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- PDB-6twm: Product bound structure of the Ectoine utilization protein EutE (... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 6twm

タイトル

Product bound structure of the Ectoine utilization protein EutE (DoeB) from Ruegeria pomeroyi

要素

N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

キーワード

HYDROLASE / ectoine degradation / zinc-dependent / deacetylase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / hydrolase activity, acting on ester bonds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruegeria pomeroyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Mais, C.-N. / Altegoer, F. / Bange, G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Degradation of the microbial stress protectants and chemical chaperones ectoine and hydroxyectoine by a bacterial hydrolase-deacetylase complex.
著者: Mais, C.N. / Hermann, L. / Altegoer, F. / Seubert, A. / Richter, A.A. / Wernersbach, I. / Czech, L. / Bremer, E. / Bange, G.

履歴

登録	2020年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6twm.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6twm.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6twm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6twm_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6twm_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	6twm_validation.xml.gz	151.7 KB	表示
CIF形式データ	6twm_validation.cif.gz	209.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/6twm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/6twm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6twjC 6twkC 6twlSC 6yo9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3na6-d 3k9m-1 2o0u-d 1tmc-d 4w4v-d 2f94-d 4g6n-d 4zsg-d 4nfk-d 6oah-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

B: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

C: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

D: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

E: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

F: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

G: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

H: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

I: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

J: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

K: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

L: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

434 kDa, 12 ポリマー
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A: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.2 kDa, 1 ポリマー
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B: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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C: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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D: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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E: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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F: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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G: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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H: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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I: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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J: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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K: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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L: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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A: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

D: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

F: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

G: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

J: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

K: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
217 kDa, 6 ポリマー
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C: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

L: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

B: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

H: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

E: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

I: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
217 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.667, 145.949, 164.116
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.301, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質	N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase 分子量: 36046.902 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi (strain ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3) (バクテリア) 遺伝子: doeB, SPO1139 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5LUB5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DAB / 2,4-DIAMINOBUTYRIC ACID / L-2,4-ジアミノ酪酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 118.134 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bicine pH 9.0, 20% (wt/vol) PEG 6000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→46.64 Å / Num. obs: 122999 / % possible obs: 98.59 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 40.03 Å² / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.213 / Net I/σ(I): 5.69
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 1.275 / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 12342 / CC_1/2: 0.421

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TWL

6twl

解像度: 2.5→46.64 Å / SU ML: 0.4195 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.6699

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2623	1568	1.28 %
R_work	0.2086	-	-
obs	0.2093	122917	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29340	0	78	1447	30865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0035	30033
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7475	40787
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0466	4614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	5395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.4449	4185

