PDB-6twp: Binding domain of BoNT/A5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6twp

タイトル

Binding domain of BoNT/A5

要素

Botulinum neurotoxin A5

キーワード

TOXIN / binding domain / botulinum neurotoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of neurotransmitter secretion / : / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Davies, J.R. / Acharya, K.R.

引用

ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2020
タイトル: High-resolution crystal structures of the botulinum neurotoxin binding domains from subtypes A5 and A6.
著者: Davies, J.R. / Britton, A. / Liu, S.M. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2020年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6twp.cif.gz	213.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6twp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6twp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6twp_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6twp_full_validation.pdf.gz	438 KB	表示
XML形式データ	6twp_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	6twp_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/6twp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/6twp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6twoC 2vuaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mk8-1 5mk8-2 3fuo-d 5tpc-d 6thy-d 6f0p-d 4iqp-d 2vua-d 5v38-2 3rsj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Botulinum neurotoxin A5

ヘテロ分子

50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.547, 60.266, 185.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin A5 / Botulinum neurotoxin B / Botulinum neurotoxin subtype A5 分子量: 50722.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: MLZ was modelled instead of a lysine following inspection of the electron density. 由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: bont/A5, boNT / プラスミド: pJ401 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C7BEA8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium formate, 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium oxamate, 0.1 M Imidazole, 0.1 M 2-[N- ...詳細: 0.1 M Sodium formate, 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium oxamate, 0.1 M Imidazole, 0.1 M 2-[N-morpholino]ethanesulfonic acid, pH 6.5, 10% v/v Ethylene glycol, 10% w/v PEG 8000

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.65 %

結晶化

温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium formate, 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium oxamate, 0.1 M Imidazole, 0.1 M 2-[N- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→92.57 Å / Num. obs: 173797 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 84519 / CC_1/2: 0.447 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VUA

2vua

解像度: 1.15→92.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 1.228 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1612	3494	2.014 %
R_work	0.1351	-	-
all	0.136	-	-
obs	-	173516	99.881 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.536 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.259 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→92.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3416	0	1	509	3926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	3945
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.017	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.202	1.631	5395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.626	1.579	8319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.606	5	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.718	24.105	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.207	15	723
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	8.231	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.386	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.348	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4597
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	848
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.285	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	3463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.264	0.2	358
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.212	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.272	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.956	1.446	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.923	1.444	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.474	2.177	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.477	2.179	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.79	1.749	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.788	1.748	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.286	2.517	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.285	2.519	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.285	18.858	4580
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.012	18.013	4453
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.027	3	7499

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.18	0.225	228	0.228	12460	X-RAY DIFFRACTION	99.5528
1.18-1.212	0.228	234	0.204	12122	X-RAY DIFFRACTION	99.7739
1.212-1.247	0.195	254	0.188	11770	X-RAY DIFFRACTION	99.8008
1.247-1.286	0.182	219	0.167	11492	X-RAY DIFFRACTION	99.8636
1.286-1.328	0.188	239	0.155	11105	X-RAY DIFFRACTION	99.8679
1.328-1.374	0.166	226	0.143	10765	X-RAY DIFFRACTION	99.8819
1.374-1.426	0.17	218	0.129	10372	X-RAY DIFFRACTION	99.9245
1.426-1.485	0.154	216	0.112	10024	X-RAY DIFFRACTION	99.9219
1.485-1.551	0.132	209	0.101	9645	X-RAY DIFFRACTION	99.8682
1.551-1.626	0.145	192	0.098	9199	X-RAY DIFFRACTION	99.9681
1.626-1.714	0.127	173	0.089	8765	X-RAY DIFFRACTION	99.9441
1.714-1.818	0.127	171	0.092	8355	X-RAY DIFFRACTION	99.9883
1.818-1.944	0.139	170	0.102	7816	X-RAY DIFFRACTION	99.9499
1.944-2.099	0.143	163	0.112	7293	X-RAY DIFFRACTION	99.9598
2.099-2.299	0.129	139	0.117	6783	X-RAY DIFFRACTION	99.9567
2.299-2.571	0.165	127	0.122	6153	X-RAY DIFFRACTION	99.9841
2.571-2.968	0.184	114	0.139	5433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.968-3.634	0.157	89	0.15	4665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.634-5.135	0.164	72	0.143	3660	X-RAY DIFFRACTION	99.9732
5.135-92.57	0.232	42	0.229	2145	X-RAY DIFFRACTION	99.9086

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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