PDB-6tvp: Structure of Mycobacterium smegmatis alpha-maltose-1-phosphate sy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tvp

タイトル

Structure of Mycobacterium smegmatis alpha-maltose-1-phosphate synthase GlgM

要素

Alpha-maltose-1-phosphate synthase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / GlgM / alpha-maltose-1-phosphate synthase / glycosyltransferase / carbohydrate-active enzymes.

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-maltose-1-phosphate synthase / glycogen biosynthetic process / glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structure of the Mycobacterium smegmatis alpha-maltose-1-phosphate synthase GlgM.
著者: Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.

履歴

登録	2020年1月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tvp.cif.gz	313 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tvp.ent.gz	253.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tvp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6tvp_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tvp_full_validation.pdf.gz	435 KB	表示
XML形式データ	6tvp_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	6tvp_validation.cif.gz	47.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tvp	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2r3v-5 1kvk-1 2r42-1 3liz-d 6a4k-4 5t5f-d 2nr6-1 5u7q-5 6p5m-5 7jnt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Alpha-maltose-1-phosphate synthase

B: Alpha-maltose-1-phosphate synthase

ヘテロ分子

87.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Confirmation that GlgM forms a dimer in solution was obtained using size exclusion chromatography. This indicated a molecular mass of 107 kDa, close to the theoretical mass of ...根拠: gel filtration, Confirmation that GlgM forms a dimer in solution was obtained using size exclusion chromatography. This indicated a molecular mass of 107 kDa, close to the theoretical mass of a dimer of 87 kDa; the slight over-estimation of this value could be due to the elongated aspect of the GlgM homodimer.

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.371, 144.928, 46.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Alpha-maltose-1-phosphate synthase / M1P synthase / ADP-alpha-D-glucose:alpha-D-glucose-1-phosphate 4-alpha-D-glucosyltransferase / M1P- ...M1P synthase / ADP-alpha-D-glucose:alpha-D-glucose-1-phosphate 4-alpha-D-glucosyltransferase / M1P-producing glucosyltransferase 分子量: 43535.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 遺伝子: glgM, glgA, MSMEG_5080, MSMEI_4954 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R2E2, alpha-maltose-1-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M malonate and 100 mM Bis-Tris Propane, pH 6.5

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I04	1	0.9795
シンクロトロン	Diamond	I03	2	1.0052

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2016年9月19日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2016年8月1日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	1.0052	1

反射

B_iso Wilson estimate: 31.5 Å² / Entry-ID: 6TVP

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_rim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.9-72.46	73208	96.3	13.3	1	0.088	0.092	1	18.8
3.5-137.45	11345	100	51.1	0.998	0.382	0.386	2	12.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.94	13.2	2.102	1.4	4488	0.52	2.187	1	95.8
3.5-3.59		1.459	3.9	810	0.87	1.474	2	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→72.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 6.861 / SU ML: 0.098 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.123
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2117	3792	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1731	-	-	-
obs	0.1751	69344	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.95 Å² / B_iso mean: 39.312 Å² / B_iso min: 23.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→72.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5806	0	2	452	6260
B_iso mean	-	-	46.56	46.21	-
残基数	-	-	-	-	775

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	5951
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.581	1.635	8154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.406	1.565	12633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.186	5	778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.242	21.077	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.321	15	863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.859	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	788
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6842
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1251