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.58	0.373	143	0.3172	11116	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.58-2.67	0.3418	143	0.3006	11038	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.67-2.78	0.3507	143	0.2855	11059	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.78-2.91	0.343	142	0.2758	11005	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.91-3.06	0.347	143	0.2674	11078	X-RAY DIFFRACTION	98.76
3.06-3.25	0.3453	138	0.2564	10659	X-RAY DIFFRACTION	95.89
3.25-3.5	0.2655	142	0.2145	11036	X-RAY DIFFRACTION	98.51
3.5-3.85	0.2598	144	0.1914	11132	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.85-4.41	0.1829	144	0.1599	11121	X-RAY DIFFRACTION	99.45
4.41-5.56	0.2377	143	0.1544	11116	X-RAY DIFFRACTION	99.06
5.56-46.64	0.1959	143	0.1751	10989	X-RAY DIFFRACTION	96.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.17822660251	-0.539610327213	-0.276354816238	1.34231341919	0.352535980786	1.48359544511	-0.0889578363716	-0.143465472864	0.0139869836353	0.00614393938511	0.0805363277546	-0.0591038697242	-0.00686456594572	0.0519690176715	0.0268474683513	0.245636537518	0.0102423914806	-0.0250006525058	0.28703256406	0.0326796264564	0.34099901037	21.0795017072	34.0728255811	73.8122392766
2	4.26146922186	0.164434052504	3.57903610393	3.87530112412	1.24163168243	6.57245314335	0.355912186156	0.179971203051	0.0493178255143	-0.638992820511	-0.290913950447	-0.687159920013	-0.231699212633	0.254345094329	-0.198849394401	0.398050673093	0.00914780721239	0.145325242678	0.288361808665	-0.00957207175497	0.315633637856	27.1698960267	33.2989460727	64.7112771981
3	2.54676071982	-1.69977468489	1.51745852199	2.64849862146	-2.52317877531	4.26218770263	0.225606055665	0.513145821187	-0.0381585948237	-0.56713147202	-0.271959153924	-0.197593007561	0.50006071112	0.166975517409	0.140662912321	0.35699989468	0.0997337493952	0.00540785173743	0.378384804016	-0.0326003255361	0.363389848657	19.3238420933	31.7771471091	49.4824146615
4	3.01802206829	-0.242966943764	0.878656540216	7.85559783551	4.07056400287	3.23710348275	-0.02866257095	0.464140090742	-0.11831815281	-0.62642035246	0.184445464989	0.264005962076	-0.0850267485522	0.156347832952	-0.113157213258	0.292403580842	-0.0745275506075	-0.0378347796456	0.362677302501	0.0403582982475	0.265428418495	17.1054968464	114.915623009	-4.33039017456
5	1.98172622111	0.668650246293	0.531126362091	2.96818253042	0.156309221474	1.86772789204	0.0585658409026	0.0592706927778	0.0475068626482	0.249390626597	-0.0330241926971	0.449115404896	0.245351403031	-0.269324834079	-0.0515003113061	0.294875663182	-0.0384761374039	0.00693447629777	0.289430749544	-0.0451546521443	0.40033501142	13.2916200232	105.977917579	10.4752971466
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48	3.28466687047	-1.49557938419	1.36661834865	2.89858429591	0.0230012579465	2.14109110593	0.253959875454	0.392524504862	-0.370802570727	-0.312454789987	0.0770434967608	-0.258159739793	0.0730878045418	0.365703187331	-0.246646717365	0.263200159721	0.00911124103567	0.0935227783896	0.423080339081	-0.0597408062724	0.484394146866	31.2985158582	64.708955215	41.3367528462
49	6.94293071887	0.0842466406191	1.91187644104	3.3859776079	0.424365477805	3.23952197319	0.153643719867	-0.559957415073	-0.860141480784	0.34887151658	0.122474778044	0.0168516579043	0.0742834604369	-0.242449165717	-0.411731486361	0.316224764	-0.0206170818924	0.052152942709	0.463479037185	0.145015562305	0.521907751989	24.5145918447	62.0299039669	57.7239871884
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53	5.80240223858	3.65652441097	-1.49648910181	3.37274732735	1.16272142414	4.38261300341	-0.380838846109	1.14516138514	-0.518088822741	-0.223592834634	0.32053297491	-0.0572233353641	-0.429376389275	-0.0865566297743	0.0489977657317	0.283657143551	-0.000269810859869	0.117624222663	0.432924741441	0.0186083675714	0.311636812575	29.9652469843	77.6423216214	38.538769526
54	4.43606291692	-0.454575654241	-2.91446212261	1.42181888932	0.154438600361	1.85197550074	0.214527586984	-0.142493227377	0.923791874741	0.0835139826422	0.160845444659	-0.358706410909	-0.171929410437	0.12200423699	-0.358062343911	0.283316449247	-0.0364692333071	-0.0231771409349	0.460032644309	-0.0308732000176	0.519354227491	24.1176944115	87.6609276854	53.5656732713
55	9.05846345783	4.38690708859	-2.30274241543	4.53255082416	-1.37409291178	2.70892641578	0.13141140148	-1.3659139076	0.994828854402	-0.0504909993904	-0.0291361603951	0.161242862364	-0.394955932323	0.367833423548	-0.226659259724	0.372642414041	0.067698565183	-0.0415998141831	0.586527611964	-0.23882164794	0.54068993535	8.48865285749	91.2514961516	65.9856758474
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57	1.82848031161	-0.743054454841	-0.506560646019	3.21081061019	0.0353846943932	1.56601304007	0.0648649227553	-0.350120601281	0.0656139317154	0.39060697732	-0.288614404569	0.70712685213	0.350483843508	-0.425080738033	0.250475526197	0.440422894009	-0.138686034601	0.122422750381	0.609666654652	-0.101698908831	0.460288356094	7.38538034652	-16.1545420906	40.3122646646
58	4.30681889285	3.63865424354	4.0941103756	5.50917712983	2.32295748461	4.88223554203	0.0184065895308	0.431039600878	-0.649909051881	-0.552567559111	-0.270971165628	0.426602314738	-0.200797611269	-0.71443624145	0.14070451468	0.413099870057	0.117182852993	-0.0358199303271	0.674776156612	-0.16003797095	0.503239894432	12.194844071	-12.2375111926	26.3638110211
59	2.53034642592	-0.433153308958	-0.864798502442	1.21150670675	0.93936960882	0.92875200148	0.0565690866241	-0.162258048718	0.088545862196	-0.336909236241	-0.655314144747	0.775431951072	-0.223180017726	-0.816250177642	0.499863349855	0.428855540742	0.0785569667103	-0.0727137114049	0.692716097756	-0.265479304211	0.682339233798	3.50021474404	-0.363796035624	32.9900726316
60	3.27414393475	0.808892347857	-0.940879223906	1.73871409963	-0.467735523462	1.38043380266	-0.0407321790001	0.0697137250947	0.638425246587	0.029962138907	0.00364933373015	0.617080161086	-0.347515589775	-0.463678205047	-0.036854970745	0.38891868546	0.0828335298779	-0.0860183100002	0.473975986658	-0.118077258486	0.602343239267	14.3029314491	10.1542068757	30.7166638881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 185 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 186 through 217 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 218 through 328 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 34 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 35 through 185 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 186 through 234 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 235 through 328 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 3 through 87 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 88 through 149 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 150 through 177 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 178 through 217 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 218 through 328 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 1 through 34 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 35 through 217 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 218 through 328 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 2 through 34 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 35 through 142 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 143 through 185 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 186 through 217 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 218 through 234 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 235 through 281 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 282 through 305 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 306 through 328 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 3 through 34 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 35 through 87 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 88 through 120 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 121 through 217 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 218 through 281 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 282 through 329 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 2 through 34 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 35 through 108 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 109 through 131 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 132 through 164 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 165 through 217 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 218 through 328 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 2 through 131 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 132 through 185 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 186 through 234 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 235 through 328 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'I' and (resid 3 through 34 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'I' and (resid 35 through 185 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'I' and (resid 186 through 217 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'I' and (resid 218 through 328 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'J' and (resid 2 through 165 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'J' and (resid 166 through 217 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'J' and (resid 218 through 328 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'K' and (resid 2 through 34 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'K' and (resid 35 through 87 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'K' and (resid 88 through 120 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'K' and (resid 121 through 163 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'K' and (resid 164 through 185 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'K' and (resid 186 through 217 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'K' and (resid 218 through 234 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'K' and (resid 235 through 281 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'K' and (resid 282 through 305 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'K' and (resid 306 through 328 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'L' and (resid 2 through 87 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'L' and (resid 88 through 120 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'L' and (resid 121 through 193 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'L' and (resid 194 through 328 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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