PDB-6tso: Marasmius oreades agglutinin (MOA) inhibited by cadmium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tso

タイトル

Marasmius oreades agglutinin (MOA) inhibited by cadmium

要素

Agglutinin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / fungal chimerolectin / papain-like cysteine protease / protease-substrate complex / calcium-binding protein / manganese-binding protein / toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Marasmius oreades (シバフタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cordara, G. / Manna, D. / Krengel, U.

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of MOA in complex with a peptide fragment: A protease caught in flagranti .
著者: Manna, D. / Cordara, G. / Krengel, U.

履歴

登録	2019年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tso.cif.gz	81.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tso.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tso.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tso	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tslC 6tsmC 6tsnC 6tsqC 6tsrC 6yh0C 3ef2S 2iho 6tsp S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tsq-1 5d61-1 6tsp-1 6tsm-1 3ef2-2 5mu9-1 3phz-d 6tsr-1 6yh0-1 2iho-1 5d62-1 6tsn-1 6tsl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (3) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, single-peak elution of the dimer, under all tested conditions
68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.752, 120.752, 99.541
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-491- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Agglutinin 分子量: 32328.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marasmius oreades (シバフタケ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X123

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 107分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M cacodylate/HCl pH 6.5, 16% PEG 8000, 0.2 M sodium acetate, 1 mM CdCl2, 10 mM CaCl2, 12.5% DMSO, 5 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 2.0664 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.0664 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→46.3 Å / Num. obs: 44615 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.196 / R_pim(I) all: 0.094 / R_rim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / R_merge(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 1659 / CC_1/2: 0.518 / R_pim(I) all: 0.818 / R_rim(I) all: 1.85 / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	7.0.078	精密化
XDS	28-Nov-2019	データ削減
XDS	28-Nov-2019	データスケーリング
PHASER	7.0.078	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EF2

3ef2

解像度: 2.1→46.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 4.431 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2291	1204	5.017 %
R_work	0.193	-	-
all	0.195	-	-
obs	-	23997	92.503 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.886 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.365 Å²	0.683 Å²	0 Å²
2-	-	1.365 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.428 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2278	0	108	101	2487

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2489
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.576	1.689	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.322	1.631	4900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.225	5	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.243	23.74	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.573	15	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.248	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.007	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.091	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.308	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.131	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.098	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.548	3.416	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.546	3.416	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.275	5.11	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.274	5.111	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.003	3.677	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.002	3.678	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.378	5.413	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.377	5.415	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.561	39.976	2827
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.554	39.973	2823

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.143	0.363	78	0.29	1493	X-RAY DIFFRACTION	83.8761
2.143-2.202	0.294	92	0.253	1489	X-RAY DIFFRACTION	86.252
2.202-2.265	0.315	90	0.233	1463	X-RAY DIFFRACTION	87.2962
2.265-2.335	0.293	68	0.232	1469	X-RAY DIFFRACTION	88.1307
2.335-2.412	0.249	69	0.22	1421	X-RAY DIFFRACTION	89.5433
2.412-2.496	0.272	65	0.24	1399	X-RAY DIFFRACTION	89.5413
2.496-2.59	0.309	71	0.201	1354	X-RAY DIFFRACTION	90.9381
2.59-2.696	0.246	81	0.189	1332	X-RAY DIFFRACTION	92.1722
2.696-2.816	0.216	68	0.17	1297	X-RAY DIFFRACTION	94.5291
2.816-2.953	0.223	69	0.167	1273	X-RAY DIFFRACTION	94.841
2.953-3.113	0.246	65	0.185	1224	X-RAY DIFFRACTION	96.482
3.113-3.302	0.224	68	0.201	1159	X-RAY DIFFRACTION	97.3037
3.302-3.529	0.23	63	0.21	1112	X-RAY DIFFRACTION	97.5104
3.529-3.812	0.244	50	0.197	1056	X-RAY DIFFRACTION	97.8761
3.812-4.175	0.198	56	0.184	956	X-RAY DIFFRACTION	97.2142
4.175-4.667	0.182	41	0.144	893	X-RAY DIFFRACTION	98.9407
4.667-5.387	0.16	37	0.175	806	X-RAY DIFFRACTION	99.1765
5.387-6.593	0.23	32	0.21	696	X-RAY DIFFRACTION	99.4536
6.593-9.306	0.205	28	0.165	554	X-RAY DIFFRACTION	98.6441
9.306-46.3	0.158	13	0.176	347	X-RAY DIFFRACTION	98.3607

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