PDB-6tsp: Marasmius oreades agglutinin (MOA) inhibited by zinc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tsp

タイトル

Marasmius oreades agglutinin (MOA) inhibited by zinc

要素

Agglutinin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / fungal chimerolectin / papain-like cysteine protease / protease-substrate complex / calcium-binding protein / manganese-binding protein / toxin

機能・相同性

Agglutinin, C-terminal / Agglutinin C-terminal / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Papain-like cysteine peptidase superfamily / metal ion binding / Agglutinin

機能・相同性情報

生物種

Marasmius oreades (シバフタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Cordara, G. / Manna, D. / Krengel, U.

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of MOA in complex with a peptide fragment: a protease caught in flagranti
著者: Manna, D. / Cordara, G. / Krengel, U.

履歴

登録	2019年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tsp.cif.gz	84.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tsp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tsp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tsp_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tsp_full_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示
XML形式データ	6tsp_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	6tsp_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ef2S 2iho 6tso S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tsr-1 6tso-1 6tsm-1 5mu9-1 3ef2-2 2iho-1 5d61-1 6yh0-1 6tsn-1 3phz-d 6tsq-1 6tsl-1 5d62-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (3) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, single-peak elution of the dimer, under all tested conditions
69.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.071, 121.071, 99.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-519- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Agglutinin 分子量: 32328.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marasmius oreades (シバフタケ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X123

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 152分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M cacodylate/HCl pH 6.5, 16% PEG 8000, 0.5 M sodium acetate, 50 mM ZnCl2, 10 mM CaCl2, 12.5% DMSO, 5 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.28242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→46.4 Å / Num. obs: 64833 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / R_merge(I) obs: 1.437 / Num. unique obs: 1507 / CC_1/2: 0.489 / R_pim(I) all: 0.986 / R_rim(I) all: 1.767

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	7.0.078	精密化
XDS	Mar 15, 2019 BUILT=20190315	データ削減
XDS	Mar 15, 2019 BUILT=20190315	データスケーリング
PHASER	7.0.078	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EF2

3ef2

解像度: 1.85→46.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.923 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2347	1872	5.242 %
R_work	0.2068	-	-
all	0.208	-	-
obs	-	35709	94.566 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.884 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.483 Å²	0.742 Å²	0 Å²
2-	-	1.483 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.811 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2278	0	132	137	2547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.811	1.689	3490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.595	1.628	5094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.377	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.305	23.84	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.014	15	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.43	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.011	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.041	0.02	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.033	0.02	548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.105	0.2	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.186	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.4	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.266	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.123	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.207	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.675	3.363	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.676	3.363	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.106	5.045	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.106	5.045	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.388	3.674	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.387	3.674	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.479	5.397	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.477	5.397	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.199	39.769	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.192	39.685	2900

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.889	0.51	102	0.437	1748	X-RAY DIFFRACTION	67.5923
1.889-1.941	0.369	113	0.378	1978	X-RAY DIFFRACTION	78.6386
1.941-1.997	0.383	132	0.317	2102	X-RAY DIFFRACTION	85.89
1.997-2.059	0.317	122	0.274	2227	X-RAY DIFFRACTION	92.8458
2.059-2.126	0.28	100	0.254	2342	X-RAY DIFFRACTION	99.3895
2.126-2.201	0.313	119	0.261	2253	X-RAY DIFFRACTION	99.8737
2.201-2.284	0.255	111	0.21	2194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.284-2.377	0.269	126	0.228	2095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.377-2.483	0.248	125	0.205	1996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.483-2.604	0.222	101	0.172	1926	X-RAY DIFFRACTION	99.7539
2.604-2.745	0.215	107	0.161	1842	X-RAY DIFFRACTION	99.8975
2.745-2.911	0.222	98	0.173	1749	X-RAY DIFFRACTION	99.9459
2.911-3.112	0.2	98	0.178	1649	X-RAY DIFFRACTION	99.8857
3.112-3.361	0.208	80	0.192	1547	X-RAY DIFFRACTION	99.9386
3.361-3.681	0.207	73	0.197	1437	X-RAY DIFFRACTION	100
3.681-4.115	0.2	75	0.186	1294	X-RAY DIFFRACTION	99.7813
4.115-4.75	0.16	69	0.144	1169	X-RAY DIFFRACTION	99.9193
4.75-5.815	0.209	51	0.199	1006	X-RAY DIFFRACTION	99.8111
5.815-8.211	0.266	47	0.256	791	X-RAY DIFFRACTION	100
8.211-46.4	0.319	23	0.238	493	X-RAY DIFFRACTION	98.4733

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