. / Janna Olmos, J.D. / Wilk, P. / Grudnik, P. / Biela, A.P. / Jemiola-Rzeminska, M. / Gorecki, A. / Chakraborti, S. / Heddle, J.G.

履歴

登録	2020年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6txm.cif.gz	565.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6txm.ent.gz	474 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6txm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6txm_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6txm_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6txm_validation.xml.gz	50.8 KB	表示
CIF形式データ	6txm_validation.cif.gz	68.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/6txm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/6txm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6txhC 6txiC 6txjC 6txkC 6txlC 6txnC 1vlgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6txh-1 6ls3-1 6txj-1 2jd6-2 1z4a-2 2jd6-1 2jd8-2 6kh3-1 6txn-1 6txl-1 2jd7-2 2jd7-1 6kh5-1 6txk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

G: Ferritin

H: Ferritin

ヘテロ分子

160 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

G: Ferritin

H: Ferritin

ヘテロ分子

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

G: Ferritin

H: Ferritin

ヘテロ分子

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

G: Ferritin

H: Ferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
480 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.262, 176.262, 353.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...
2	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...
3	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...
4	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...
5	1	(chain E and (resid 2 through 9 or resid 11...
6	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...
7	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...
8	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	2 - 9
1	2	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	11 - 17
1	3	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	1 - 203
1	4	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	1 - 203
1	5	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	67 - 68
1	6	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	70 - 75
1	7	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	7
1	8	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	85
1	9	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	95 - 110
1	10	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	1 - 203
1	11	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	113 - 122
1	12	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	1 - 203
1	13	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	133 - 134
1	14	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	1 - 203
1	15	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	156 - 157
1	16	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	1 - 203
1	17	1	(chain A and (resid 2 through 9 or resid 11...	A	159 - 164
2	1	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	2 - 9
2	2	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	11 - 17
2	3	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	19 - 57
2	4	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	62 - 65
2	5	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	67 - 68
2	6	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	70 - 75
2	7	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	77 - 80
2	8	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	82 - 85
2	9	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	87 - 93
2	10	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	95 - 110
2	11	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	113 - 122
2	12	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	124 - 130
2	13	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	133 - 134
2	14	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	136 - 143
2	15	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	145 - 154
2	16	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	156 - 157
2	17	1	(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...	B	159 - 164
3	1	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	2 - 9
3	2	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	11 - 17
3	3	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	19 - 57
3	4	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	65
3	5	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	67 - 68
3	6	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	70 - 75
3	7	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	77 - 80
3	8	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	82 - 85
3	9	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	87 - 93
3	10	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	1 - 164
3	11	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	1 - 164
3	12	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	133 - 134
3	13	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	156 - 154
3	14	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	156 - 157
3	15	1	(chain C and (resid 2 through 9 or resid 11...	C	159 - 164
4	1	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	2 - 9
4	2	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	11 - 17
4	3	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	19 - 57
4	4	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	59 - 60
4	5	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	65
4	6	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	67 - 68
4	7	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	70 - 75
4	8	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	77 - 80
4	9	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	82 - 85
4	10	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	87 - 93
4	11	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	1 - 201
4	12	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	1 - 201
4	13	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	133 - 134
4	14	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	156 - 154
4	15	1	(chain D and (resid 2 through 9 or resid 11...	D	156 - 157
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5	1	1	(chain E and (resid 2 through 9 or resid 11...	E	2 - 9
5	2	1	(chain E and (resid 2 through 9 or resid 11...	E	11 - 17
5	3	1	(chain E and (resid 2 through 9 or resid 11...	E	19 - 57
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5	14	1	(chain E and (resid 2 through 9 or resid 11...	E	156 - 154
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5	16	1	(chain E and (resid 2 through 9 or resid 11...	E	159 - 164
6	1	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	2 - 9
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6	4	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	59 - 60
6	5	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	65
6	6	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	67 - 68
6	7	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	70 - 75
6	8	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	77 - 80
6	9	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	82 - 85
6	10	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	87 - 93
6	11	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	1 - 201
6	12	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	1 - 201
6	13	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	133 - 134
6	14	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	156 - 154
6	15	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	156 - 157
6	16	1	(chain F and (resid 2 through 9 or resid 11...	F	159 - 164
7	1	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	2 - 9
7	2	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	11 - 17
7	3	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	19 - 57
7	4	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	65
7	5	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	67 - 68
7	6	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	70 - 75
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7	8	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	82 - 85
7	9	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	87 - 93
7	10	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	1 - 201
7	11	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	1 - 201
7	12	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	133 - 134
7	13	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	156 - 154
7	14	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	156 - 157
7	15	1	(chain G and (resid 2 through 9 or resid 11...	G	159 - 164
8	1	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	2 - 9
8	2	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	11 - 17
8	3	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	1 - 201
8	4	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	0
8	5	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	67 - 68
8	6	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	70 - 75
8	7	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	1 - 201
8	8	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	0
8	9	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	87 - 93
8	10	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	1 - 201
8	11	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	1133 - 134
8	12	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	133 - 134
8	13	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	145 - 154
8	14	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	156 - 157
8	15	1	(chain H and (resid 2 through 9 or resid 11...	H	159 - 164

