PDB-6tsq: Marasmius oreades agglutinin (MOA) activated by manganese (II)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tsq

タイトル

Marasmius oreades agglutinin (MOA) activated by manganese (II)

要素

Agglutinin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / fungal chimerolectin / papain-like cysteine protease / protease-substrate complex / calcium-binding protein / manganese-binding protein / toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Marasmius oreades (シバフタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Cordara, G. / Manna, D. / Krengel, U.

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of MOA in complex with a peptide fragment: A protease caught in flagranti .
著者: Manna, D. / Cordara, G. / Krengel, U.

履歴

登録	2019年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tsq.cif.gz	88 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tsq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tsq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tslC 6tsmC 6tsnC 6tsoC 6tsrC 6yh0C 3ef2S 2iho 6tsp S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tso-1 3ef2-2 5d61-1 6tsm-1 6tsn-1 5d62-1 6tsp-1 5mu9-1 6tsr-1 6yh0-1 3phz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (3) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, single-peak elution of the dimer, under all tested conditions
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.952, 120.952, 99.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-4- ARG
2	1	AAA-594- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Agglutinin 分子量: 32419.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marasmius oreades (シバフタケ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X123

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 235分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.5 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M cacodylate/HCl pH 6.5, 16% PEG 8000, 0.15M sodium acetate, 5 mM MnCl2, 12.5% DMSO, 5mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.85051 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.85051 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→46.3 Å / Num. obs: 63674 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.256 / Num. unique obs: 1262 / CC_1/2: 0.853 / R_pim(I) all: 0.256 / R_rim(I) all: 0.361 / % possible all: 57.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	7.0.078	精密化
XDS	September 26, 2012	データ削減
XDS	September 26, 2012	データスケーリング
PHASER	7.0.078	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EF2

3ef2

解像度: 1.85→46.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 1.768 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1824	1728	5.009 %
R_work	0.1558	-	-
all	0.157	-	-
obs	-	34498	93.137 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.957 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.518 Å²	0.259 Å²	0 Å²
2-	-	0.518 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.679 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2280	0	117	226	2623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.815	1.692	3537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.606	1.63	5145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.814	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.324	23.721	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.521	15	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.317	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.012	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.041	0.02	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.034	0.02	557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.104	0.2	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.796	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.351	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.263	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.235	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.482	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.357	1.757	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.357	1.757	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.826	2.63	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.826	2.63	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.065	1.982	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.065	1.982	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.136	2.888	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.135	2.888	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.117	21.288	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.037	21.058	2960

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.238	88	0.222	1461	X-RAY DIFFRACTION	57.8633
1.9-1.952	0.23	95	0.188	1818	X-RAY DIFFRACTION	72.2705
1.952-2.008	0.204	113	0.16	2066	X-RAY DIFFRACTION	85.8888
2.008-2.07	0.187	120	0.153	2244	X-RAY DIFFRACTION	95.7085
2.07-2.138	0.182	119	0.143	2246	X-RAY DIFFRACTION	98.5827
2.138-2.213	0.17	112	0.141	2182	X-RAY DIFFRACTION	98.118
2.213-2.296	0.205	109	0.142	2139	X-RAY DIFFRACTION	99.2933
2.296-2.39	0.185	108	0.141	2018	X-RAY DIFFRACTION	98.7918
2.39-2.496	0.159	111	0.135	1981	X-RAY DIFFRACTION	99.1939
2.496-2.618	0.166	88	0.138	1912	X-RAY DIFFRACTION	99.552
2.618-2.76	0.173	92	0.154	1802	X-RAY DIFFRACTION	99.7893
2.76-2.927	0.199	86	0.159	1720	X-RAY DIFFRACTION	99.7239
2.927-3.129	0.18	87	0.154	1621	X-RAY DIFFRACTION	99.9415
3.129-3.379	0.193	87	0.171	1505	X-RAY DIFFRACTION	99.8119
3.379-3.701	0.211	75	0.167	1411	X-RAY DIFFRACTION	100
3.701-4.138	0.155	72	0.153	1286	X-RAY DIFFRACTION	99.8529
4.138-4.777	0.13	42	0.13	1155	X-RAY DIFFRACTION	99.8332
4.777-5.847	0.184	60	0.164	976	X-RAY DIFFRACTION	99.9036
5.847-8.256	0.179	43	0.204	787	X-RAY DIFFRACTION	99.8797
8.256-46.3	0.189	21	0.185	440	X-RAY DIFFRACTION	90.0391

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関連情報:EMDBヘッダ

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