PDB-6tvi: Salmonella typhimurium mutant neuraminidase (D100S)+ DANA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tvi

タイトル

Salmonella typhimurium mutant neuraminidase (D100S)+ DANA

要素

Sialidase

キーワード

HYDROLASE / Salmonella Typhimurium enzyme / complex / DANA / D100S mutant neuraminidase complexed with DANA / sialidase

機能・相同性

機能・相同性情報

ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Garman, E.F. / Salinger, M.T. / Murray, J.W. / Laver, W.G. / Kuhn, P. / Vimr, E.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Salmonella typhimurium mutant neuraminidase (D100S)+ DANA
著者: Garman, E.F. / Salinger, M.T. / Murray, J.W. / Laver, W.G. / Kuhn, P. / Vimr, E.R.

履歴

登録	2020年1月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tvi.cif.gz	313.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tvi.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tvi_validation.pdf.gz	818.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tvi_full_validation.pdf.gz	826.5 KB	表示
XML形式データ	6tvi_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	6tvi_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tvi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3silS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2sim-d 1rjf-2 4ax6-2 1qjw-2 4au0-1 2q3u-1 4ax7-1 1ocj-d 1hgw-2 1dim-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Sialidase

ヘテロ分子

42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.068, 81.781, 91.065
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sialidase / N-acylneuraminate glycohydrolase / Neuraminidase / NANase / STNA 分子量: 41763.547 Da / 分子数: 1 / 変異: D100S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DANA: 2-deoxy-2,3-dehydro-n-acetyl-neuraminic acid 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 遺伝子: nanH, STM0928 / プラスミド: pSELECT-nanH / 細胞株 (発現宿主): JM109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29768, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 糖	ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₈
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Crystals grown by hanging drop vapour diffusion. A 1:1 mixture of 15mg/ml protein solution and an 8:4 mixture of 3.0M K2HPO4 to 1.4M KH2P04 was placed above a well of an 8:6 solution of 3.0M ...詳細: Crystals grown by hanging drop vapour diffusion. A 1:1 mixture of 15mg/ml protein solution and an 8:4 mixture of 3.0M K2HPO4 to 1.4M KH2P04 was placed above a well of an 8:6 solution of 3.0M K2HPO4 to 1.4M KH2PO4. Then serially cryoprotected in situ to 40% glycerol (v/v with mother liquor) in 10% increments over a period of a few minutes.

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.38 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals grown by hanging drop vapour diffusion. A 1:1 mixture of 15mg/ml protein solution and an 8:4 mixture of 3.0M K2HPO4 to 1.4M KH2P04 was placed above a well of an 8:6 solution of 3.0M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→21.96 Å / Num. obs: 188880 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 6.4 Å² / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1→1.02 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 9266 / R_rim(I) all: 0.573 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SIL

3sil

解像度: 1→21.959 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / WR_factor R_free: 0.129 / WR_factor R_work: 0.115 / SU B: 0.429 / SU ML: 0.01 / Average fsc free: 0.9796 / Average fsc work: 0.982 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1332	5722	3.029 %
R_work	0.1184	183158	-
all	0.119	-	-
obs	-	188880	99.588 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.026 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.071 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.044 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→21.959 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2938	0	56	487	3481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.013	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	3124
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.28	1.645	4654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.645	1.589	7315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.068	5.195	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.851	22.767	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.16	15	603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	2.581	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.512	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	4172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	715
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.287	0.2	683
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.3	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.268	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.46	0.655	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.459	0.654	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.653	0.992	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.654	0.992	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.213	0.905	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.212	0.905	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.97	1.261	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.97	1.26	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.239	10.098	4027
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.238	10.097	4028
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.239	3	6540

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1-1.026	0.213	392	0.198	13483	X-RAY DIFFRACTION	99.9208
1.026-1.054	0.178	415	0.167	13058	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.054-1.085	0.152	410	0.138	12782	X-RAY DIFFRACTION	99.758
1.085-1.118	0.106	364	0.1	12406	X-RAY DIFFRACTION	99.7968
1.118-1.155	0.102	382	0.079	11994	X-RAY DIFFRACTION	99.5896
1.155-1.195	0.097	364	0.077	11526	X-RAY DIFFRACTION	99.2405
1.195-1.24	0.094	383	0.075	11248	X-RAY DIFFRACTION	99.7513
1.24-1.291	0.094	357	0.077	10786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.291-1.348	0.098	321	0.084	10458	X-RAY DIFFRACTION	100
1.348-1.414	0.096	333	0.092	9927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.414-1.491	0.117	295	0.099	9483	X-RAY DIFFRACTION	99.8672
1.491-1.581	0.1	294	0.09	8949	X-RAY DIFFRACTION	99.5584
1.581-1.69	0.115	265	0.087	8439	X-RAY DIFFRACTION	99.8051
1.69-1.825	0.1	242	0.089	7903	X-RAY DIFFRACTION	99.8039
1.825-2	0.114	231	0.108	7262	X-RAY DIFFRACTION	99.8667
2-2.235	0.141	190	0.12	6657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.235-2.581	0.19	168	0.161	5873	X-RAY DIFFRACTION	99.8347
2.581-3.161	0.189	135	0.176	4997	X-RAY DIFFRACTION	99.1499
3.161-4.467	0.168	120	0.144	3797	X-RAY DIFFRACTION	97.0275
4.467-21.959	0.218	61	0.188	2130	X-RAY DIFFRACTION	92.7997

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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