#1: タンパク質	Ferritin 分子量: 19429.920 Da / 分子数: 8 / 変異: E65R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 遺伝子: TM_1128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0L2, bacterial non-heme ferritin
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン分子量: 282.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.4 M (NH4)2 SO4, 0.1M MES. pH 6.0 10mg/ml protein in 20mM HEPES, 150mM NaCl. Mixed in 1:1 ratio.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.198→47.979 Å / Num. obs: 107042 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.24 % / B_iso Wilson estimate: 47.179 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.216 / R_rim(I) all: 0.228 / Χ²: 1.048 / Net I/σ(I): 7.52

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.33	9.858	2.151	0.83	168101	17179	17052	0.403	2.269	99.3
2.33-2.49	10.615	1.401	1.45	171510	16158	16158	0.628	1.472	100
2.49-2.69	10.28	0.91	2.29	154827	15061	15061	0.81	0.958	100
2.69-2.95	10.11	0.521	4.06	140309	13890	13878	0.922	0.549	99.9
2.95-3.29	10.557	0.3	7.17	133007	12599	12599	0.975	0.315	100
3.29-3.8	10.029	0.157	12.95	111712	11157	11139	0.991	0.165	99.8
3.8-4.65	10.623	0.105	19.49	100666	9477	9476	0.995	0.111	100
4.65-6.54	9.972	0.102	19.49	73839	7410	7405	0.996	0.107	99.9
6.54-47.979	9.864	0.076	26.31	42148	4294	4273	0.997	0.08	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.83 Å	49.01 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.15	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1vlg

1vlg

解像度: 2.198→47.979 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.94

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2433	2100	1.96 %
R_work	0.2039	-	-
obs	0.2047	106996	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 180.15 Å² / B_iso mean: 62.7003 Å² / B_iso min: 35.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.198→47.979 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10952	0	278	308	11538
B_iso mean	-	-	97.09	63.87	-
残基数	-	-	-	-	1312

