PDB-6tsr: Marasmius oreades agglutinin (MOA) activated by manganese (II) an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tsr

タイトル

Marasmius oreades agglutinin (MOA) activated by manganese (II) and calcium

要素

Agglutinin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / fungal chimerolectin / papain-like cysteine protease / protease-substrate complex / calcium-binding protein / manganese-binding protein / toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Marasmius oreades (シバフタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Cordara, G. / Manna, D. / Krengel, U.

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of MOA in complex with a peptide fragment: A protease caught in flagranti .
著者: Manna, D. / Cordara, G. / Krengel, U.

履歴

登録	2019年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tsr.cif.gz	87.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tsr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tsr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tslC 6tsmC 6tsnC 6tsoC 6tsqC 6yh0C 3ef2S 2iho 6tsp S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tsp-1 6yh0-1 2iho-1 5mu9-1 6tso-1 6tsn-1 6tsq-1 3ef2-2 5d61-1 3phz-d 6tsm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (3) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, single-peak elution of the dimer, under all tested conditions
69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.569, 121.569, 99.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-583- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Agglutinin 分子量: 32419.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marasmius oreades (シバフタケ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X123

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 223分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M cacodylate/HCl pH 6.5, 16% PEG 8000, 0.15M sodium acetate, 10 mM MnCl2, 10 mM CaCl2, 12.5% DMSO, 5mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.85051 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.85051 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→46.5 Å / Num. obs: 68797 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.492 / Num. unique obs: 1973 / CC_1/2: 0.623 / R_pim(I) all: 0.463 / R_rim(I) all: 0.677 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	7.0.078	精密化
XDS	March 15, 2012	データ削減
XDS	March 15, 2012	データスケーリング
PHASER	7.0.078	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EF2

3ef2

解像度: 1.85→46.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.806 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1755	1934	5.234 %
R_work	0.1517	-	-
all	0.153	-	-
obs	-	36948	98.747 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.846 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.465 Å²	0.232 Å²	0 Å²
2-	-	0.465 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.507 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2280	0	128	212	2620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.018	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.954	1.693	3501
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.891	1.63	5113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.841	5	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.635	23.672	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.432	15	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.992	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.012	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.041	0.02	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.034	0.02	551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	474
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.107	0.2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.13	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.136	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.394	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.193	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.444	1.82	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.441	1.82	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.978	2.725	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.978	2.725	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.46	2.097	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.459	2.099	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.724	3.045	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.723	3.046	1982
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.448	22.219	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.371	22.039	2943

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.309	124	0.265	2265	X-RAY DIFFRACTION	87.9279
1.9-1.952	0.224	146	0.212	2386	X-RAY DIFFRACTION	96.2738
1.952-2.009	0.208	138	0.167	2436	X-RAY DIFFRACTION	99.536
2.009-2.071	0.191	132	0.155	2368	X-RAY DIFFRACTION	99.8403
2.071-2.138	0.22	100	0.139	2324	X-RAY DIFFRACTION	99.8764
2.138-2.214	0.191	117	0.141	2251	X-RAY DIFFRACTION	99.9578
2.214-2.297	0.18	113	0.135	2143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.297-2.391	0.163	125	0.137	2075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.391-2.497	0.173	122	0.129	1989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.497-2.619	0.144	101	0.132	1920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.619-2.76	0.187	108	0.142	1833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.928	0.174	97	0.145	1727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.928-3.13	0.155	95	0.144	1633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.38	0.166	83	0.157	1541	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.702	0.173	69	0.159	1422	X-RAY DIFFRACTION	99.933
3.702-4.139	0.163	76	0.144	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
4.139-4.778	0.127	68	0.124	1150	X-RAY DIFFRACTION	99.918
4.778-5.849	0.137	50	0.152	1000	X-RAY DIFFRACTION	99.9049
5.849-8.258	0.174	47	0.187	789	X-RAY DIFFRACTION	100
8.258-46.5	0.289	23	0.187	476	X-RAY DIFFRACTION	96.7054

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
糖 , 2種, 3分子

-
非ポリマー , 6種, 223分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-糖 , 2種, 3分子

-非ポリマー , 6種, 223分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
糖 , 2種, 3分子

-
非ポリマー , 6種, 223分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)