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	259	-
R_work	0.295	5080	-
all	-	5339	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4713	0.126	1.081	4.5049	0.4206	1.0388	-0.0192	-0.1181	0.3967	0	0.0025	0.1552	-0.2799	-0.0849	0.0167	0.1811	0.083	0.034	0.1884	-0.0307	0.0722	-9.53	32.9594	0.6586
2	3.9774	1.2548	-2.9403	1.9074	-2.0365	4.2421	0.2066	-0.3341	0.5087	0.0247	0.0465	0.1343	-0.4368	0.0075	-0.2531	0.2494	0.0666	0.0199	0.1858	-0.0643	0.1165	-5.2139	35.5846	2.3685
3	3.1578	-0.3714	-0.3201	1.9893	-0.248	1.4363	0.0327	-0.1988	0.1644	-0.1267	-0.0289	-0.0456	-0.1909	-0.0254	-0.0038	0.1283	0.0407	0.0108	0.0977	-0.0096	0.0099	-0.3162	25.8221	-3.1928
4	6.48	0.5157	0.9618	0.6654	-1.7914	9.1322	0.0942	0.633	0.0916	-0.2096	0.1195	0.2509	0.0028	-0.44	-0.2137	0.2567	0.0333	-0.1309	0.1307	-0.0342	0.2169	-5.9586	20.0982	-17.0003
5	3.5779	-0.3937	-0.719	2.8586	2.0793	4.1426	-0.1017	-0.2575	-0.4612	-0.0253	-0.0146	0.384	0.0772	-0.2823	0.1162	0.1256	0.0473	-0.0073	0.1365	0.0817	0.1478	-13.4706	13.436	-2.2532
6	5.4071	2.5321	-3.2087	7.0251	1.2442	3.2541	0.2401	-0.1289	0.504	-0.1929	-0.0905	0.4082	-0.4271	0.0499	-0.1496	0.3776	0.0694	-0.1614	0.1925	-0.059	0.1396	-31.5488	37.3846	1.1434
7	3.789	-1.6492	-0.5731	6.3387	-0.6472	3.7342	-0.1263	0.0887	0.3927	0.134	-0.0054	0.0189	-0.4252	0.0842	0.1317	0.1897	0.0425	-0.0509	0.0531	0.0066	0.0633	-37.5777	37.5936	-14.2495
8	9.3844	-3.1702	1.7632	5.8205	-0.7161	4.4696	-0.0645	0.1747	0.0126	-0.1906	-0.0918	0.0942	0.0912	0.0357	0.1563	0.1623	0.0229	-0.0151	0.0143	0.0065	0.0296	-37.1151	25.1732	-20.4021
9	6.3069	-0.6642	-0.8927	2.5091	0.7539	3.3271	-0.0671	0.1266	0.0259	-0.2602	-0.0713	-0.1019	-0.2353	0.2163	0.1384	0.1957	0.0628	-0.0108	0.0635	0.0273	0.0592	-34.1271	32.8987	-23.8072
10	1.4067	-0.4454	0.4759	3.5502	0.6654	2.5201	-0.0949	-0.1005	-0.0661	0.0369	0.0609	0.0423	-0.1079	0.1912	0.034	0.0871	0.0495	0.0076	0.0631	0.0188	0.0337	-35.2926	24.4915	-9.0995
11	11.0172	2.7926	1.7604	3.6007	1.4554	4.0342	-0.0227	-0.8302	-0.2354	0.3194	0.0114	0.2203	0.1085	-0.0425	0.0114	0.1758	0.0967	0.0492	0.2032	0.0256	0.0405	-34.9857	26.7868	4.6196
12	11.6956	-7.1902	0.0832	10.9749	-0.579	2.8249	0.1444	-0.5025	-0.8729	0.3221	-0.239	0.754	0.214	-0.1074	0.0946	0.1673	-0.0108	0.0373	0.3137	-0.0139	0.1003	-13.2413	20.3432	11.1892
13	3.5154	-0.4457	-0.7393	4.4734	0.8603	2.0849	0.0513	-0.0106	0.0526	-0.0682	-0.0316	-0.2085	-0.118	-0.0292	-0.0196	0.1286	-0.044	0.0186	0.0197	0.0019	0.0382	24.608	24.1821	-18.7165
14	2.8118	-0.0509	1.1639	1.4122	-0.3231	9.31	-0.0126	-0.3129	0.1759	0.1506	-0.0689	-0.0842	-0.2495	-0.0337	0.0815	0.1362	-0.0215	0.0033	0.1026	-0.0302	0.1199	13.6199	27.8967	-8.5742
15	4.1795	-0.7172	0.0338	1.7955	0.6055	2.6073	0.0207	0.1166	-0.0908	-0.022	-0.0641	0.0316	-0.158	-0.0905	0.0434	0.1071	-0.0342	0.0058	0.0233	-0.0078	0.0035	14.1706	17.8542	-16.7421
16	1.8421	-1.3762	1.4364	5.12	4.8826	9.7963	-0.1014	-0.0634	0.2505	0.2579	0.1679	-0.3569	0.2116	0.1561	-0.0665	0.2734	-0.0027	0.0086	0.3062	0.0105	0.2365	19.7423	11.2857	4.4848