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3064	X-RAY DIFFRACTION	5.367	TORSIONAL
1	2	B	3064	X-RAY DIFFRACTION	5.367	TORSIONAL
1	3	C	3064	X-RAY DIFFRACTION	5.367	TORSIONAL
1	4	D	3064	X-RAY DIFFRACTION	5.367	TORSIONAL
1	5	E	3064	X-RAY DIFFRACTION	5.367	TORSIONAL
1	6	F	3064	X-RAY DIFFRACTION	5.367	TORSIONAL
1	7	G	3064	X-RAY DIFFRACTION	5.367	TORSIONAL
1	8	H	3064	X-RAY DIFFRACTION	5.367	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1982-2.2494	0.4025	137	0.3713	6809	98
2.2494-2.3056	0.4256	138	0.3331	6918	100
2.3056-2.368	0.3155	140	0.2986	6962	100
2.368-2.4376	0.3042	139	0.2838	6961	100
2.4376-2.5163	0.3395	139	0.2913	6954	100
2.5163-2.6063	0.32	140	0.2747	6957	100
2.6063-2.7106	0.3229	139	0.2644	6975	100
2.7106-2.8339	0.3042	140	0.2469	6969	100
2.8339-2.9833	0.2841	140	0.2335	6995	100
2.9833-3.1702	0.2484	139	0.2334	6966	100
3.1702-3.4149	0.2384	140	0.2031	7006	100
3.4149-3.7585	0.2379	141	0.1846	7008	100
3.7585-4.302	0.1816	141	0.1672	7053	100
4.302-5.4189	0.208	142	0.156	7090	100
5.4189-47.979	0.2171	145	0.1787	7273	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7491	-0.4639	1.9978	0.7189	-0.0222	1.5214	-0.1139	0.2448	-0.0024	-0.0198	0.0285	-0.0942	0.0565	0.232	0.0149	0.4736	0.0396	0.0193	0.4251	-0.0198	0.5077	29.3955	77.2556	108.6864
2	5.6578	1.9768	1.0911	2.3739	-0.1008	0.3875	0.2016	-0.3448	0.3122	0.1965	-0.2942	0.2074	0.0699	-0.0679	0.0579	0.4578	-0.0026	0.0291	0.4246	-0.0505	0.4587	22.4854	79.8765	114.3773
3	1.1026	-0.3443	0.3054	0.0704	0.153	0.5092	0.099	-0.0031	-0.3341	0.0207	-0.0557	-0.1507	0.2081	0.0838	-0.0394	0.514	0.0341	-0.0157	0.4281	-0.017	0.5309	29.2217	70.6596	109.9632
4	7.0051	3.5694	2.3347	2.0503	1.6646	1.5813	0	0.0072	0.5278	0.1119	-0.0774	0.2797	0.1269	-0.0168	0.0264	0.535	0.0066	-0.0277	0.3959	0.0104	0.4598	24.0837	68.3392	120.8183
5	4.4958	3.0917	0.9165	7.8116	1.238	2.765	0.6122	-1.1075	0.2874	0.737	-0.8889	0.3634	-0.3373	-0.6363	0.211	0.6355	-0.0682	0.0941	0.6856	-0.0157	0.5369	3.347	68.4274	116.2776
6	3.9582	0.2205	2.4439	0.3681	0.0078	2.6258	0.0622	0.0451	-0.1084	-0.0562	-0.0456	0.0279	-0.0288	-0.0468	-0.0124	0.455	0.0081	0.0125	0.4305	-0.0013	0.5324	18.7842	87.738	98.0376
7	5.2165	1.9962	2.1014	2.5601	0.5301	1.384	0.1654	-0.6001	0.6218	0.211	-0.2671	0.3208	0.1446	-0.2082	0.1304	0.4285	0.0254	0.0909	0.4144	-0.0505	0.5285	18.2765	91.6792	106.7988
8	1.774	-0.498	0.3318	0.5754	-0.2746	0.7233	-0.0674	-0.0451	0.2441	-0.0709	-0.0339	-0.1281	-0.1242	0.1646	0.1008	0.3971	0.0009	0.0237	0.409	0.0015	0.5295	21.2483	99.3368	100.7415
9	1.7245	2.1335	0.0755	5.9993	0.3833	0.4744	0.1264	-0.2706	-0.0421	-0.1464	-0.2321	-0.4794	0.0017	0.2489	0.0155	0.4065	0.0121	-0.0933	0.5913	-0.0001	0.469	53.6754	100.6072	152.9794
10	0.4048	1.6259	-0.3727	4.9401	-1.1343	1.6572	-0.0073	-0.1567	0.044	-0.219	0.2095	0.5615	0.0556	-0.111	-0.2364	0.3817	0.0196	-0.0881	0.5918	0.0422	0.5277	44.299	97.4557	153.696
11	0.8478	0.3266	-0.0361	1.1911	0.679	0.4133	0.0773	-0.1309	-0.1142	0.1876	-0.0887	-0.2053	0.0619	0.0914	0.0124	0.481	0.0066	-0.106	0.6396	-0.0113	0.5673	54.8697	101.4898	159.3612
12	0.2046	1.3648	-0.45	5.5144	-1.3495	2.0317	0.0699	-0.0197	0.1663	0.1647	0.0676	0.5671	0.1072	-0.3825	-0.0124	0.5	-0.0277	-0.0298	0.6766	-0.0446	0.5528	44.4052	102.3929	165.9233
13	3.6534	-0.7325	0.1064	3.1187	-4.1033	6.6275	0.276	0.0388	-0.1277	0.7552	0.2827	1.4824	-0.2913	-0.7766	-0.6864	0.6904	-0.1396	0.0309	0.6745	-0.0633	0.7893	35.7226	83.3136	167.1041
14	0.2987	0.432	0.2762	4.7386	-0.2618	1.3117	0.0568	-0.0713	-0.1648	0.1832	0.0442	0.1273	0.0451	0.1686	-0.0694	0.3991	0.0492	-0.0461	0.5482	0.0345	0.5733	51.835	86.9629	141.1062
15	0.7379	0.4979	-0.0391	1.0918	0.1578	0.8793	0.0114	-0.0043	0.0034	-0.1169	0.022	-0.0628	0.0169	0.1073	-0.0452	0.4432	0.0215	-0.0558	0.5147	0.0384	0.5562	47.3021	88.1909	134.5444
