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- PDB-6txg: Proteinase K in complex with a "half sandwich"-type Ru(II) coordi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6txg
タイトルProteinase K in complex with a "half sandwich"-type Ru(II) coordination compound
要素Proteinase K
キーワードHYDROLASE / enzyme / complex / anticancer
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Chem-NYN / trifluoromethanesulfonic acid / Proteinase K
類似検索 - 構成要素
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.372 Å
データ登録者Chiniadis, L. / Giastas, P. / Bratsos, I. / Papakyriakou, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2020
タイトル: High-resolution crystal structures of a "half sandwich"-type Ru(II) coordination compound bound to hen egg-white lysozyme and proteinase K.
著者: Chiniadis, L. / Bratsos, I. / Bethanis, K. / Karpusas, M. / Giastas, P. / Papakyriakou, A.
履歴
登録2020年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,15711
ポリマ－28,9591
非ポリマー1,19810
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.708, 67.708, 107.314
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

HOH

21A-634-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K

-
非ポリマー , 7種, 277分子

#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NYN / chlorido(1,2-diaminoethane-k2N,N')(1,4,7-trithiacyclononane-k3S,S',S'')ruthenium(II) trifluoromethanesulfonate


分子量: 337.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16N2RuS3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-TFS / trifluoromethanesulfonic acid / トリフルオロメタンスルホン酸


分子量: 150.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHF3O3S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1M SODIUM NITRATE, 0.1M CITRATE BUFFER, pH=6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.372→57.263 Å / Num. obs: 99661 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01091 / Rpim(I) all: 0.01091 / Rrim(I) all: 0.01544 / Net I/σ(I): 34.91
反射 シェル解像度: 1.372→1.421 Å / Rmerge(I) obs: 0.0539 / Num. unique obs: 5186 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.0539 / Rrim(I) all: 0.07622

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ID8

2id8


解像度: 1.372→57.263 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 14.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1675 4811 4.83 %
Rwork0.1513 --
obs0.1521 99661 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.16 Å2 / Biso mean: 14.9304 Å2 / Biso min: 6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.372→57.263 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2031 0 98 267 2396
Biso mean--27.94 25.54 -
残基数----279
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.372-1.38760.23041670.1883174100
1.3876-1.40390.21981330.17333193100
1.4039-1.42110.17031400.16243151100
1.4211-1.4390.18641550.16453223100
1.439-1.4580.19571460.15943158100
1.458-1.4780.18251560.15463169100
1.478-1.49910.16841700.15293169100
1.4991-1.52140.20211480.15253115100
1.5214-1.54520.16911510.15673240100
1.5452-1.57060.19281630.14933124100
1.5706-1.59760.16171630.1423161100
1.5976-1.62670.16552030.14653122100
1.6267-1.6580.15731530.15133160100
1.658-1.69180.16831490.1463223100
1.6918-1.72860.17891620.14573132100
1.7286-1.76880.17251680.14783143100
1.7688-1.81310.1711880.15183134100
1.8131-1.86210.12911610.14693143100
1.8621-1.91690.15041560.15083201100
1.9169-1.97880.19321740.14943124100
1.9788-2.04950.15911660.14783181100
2.0495-2.13150.15431540.14793153100
2.1315-2.22860.15321740.14093135100
2.2286-2.34610.18551690.15373157100
2.3461-2.49310.19241600.15323157100
2.4931-2.68550.16041590.15573144100
2.6855-2.95580.17371240.16473218100
2.9558-3.38350.17431750.15453142100
3.3835-4.26260.13431630.13413144100
4.2626-57.2630.16321610.1556316099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82120.2099-0.09391.21510.14940.74040.0149-0.1870.01820.058-0.0044-0.0909-0.00540.106-0.01390.0581-0.0014-0.00850.1265-0.00040.057920.791815.871831.9699
21.54491.06770.57252.78651.56012.6102-0.00940.04-0.1012-0.12480.0318-0.09250.01570.0612-0.02080.04450.02590.00620.06960.00980.061618.4518.188922.2174
34.8967-0.00051.82915.8999-4.27753.96950.09-0.17150.02530.0883-0.05540.0742-0.0222-0.0732-0.07920.0662-0.00750.00410.0681-0.01430.08424.73492.000824.1145
41.08230.6987-0.28191.4577-0.39490.8510.00720.00010.1028-0.04960.01590.09730.0134-0.0259-0.01480.0520.0075-0.00540.0652-0.00330.05855.36318.56222.5866
51.53070-0.69610.7858-0.20211.07050.0005-0.05480.0474-0.0149-0.0224-0.01890.01010.04580.01390.0553-0.0043-0.00860.0705-0.00830.054619.00718.037625.3853
61.1594-0.1557-1.5378.3748-3.67164.5472-0.033-0.22960.17880.0824-0.01640.3187-0.043-0.08670.04240.0463-0.00490.01990.1336-0.03530.10214.120519.939538.3
72.6797-1.74581.92433.5321-3.07545.8389-0.0724-0.22730.44510.23230.0393-0.0874-0.3921-0.01220.11480.099-0.00720.02160.0959-0.06170.16299.027131.635731.4183
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 58 )A1 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 103 )A59 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 104 through 120 )A104 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 121 through 204 )A121 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 205 through 239 )A205 - 239
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 240 through 254 )A240 - 254
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 255 through 279 )A255 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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