PDB-6tx1: HPF1 from Nematostella vectensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tx1

タイトル

HPF1 from Nematostella vectensis

要素

Predicted protein

キーワード

PROTEIN BINDING / PARP1 / PARP2 / ADP-ribosylation / serine ADP-ribosylation / adaptor

機能・相同性

Histone PARylation factor 1 / Histone PARylation factor 1 / regulation of protein ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose binding / chromosome / histone binding / DNA damage response / nucleus / Histone PARylation factor 1

機能・相同性情報

生物種

Nematostella vectensis (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.091 Å

データ登録者

Suskiewicz, M.J. / Ahel, I.

資金援助

英国, European Union, 5件

組織	認可番号	国
Wellcome Trust	101794	英国
Wellcome Trust	210634	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R007195/1	英国
Cancer Research UK	C35050/A22284	英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)	ALTF 879-2017	European Union

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: HPF1 completes the PARP active site for DNA damage-induced ADP-ribosylation.
著者: Suskiewicz, M.J. / Zobel, F. / Ogden, T.E.H. / Fontana, P. / Ariza, A. / Yang, J.C. / Zhu, K. / Bracken, L. / Hawthorne, W.J. / Ahel, D. / Neuhaus, D. / Ahel, I.

履歴

登録	2020年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tx1.cif.gz	134.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tx1.ent.gz	104.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tx1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/6tx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/6tx1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tvhC 6tx2C 6tx3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tvh-2 6tvh-1 6m3g-d 3qti-1 1t8n-5 5myd-4 1vis-d 1p2q-5 4yhs-d 1p2m-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Predicted protein

B: Predicted protein

76.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Predicted protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Predicted protein

登録者が定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.165, 89.165, 223.002
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Predicted protein 分子量: 38267.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nematostella vectensis (イソギンチャク) 遺伝子: v1g201271 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A7RS11
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium malonate dibasic monohydrate, 20% v/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9199 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9199 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→72.97 Å / Num. obs: 41180 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_rim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.09→2.17 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 37974 / CC_1/2: 0.7 / R_rim(I) all: 1.74 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3126	精密化
xia2		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SeMet HPF1 from Nematostella vectensis

解像度: 2.091→72.968 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.85

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2708	1956	5 %
R_work	0.205	-	-
obs	0.2079	39121	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.21 Å² / B_iso mean: 49.984 Å² / B_iso min: 26.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.091→72.968 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4697	0	0	299	4996
B_iso mean	-	-	-	47.87	-
残基数	-	-	-	-	588

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.091-2.1428	0.3626	131	0.3184	2686
2.1428-2.2007	0.3487	164	0.2904	2602
2.2007-2.2655	0.3174	151	0.2737	2665
2.2655-2.3386	0.2912	116	0.259	2669
2.3386-2.4222	0.3017	151	0.2572	2643
2.4222-2.5192	0.3882	137	0.2746	2636
2.5192-2.6339	0.3823	190	0.2671	2597
2.6339-2.7727	0.3235	184	0.2521	2641
2.7727-2.9465	0.2991	142	0.2313	2627
2.9465-3.174	0.3694	120	0.2391	2690
3.174-3.4934	0.2811	123	0.2119	2667
3.4934-3.9988	0.2218	99	0.187	2692
3.9988-5.0379	0.2082	137	0.1601	2662
5.0379-72.968	0.2016	111	0.1598	2688

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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