17	1.4814	-1.0039	-1.5239	1.882	1.3847	3.7294	-0.0333	-0.1487	-0.2539	0.1562	0.0208	-0.0534	0.3082	-0.3001	0.0125	0.1105	-0.0598	-0.0119	0.1103	0.0761	0.1138	13.8084	11.7466	-8.857
18	9.5313	-4.8349	-5.8638	7.2344	5.1928	4.6621	0.1997	-0.2613	-0.6621	0.8372	-0.5085	0.1601	0.3976	-0.1325	0.3088	0.5246	-0.1302	-0.008	0.094	0.0239	0.2332	16.843	1.2955	-9.7931
19	9.6163	2.4418	0.0625	2.3528	0.5481	1.8775	-0.1331	-0.0834	-0.1277	-0.155	0.0241	-0.0676	0.0296	-0.0234	0.109	0.2331	-0.0252	0.0089	0.0049	-0.0048	0.1416	25.9419	6.4862	-19.0705
20	0.9961	0.5716	1.0654	0.5492	-0.1753	3.9444	-0.263	0.183	0.0639	-0.1183	-0.1933	-0.0874	-0.4463	1.2642	0.4563	0.5353	-0.0203	-0.0352	0.5495	-0.0663	0.9119	57.4157	13.6766	-15.6414
21	0.9827	-0.5938	-1.1584	2.2461	0.6192	5.1624	0.0802	-0.2406	0.2526	0.1495	0.0515	-0.4957	-0.3107	0.534	-0.1317	0.2307	-0.028	-0.1082	0.225	-0.1392	0.5554	50.6334	3.616	1.3559
22	1.5887	-0.6411	0.4824	0.4947	1.1104	11.7982	-0.1794	-0.4716	0.078	0.1427	0.1501	-0.0983	-0.8934	0.1661	0.0293	0.4054	-0.1122	-0.0327	0.2218	-0.0404	0.6228	50.4125	15.3174	-8.534
23	1.795	-0.2907	-0.1662	3.3457	-1.2843	3.4564	-0.0589	-0.0624	0.3018	-0.051	0.0341	-0.5398	-0.1808	0.1066	0.0248	0.1209	0.0098	0.0143	0.0368	-0.0772	0.317	43.1001	-2.7737	-11.4872
24	11.8142	-1.7241	1.7331	3.4103	0.512	3.2434	0.1055	0.7231	-0.6064	-0.3283	-0.1323	-0.098	0.3484	0.0285	0.0268	0.2246	-0.004	0.0559	0.0501	-0.0263	0.1038	24.3303	8.7011	-27.1962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	57 - 112
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	113 - 137
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	138 - 171
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	172 - 184
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	185 - 209
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	210 - 227
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	228 - 265
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	266 - 354
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	355 - 371
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	372 - 387
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	-1 - 56
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	57 - 76
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	77 - 112
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	113 - 122
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	123 - 148
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	149 - 159
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	160 - 178
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	179 - 192
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	193 - 263
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	264 - 275
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	276 - 367
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	368 - 387

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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