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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tvk | ||||||||||||||||||
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タイトル | Alpha-L-fucosidase isoenzyme 2 from Paenibacillus thiaminolyticus | ||||||||||||||||||
要素 | Alpha-L-fucosidase | ||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ALPHA-L-FUCOSIDASE / GH151 / ACTIVE SITE COMPLEMENTATION / TETRAMER (四量体) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Paenibacillus thiaminolyticus (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Kovalova, T. / Koval, T. / Lipovova, P. / Dohnalek, J. | ||||||||||||||||||
資金援助 | チェコ, 5件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2022 タイトル: The first structure-function study of GH151 alpha-l-fucosidase uncovers new oligomerization pattern, active site complementation, and selective substrate specificity 著者: Koval'ova, T. / Koval, T. / Stransky, J. / Kolenko, P. / Duskova, J. / Svecova, L. / Vodickova, P. / Spiwok, V. / Benesova, E. / Lipovova, P. / Dohnalek, J. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tvk.cif.gz | 157.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tvk.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6tvk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tvk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA
#1: タンパク質 | 分子量: 77843.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residue Cys488 is oxidized 由来: (組換発現) Paenibacillus thiaminolyticus (バクテリア) 遺伝子: aLfuk2, NCTC11027_00201 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K0JCW6 |
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-非ポリマー , 5種, 363分子
#2: 化合物 | ChemComp-TBR / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.41 % |
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結晶化 | 温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Condition: 0.1 M NaCl, 1.5 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 The condition was diluted to 80% 5 mM maltose as an additive |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→49.08 Å / Num. obs: 63022 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 40.1 % / Biso Wilson estimate: 43.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 25.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 42.3 % / Rmerge(I) obs: 3.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4375 / CC1/2: 0.822 / Rpim(I) all: 0.77 / Rrim(I) all: 3.653 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→49.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / SU B: 4.623 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. The final refinement cycle was performed against all measured intensities.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.086 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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