PDB-6two: Binding domain of BoNT/A6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6two

タイトル

Binding domain of BoNT/A6

要素

Bont/A1

キーワード

TOXIN / binding domain / botulinum neurotoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Davies, J.R. / Britton, A. / Acharya, K.R.

引用

ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2020
タイトル: High-resolution crystal structures of the botulinum neurotoxin binding domains from subtypes A5 and A6.
著者: Davies, J.R. / Britton, A. / Liu, S.M. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2020年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6two.cif.gz	202.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6two.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6two.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6two_validation.pdf.gz	428.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6two_full_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示
XML形式データ	6two_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	6two_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/6two ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/6two	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6twpC 2vuaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f0o-d 5mk6-d 3rsj-3 4iqp-d 5tpb-2 5v38-1 5mk8-1 6thy-d 6f0p-d 2vxr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Bont/A1

ヘテロ分子

50.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.542, 105.587, 112.405
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A 分子量: 50681.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C9WWY7
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Bis-Tris propane-HCl pH 7.5, 22% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→112.41 Å / Num. obs: 104434 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 5129 / CC_1/2: 0.463

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VUA

2vua

解像度: 1.35→56.266 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / WR_factor R_free: 0.17 / WR_factor R_work: 0.135 / SU B: 2.796 / SU ML: 0.047 / Average fsc free: 0.9388 / Average fsc work: 0.9432 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1776	2594	2.493 %
R_work	0.143	101438	-
all	0.144	-	-
obs	-	104032	99.779 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.653 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.757 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.398 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→56.266 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3448	0	1	486	3935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	3737
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	3424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.743	1.63	5089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.495	1.578	7990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.801	5	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.374	23.413	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.509	15	692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.824	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	813
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.229	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.358	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.116	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.732	1.809	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.729	1.807	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.295	2.723	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.296	2.725	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.096	2.136	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.096	2.137	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.68	3.082	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.679	3.083	2806
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.506	22.515	4317
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.381	21.95	4225
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.017	3	7161

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.385	0.315	160	0.297	7437	X-RAY DIFFRACTION	99.6197
1.385-1.423	0.27	174	0.269	7213	X-RAY DIFFRACTION	99.4882
1.423-1.464	0.268	173	0.238	7041	X-RAY DIFFRACTION	99.5859
1.464-1.509	0.232	186	0.211	6805	X-RAY DIFFRACTION	99.6153
1.509-1.559	0.208	184	0.173	6588	X-RAY DIFFRACTION	99.6029
1.559-1.613	0.187	186	0.155	6366	X-RAY DIFFRACTION	99.726
1.613-1.674	0.168	142	0.135	6238	X-RAY DIFFRACTION	99.7498
1.674-1.743	0.161	127	0.122	5998	X-RAY DIFFRACTION	99.9021
1.743-1.82	0.141	126	0.109	5764	X-RAY DIFFRACTION	99.8305
1.82-1.909	0.162	159	0.115	5478	X-RAY DIFFRACTION	99.8406
1.909-2.012	0.162	132	0.117	5244	X-RAY DIFFRACTION	99.9257
2.012-2.134	0.19	125	0.115	4961	X-RAY DIFFRACTION	99.9018
2.134-2.281	0.15	136	0.125	4678	X-RAY DIFFRACTION	99.9377
2.281-2.464	0.186	113	0.128	4378	X-RAY DIFFRACTION	99.9555
2.464-2.699	0.175	104	0.129	4043	X-RAY DIFFRACTION	99.9759
2.699-3.017	0.158	99	0.139	3655	X-RAY DIFFRACTION	99.9734
3.017-3.483	0.16	104	0.136	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.483-4.263	0.157	78	0.129	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
4.263-6.02	0.181	61	0.144	2201	X-RAY DIFFRACTION	100
6.02-56.266	0.271	25	0.197	1314	X-RAY DIFFRACTION	99.7765

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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