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万見
- PDB-6twr: Structure of a constitutively active CAT-PRD1 mutant of the antit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6twr
タイトルStructure of a constitutively active CAT-PRD1 mutant of the antiterminator LicT protein.
要素Beta-glucoside bgl operon antiterminator BglG family
キーワードRNA BINDING PROTEIN / antitermination protein / Bacillus subtilis / dimeric protein / regulated by the PTS / histidine phosphorylation / activated mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription Regulation, Sacy; Chain A / CAT RNA-binding domain / PRD domain / Transcription antiterminator, conserved site / CAT RNA-binding domain / CAT RNA-binding domain superfamily / CAT RNA binding domain / PRD domain signature. / CAT RNA binding domain / PTS-regulatory domain, PRD ...Transcription Regulation, Sacy; Chain A / CAT RNA-binding domain / PRD domain / Transcription antiterminator, conserved site / CAT RNA-binding domain / CAT RNA-binding domain superfamily / CAT RNA binding domain / PRD domain signature. / CAT RNA binding domain / PTS-regulatory domain, PRD / PRD domain / : / PRD domain / PRD domain superfamily / PRD domain profile. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-glucoside bgl operon antiterminator BglG family
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Demene, H. / Declerck, N. / Yinshan, Y.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INBS-05 フランス
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Resolving the activation mechanism of the D99N antiterminator LicT protein.
著者: Yang, Y. / Gracy, J. / Declerck, N. / Demene, H.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2019
タイトル: NMR chemical shift assignment of a constitutively active fragment of the antitermination protein LicT.
著者: Yang, Y. / Declerck, N. / Demene, H.
履歴
登録2020年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucoside bgl operon antiterminator BglG family
B: Beta-glucoside bgl operon antiterminator BglG family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8762
ポリマ－39,8762
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6420 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area16170 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucoside bgl operon antiterminator BglG family / PRD domain-containing protein / Transcription antiterminator LicT


分子量: 19937.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: B4122_4365, B4417_2239, ETA10_20555, ETL41_11840, FVD40_12670
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A063XFU4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
114isotropic13D 1H-15N TOCSY
124isotropic13D 1H-15N NOESY
236isotropic13D CBCA(CO)NH
245isotropic13D HN(CO)CA
256isotropic13D HNCA
263isotropic12D 1H-13C Filtered NOESY
275isotropic13D HNCO
185isotropic13D HNCA
195isotropic13D CBCA(CO)NH
1105isotropic13D HN(CA)CB
1115isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution30.380 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CAT-PRD1 mutant, 200 mM sodium chloride, 10 mM NA TRIS, 0.2 mM EDTA, 0.2 mM Benzamidine, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2Odoubly labelled/non labelled90% H2O/10% D2O
solution41 mM [U-99% 15N] LicT CAT-PRD1 mutant, 200 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 0.2 mM Benzamidine, 10 mM TRIS, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N labelled90% H2O/10% D2O15N labelled
solution50.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] LicT CAT-PRD1 mutant, 200 mM sodium chloride, 10 mM TRIS, 0.5 mM EDTA, 0.2 mM benzamidine, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N/13C -labelled90% H2O/10% D2O
solution60.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] LicT CAT-PRD1 mutant, 10 mM sodium phosphate, 200 mM NaCl, 0.2 mM EDTA, 0.2 mM DTT, 0.2 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2Odoubley labelled acid90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.380 mMCAT-PRD1 mutant[U-99% 13C; U-99% 15N]3
200 mMsodium chloridenatural abundance3
10 mMTRISNA3
0.2 mMEDTAnatural abundance3
0.2 mMBenzamidinenatural abundance3
1 mMDTTnatural abundance3
1 mMLicT CAT-PRD1 mutant[U-99% 15N]4
200 mMsodium chloridenatural abundance4
0.5 mMEDTAnatural abundance4
0.2 mMBenzamidinenatural abundance4
10 mMTRISnatural abundance4
1 mMDTTnatural abundance4
0.8 mMLicT CAT-PRD1 mutant[U-99% 13C; U-99% 15N]5
200 mMsodium chloridenatural abundance5
10 mMTRISnatural abundance5
0.5 mMEDTAnatural abundance5
0.2 mMbenzamidinenatural abundance5
1 mMDTTnatural abundance5
0.8 mMLicT CAT-PRD1 mutant[U-99% 13C; U-99% 15N]6
10 mMsodium phosphatenatural abundance6
200 mMNaClnatural abundance6
0.2 mMEDTAnatural abundance6
0.2 mMDTTnatural abundance6
0.2 mMbenzamidinenatural abundance6
試料状態

イオン強度: 200 mM / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm

Conditions-IDIonic strength errLabelpH温度 (K)Temperature err
110condition818308 K0.5
25Condition temp 3006.4303 K0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.6Bruker Biospincollection
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Gifa5Delsucデータ解析
CNS3.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNSXplorBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
GifaDelsucchemical shift assignment
GifaDelsucpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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