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万見
- PDB-6tuk: Crystal structure of Fdr9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tuk
タイトルCrystal structure of Fdr9
要素Putative oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ferredoxin reductase / FAD complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Reductase, C-terminal / Reductase C-terminal / : / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Putative oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca YX (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rodriguez, A. / Kluenemann, T. / Blankenfeldt, W. / Schallmey, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GRK2223 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Expression, purification and crystal structure determination of a ferredoxin reductase from the actinobacterium Thermobifida fusca.
著者: Rodriguez Buitrago, J.A. / Klunemann, T. / Blankenfeldt, W. / Schallmey, A.
履歴
登録2020年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5939
ポリマ－42,1521
非ポリマー1,4408
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.791, 142.791, 142.791
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-528-

HOH

21B-681-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative oxidoreductase


分子量: 42152.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca YX (バクテリア)
遺伝子: Tfu_1273 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47QF8
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M NaCl 0.1M Bis-Tris pH6.5 1.5M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→142.79 Å / Num. obs: 39768 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 74.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 25 / Num. measured all: 2946416 / Scaling rejects: 11597
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.9-1.9457.12.74214437525270.7040.3632.7662
9.11-142.7960.50.0352805146410.0040.03597.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIXdev-370精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1q1w

1q1w


解像度: 1.9→50.48 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1991 1951 4.92 %
Rwork0.1841 --
obs0.1848 39635 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 298.97 Å2 / Biso mean: 48.6838 Å2 / Biso min: 20.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→50.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2949 0 151 233 3333
Biso mean--44.21 44.99 -
残基数----393
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9-1.950.26091520.245526392791
1.95-20.27481490.235426132762
2-2.060.24891340.221426522786
2.06-2.130.24011450.220526292774
2.13-2.20.25531510.209326222773
2.2-2.290.25031130.196326782791
2.29-2.390.21891660.199326262792
2.39-2.520.19361240.18726722796
2.52-2.680.21541230.185626832806
2.68-2.880.20851470.19826932840
2.89-3.170.19841200.192227162836
3.18-3.630.21091440.175327322876
3.64-4.580.15751230.152127872910
4.58-50.480.17061600.179829423102
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29260.30680.58962.8797-0.12492.36120.0720.23590.07930.11740.2055-0.6131-0.43610.6381-0.27810.2605-0.06920.0010.2792-0.01370.347837.4052-2.2877-20.0448
21.76090.790.69492.20560.11922.26290.15640.0189-0.03240.10790.05880.25590.0722-0.4011-0.20130.21940.009-0.0090.25860.06780.243213.3699-10.0774-27.4283
32.6965-2.920.87794.1355-2.08712.4368-0.0322-0.10870.10790.37310.04350.1523-0.7119-0.12490.04360.5757-0.00620.06250.20360.01870.275324.088712.6216-20.5845
44.77270.7851.17933.65440.79811.264-0.0650.15860.27670.02310.1153-0.4605-1.04220.51230.12930.8522-0.18370.05180.35290.03690.340934.207814.5732-25.5878
52.227-0.0348-0.41334.917-1.36531.69420.19430.15210.11620.09270.00870.1783-0.2898-0.265-0.18040.27520.05010.03480.27480.04630.163915.10738.6886-41.7204
68.52892.24062.00716.86234.92453.6310.42440.70070.1559-0.129-0.23780.3374-0.4655-0.3527-0.14730.57420.14620.08830.43940.15360.257614.324918.1688-48.6083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 94 )B1 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 95 through 241 )B95 - 241
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 242 through 277 )B242 - 277
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 278 through 309 )B278 - 309
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 310 through 374 )B310 - 374
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 375 through 393 )B375 - 393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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