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- PDB-6txh: Crystal structure of thermotoga maritima Ferritin in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6txh
タイトルCrystal structure of thermotoga maritima Ferritin in apo form
要素Ferritinフェリチン
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Metal binding (金属) / engineered protein (タンパク質工学)
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial non-heme ferritin / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / フェリチン / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
エイコサン / フェリチン
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.198 Å
データ登録者Wilk, P. / Grudnik, P. / Kumar, M. / Heddle, J. / Chakraborti, S.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Foundation for Polish ScienceHoming/2017-3/22 ポーランド
引用ジャーナル: Nanoscale / 年: 2021
タイトル: A single residue can modulate nanocage assembly in salt dependent ferritin.
著者: Kumar, M. / Markiewicz-Mizera, J. / Janna Olmos, J.D. / Wilk, P. / Grudnik, P. / Biela, A.P. / Jemiola-Rzeminska, M. / Gorecki, A. / Chakraborti, S. / Heddle, J.G.
履歴
登録2020年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
H: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,11941
ポリマ－155,2158
非ポリマー3,90433
水6,377354
1
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
H: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
H: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
H: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,356123
ポリマ－465,64424
非ポリマー11,71299
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area98700 Å2
ΔGint-1148 kcal/mol
Surface area148990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.172, 176.172, 351.708
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...
21(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...
31(chain D and (resid 2 through 17 or resid 19...
41(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...
51(chain F and (resid 2 through 17 or resid 19...
61(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...
71(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...A2 - 17
121(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...A19 - 21
131(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...A1 - 164
141(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...A0
151(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...A51 - 68
161(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...A70 - 86
171(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...A88 - 111
181(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...A114 - 122
191(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...A124 - 131
1101(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...A133 - 134
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1121(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...A159 - 161
1131(chain A and (resid 2 through 17 or resid 19...A163 - 164
211(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...C2 - 17
221(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...C19 - 21
231(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...C1 - 164
241(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...C1 - 164
251(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...C70 - 86
261(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...C88 - 111
271(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...C0
281(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...C133 - 134
291(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...C157
2101(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...C159 - 161
2111(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...C159 - 161
2121(chain C and (resid 2 through 17 or resid 19...C163 - 164
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331(chain D and (resid 2 through 17 or resid 19...D23 - 27
341(chain D and (resid 2 through 17 or resid 19...D1 - 68
351(chain D and (resid 2 through 17 or resid 19...D70 - 86
361(chain D and (resid 2 through 17 or resid 19...D1 - 164
371(chain D and (resid 2 through 17 or resid 19...D1 - 164
381(chain D and (resid 2 through 17 or resid 19...D124 - 131
391(chain D and (resid 2 through 17 or resid 19...D159 - 161
3101(chain D and (resid 2 through 17 or resid 19...D163 - 164
411(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E2 - 17
421(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E19 - 21
431(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E23 - 27
441(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E29 - 49
451(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E51 - 68
461(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E70 - 86
471(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E88 - 111
481(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E114 - 122
491(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E124 - 131
4101(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E133 - 134
4111(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E136 - 157
4121(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E159 - 161
4131(chain E and (resid 2 through 17 or resid 19...E163 - 164
511(chain F and (resid 2 through 17 or resid 19...F2 - 17
521(chain F and (resid 2 through 17 or resid 19...F19 - 21
531(chain F and (resid 2 through 17 or resid 19...F23 - 27
541(chain F and (resid 2 through 17 or resid 19...F29 - 49
551(chain F and (resid 2 through 17 or resid 19...F70 - 86
561(chain F and (resid 2 through 17 or resid 19...F1 - 164
571(chain F and (resid 2 through 17 or resid 19...F1 - 164
581(chain F and (resid 2 through 17 or resid 19...F133 - 134
591(chain F and (resid 2 through 17 or resid 19...F136 - 157
5101(chain F and (resid 2 through 17 or resid 19...F159 - 161
5111(chain F and (resid 2 through 17 or resid 19...F163 - 164
611(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...G2 - 17
621(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...G19 - 21
631(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...G1 - 164
641(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...G1 - 164
651(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...G70 - 86
661(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...G88 - 111
671(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...G0
681(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...G133 - 134
691(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...G157
6101(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...G159 - 161
6111(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...G159 - 161
6121(chain G and (resid 2 through 17 or resid 19...G163 - 164
711(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...H2 - 17
721(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...H19 - 21
731(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...H1 - 164
741(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...H1 - 164
751(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...H70 - 86
761(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...H88 - 111
771(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...H0
781(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...H133 - 134
791(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...H157
7101(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...H159 - 161
7111(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...H159 - 161
7121(chain H and (resid 2 through 17 or resid 19...H163 - 164

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要素

#1: タンパク質
Ferritin / フェリチン


分子量: 19401.840 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: TM_1128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0L2, bacterial non-heme ferritin
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン / エイコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2 M MgCl2, 2.4 M (NH4)2 SO4, 0.1M MES. pH 6.0. 1ul of 10mg/mL protein was mixed with same amount of well solution, crystals normally appears in 2 days

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator Si-111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.198→25.068 Å / Num. obs: 106131 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.189 % / Biso Wilson estimate: 61.486 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 1.178 / Net I/σ(I): 13.58
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.3310.353.3910.6317432717078168430.3863.56898.6
2.33-2.4910.4541.891.1316738416058160120.571.98899.7
2.49-2.699.611.0612.0314351614968149340.7781.12299.8
2.69-2.959.980.54.3613736013808137640.9450.52799.7
2.95-3.2910.860.2329.9713571812506124970.9880.24399.9
3.29-3.810.5110.10322.5711644611086110780.9970.10999.9
3.8-4.659.7880.05837.3592146943094140.9990.06199.8
4.65-6.549.4990.04545.2269750737173430.9990.04899.6
6.54-25.06810.5330.03162.12447234268424610.03299.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.58 Å48.81 Å
Translation7.58 Å48.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.15.1_3469精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vlg

1vlg


解像度: 2.198→25.068 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 35.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 2069 1.98 %
Rwork0.2044 --
obs0.205 104514 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 190.37 Å2 / Biso mean: 76.9256 Å2 / Biso min: 46.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.198→25.068 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10936 0 228 354 11518
Biso mean--97.61 74.37 -
残基数----1312
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4945X-RAY DIFFRACTION12.103TORSIONAL
12C4945X-RAY DIFFRACTION12.103TORSIONAL
13D4945X-RAY DIFFRACTION12.103TORSIONAL
14E4945X-RAY DIFFRACTION12.103TORSIONAL
15F4945X-RAY DIFFRACTION12.103TORSIONAL
16G4945X-RAY DIFFRACTION12.103TORSIONAL
17H4945X-RAY DIFFRACTION12.103TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.198-2.24880.44941190.462585585
2.2488-2.3050.49191270.4664631492
2.305-2.36730.35381390.35936871100
2.3673-2.43690.36371390.34386850100
2.4369-2.51550.35781400.32176911100
2.5155-2.60530.33321390.29986893100
2.6053-2.70950.34911390.30056874100
2.7095-2.83260.35681390.26796915100
2.8326-2.98170.26911410.24486953100
2.9817-3.16820.30061390.24636921100
3.1682-3.41230.26091410.22636946100
3.4123-3.75470.22641410.19936975100
3.7547-4.29560.2181410.17396994100
4.2956-5.40310.14751410.1515699599
5.4031-25.0680.1921440.1582717899

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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