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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tsr | ||||||
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タイトル | Marasmius oreades agglutinin (MOA) activated by manganese (II) and calcium | ||||||
![]() | Agglutinin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / fungal chimerolectin / papain-like cysteine protease / protease-substrate complex / calcium-binding protein / manganese-binding protein / toxin | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cordara, G. / Manna, D. / Krengel, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of MOA in complex with a peptide fragment: A protease caught in flagranti . 著者: Manna, D. / Cordara, G. / Krengel, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA
#1: タンパク質 | 分子量: 32419.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 3分子
#2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose |
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#3: 多糖 |
-非ポリマー , 6種, 223分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M cacodylate/HCl pH 6.5, 16% PEG 8000, 0.15M sodium acetate, 10 mM MnCl2, 10 mM CaCl2, 12.5% DMSO, 5mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.85051 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→46.5 Å / Num. obs: 68797 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 22.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Num. unique obs: 1973 / CC1/2: 0.623 / Rpim(I) all: 0.463 / Rrim(I) all: 0.677 / % possible all: 87.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3EF2 解像度: 1.85→46.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.806 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.846 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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