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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tta | ||||||
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タイトル | Haddock model of NDM-1/quercetin complex | ||||||
![]() | Metallo beta lactamase NDM-1 | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / complex / inhibitor / quercetin / New-Delhi Metallo-beta-lactamase-1 / Haddock / antimicrobial resistance | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Riviere, G. / Oueslati, S. / Gayral, M. / Crechet, J.B. / Nhiri, N. / Jacquet, E. / Cintrat, J.C. / Giraud, F. / van Heijenoort, C. / Lescop, E. ...Riviere, G. / Oueslati, S. / Gayral, M. / Crechet, J.B. / Nhiri, N. / Jacquet, E. / Cintrat, J.C. / Giraud, F. / van Heijenoort, C. / Lescop, E. / Pethe, S. / Iorga, B.I. / Naas, T. / Guittet, E. / Morellet, N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: NMR Characterization of the Influence of Zinc(II) Ions on the Structural and Dynamic Behavior of the New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1 and on the Binding with Flavonols as Inhibitors. 著者: Riviere, G. / Oueslati, S. / Gayral, M. / Crechet, J.B. / Nhiri, N. / Jacquet, E. / Cintrat, J.C. / Giraud, F. / van Heijenoort, C. / Lescop, E. / Pethe, S. / Iorga, B.I. / Naas, T. / Guittet, E. / Morellet, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 274 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 221.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 481.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 500.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23974.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, blaNDM-1_1, blaNDM-1_2, blaNDM-1_3, blaNDM1, NDM-1, BANRA_05884, C3483_29595, C7V41_28630, D647_p47098, EC13450_007, FAQ72_26810, FAQ97_27095, FAS39_27275, NCTC13443_ ...遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, blaNDM-1_1, blaNDM-1_2, blaNDM-1_3, blaNDM1, NDM-1, BANRA_05884, C3483_29595, C7V41_28630, D647_p47098, EC13450_007, FAQ72_26810, FAQ97_27095, FAS39_27275, NCTC13443_00040, p2146_00143, pCRE380_21, PMK1_ndm00067, PMK1_ndm00076, PMK1_ndm00085, pN11x00042NDM_090, pNDM-SX04_5, pNDM10469_138, SAMEA3531848_05178, TR3_031, TR4_031 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-QUE / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 320 uM [U-13C; U-15N] NDM-1, 90% H2O/10% D2O 詳細: Approximately 2.7 micro L of DMSO was added by equivalent of flavonol added to the solution of NDM-1. (the concentration final of DMSO-d6 did not exceed 2.6% in the NMR tube) Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 320 uM / 構成要素: NDM-1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N] |
試料状態 | イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 4 |