16	2.5239	0.5241	-0.974	5.3329	-2.2573	6.0222	0.2472	-0.0837	0.3673	-0.4543	0.4736	0.9624	-0.1564	-0.5275	-0.6181	0.754	-0.0029	-0.1847	0.4961	0.1462	0.8394	40.396	108.6522	126.4362
17	0.327	-0.0599	0.1618	0.2171	-0.786	3.7917	0.0376	0.0094	-0.1172	0.0475	0.1398	-0.0774	-0.2671	0.1293	-0.1261	0.4925	-0.0822	-0.0041	0.5635	0.0011	0.5797	39.4724	138.721	152.0195
18	0.1011	-0.4	0.3607	0.6247	1.0142	7.9279	0.0004	-0.0148	0.0184	0.0659	-0.0142	0.0398	0.7721	-0.852	0.0234	0.4993	-0.1406	0.0231	0.5157	-0.0081	0.5793	33.4384	132.2952	148.2188
19	0.2293	-0.2881	0.3702	0.4748	-0.608	0.81	0.001	-0.0457	0.0568	-0.0205	0.0116	-0.0806	0.1026	0.1331	0.0061	0.4743	-0.1073	-0.0028	0.5222	0.0289	0.515	44.2272	130.9442	149.4151
20	7.5691	-1.4876	-4.3221	3.2666	1.025	2.8429	-0.0748	0.4433	-0.3318	0.2528	-0.1698	0.0296	1.5323	-0.5897	0.1995	0.7855	-0.1251	-0.0431	0.5759	0.0092	0.5626	35.9012	122.8315	128.3296
21	1.2584	-0.3426	0.7779	0.987	-0.8575	4.2147	0.0941	-0.0598	0.1879	0.1862	0.1299	0.0354	-0.0969	-0.0298	-0.2321	0.4828	-0.0643	-0.0001	0.4423	-0.068	0.5916	27.1432	148.5918	143.165
22	0.9571	-0.3299	-1.0928	0.2516	-0.7413	5.4696	-0.0125	-0.0648	-0.0477	0.0444	-0.1212	0.0538	0.2149	-0.6177	0.1943	0.4665	-0.1225	0.0059	0.5636	-0.0684	0.5893	22.0868	141.094	146.3547
23	1.161	-0.1674	0.4098	0.5921	-0.644	1.1193	-0.0434	-0.0574	0.3297	0.0736	0.0325	-0.1142	-0.3766	-0.0728	0.0526	0.5386	-0.0862	-0.0275	0.4871	-0.1005	0.6251	23.0537	153.25	143.8984
24	0.9737	-0.0552	-0.8586	0.9329	-0.3156	1.8196	-0.3984	-0.3464	-0.0729	0.1162	-0.1353	0.0119	0.7499	0.2093	0.3006	0.497	0.0017	-0.0074	0.5711	-0.0788	0.5408	11.7531	149.1417	146.4515
25	5.0028	-1.4621	-2.2074	3.007	-1.8187	3.2978	-0.2705	-0.268	0.175	0.3604	0.0933	0.1778	0.4957	-1.0578	0.2445	0.6711	-0.0669	0.044	1.0384	-0.064	0.526	12.3916	141.6771	166.1888
26	5.3899	-1.6297	-2.0324	1.3421	0.6422	1.5802	-0.2685	-0.1119	0.2917	0.2801	0.1098	-0.1812	0.1026	0.1692	0.231	0.5999	-0.0596	-0.0875	0.5664	-0.0164	0.413	34.5789	116.9458	185.8877
27	3.021	-2.2296	-1.8977	2.1523	1.047	1.4001	0.2974	0.1377	0.0137	-0.2691	-0.3429	0.0426	-0.1297	-0.0195	0.0643	0.577	-0.0566	-0.0942	0.5714	-0.0447	0.4692	30.2704	114.1245	181.5909
28	1.8091	-0.7792	-0.8975	0.237	0.5119	1.4668	0.1072	-0.0823	0.4763	0.1794	-0.0302	-0.3232	-0.3018	0.1116	-0.0729	0.6586	-0.0571	-0.056	0.6259	-0.1038	0.5243	36.5839	125.9091	183.5104
29	4.1831	-2.8411	-1.0486	3.0985	0.8218	0.788	0.1418	-0.1431	-0.229	-0.0322	0.0557	0.4056	-0.2272	0.04	-0.2135	0.6196	-0.0481	-0.0093	0.5787	0.006	0.4986	32.5611	126.5379	173.5824
30	3.0079	-1.1325	-0.7298	2.9452	-0.229	2.3729	0.5684	0.6541	0.0284	-0.9019	-0.6658	0.7036	-0.1985	-0.0271	0.0255	0.7843	0.149	-0.0457	0.879	-0.0354	0.605	12.8455	132.8092	178.376
31	2.6282	-0.2194	-1.6971	1.4995	0.4114	2.1946	-0.1556	-0.3282	-0.0133	0.364	0.0371	-0.0373	0.2844	0.0849	0.1063	0.5884	0.0103	-0.0636	0.6871	0.0316	0.4268	22.0854	109.6434	196.6597
32	2.4117	-1.5084	-1.3559	3.1308	0.8364	0.605	-0.2086	-0.0403	-0.3577	-0.062	0.0654	0.2443	-0.0344	-0.0557	0.0969	0.6539	-0.0293	-0.0927	0.6735	-0.0149	0.4625	20.5408	109.0231	189.947
33	2.9269	1.1668	2.2857	0.5042	0.7169	3.6052	-0.1976	-1.0365	-0.5239	0.6476	-0.0018	-0.036	-0.2681	0.4224	0.3257	0.7972	0.0749	-0.0258	0.8974	0.1368	0.6198	36.3916	100.5985	195.1064
34	3.1328	-2.0693	-1.2942	3.4163	0.6777	2.5195	-0.095	-0.1643	-0.2341	0.2382	-0.1885	-0.1567	0.1335	0.1816	0.27	0.552	-0.0561	-0.0511	0.6065	0.0746	0.4806	17.6934	100.5399	201.6397
35	2.7984	-2.7477	-0.8884	4.1081	1.4669	0.6494	0.3162	0.027	-0.0728	-0.6297	-0.2301	-0.2663	-0.1592	-0.0193	-0.0776	0.6774	0.0226	0.0257	0.6798	0.1243	0.5544	15.1951	95.4429	193.5866
36	3.649	-0.567	-1.6885	6.1323	0.187	4.3955	-0.3736	-0.3982	-1.0677	-1.1011	0.0926	0.1869	0.7301	-0.0448	0.483	0.9375	-0.0708	0.234	0.7341	-0.0812	0.8991	28.6205	86.7707	180.1348

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 35 )	A	1 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 66 )	A	36 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 115 )	A	67 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 116 through 146 )	A	116 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 147 through 164 )	A	147 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 35 )	B	1 - 35
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 36 through 66 )	B	36 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 67 through 164 )	B	67 - 164
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 35 )	C	1 - 35
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 36 through 65 )	C	36 - 65
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 66 through 115 )	C	66 - 115
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 116 through 146 )	C	116 - 146
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 147 through 164 )	C	147 - 164
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 1 through 35 )	D	1 - 35
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 36 through 146 )	D	36 - 146
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 147 through 164 )	D	147 - 164
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 1 through 35 )	E	1 - 35
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 36 through 66 )	E	36 - 66
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 67 through 146 )	E	67 - 146
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 147 through 164 )	E	147 - 164
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 1 through 36 )	F	1 - 36
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 37 through 65 )	F	37 - 65
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 66 through 115 )	F	66 - 115
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 116 through 146 )	F	116 - 146
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 147 through 164 )	F	147 - 164
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 1 through 36 )	G	1 - 36
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 37 through 75 )	G	37 - 75
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 76 through 115 )	G	76 - 115
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 116 through 146 )	G	116 - 146
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 147 through 164 )	G	147 - 164
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'H' and (resid 1 through 35 )	H	1 - 35
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'H' and (resid 36 through 75 )	H	36 - 75
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 76 through 84 )	H	76 - 84
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 85 through 115 )	H	85 - 115
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 116 through 146 )	H	116 - 146
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 147 through 164 )	H	147 - 164

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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