PDB-6tsn: Marasmius oreades agglutinin (MOA), papain back.swap W208Q-Q276W ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tsn

タイトル

Marasmius oreades agglutinin (MOA), papain back.swap W208Q-Q276W variant

要素

Agglutinin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / fungal chimerolectin / papain-like cysteine protease / protease-substrate complex / calcium-binding protein / manganese-binding protein / toxin

機能・相同性

Agglutinin, C-terminal / Agglutinin C-terminal / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Papain-like cysteine peptidase superfamily / metal ion binding / Agglutinin

機能・相同性情報

生物種

Marasmius oreades (シバフタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Cordara, G. / Manna, D. / Krengel, U.

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of MOA in complex with a peptide fragment: A protease caught in flagranti .
著者: Manna, D. / Cordara, G. / Krengel, U.

履歴

登録	2019年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tsn.cif.gz	86.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tsn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tsn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tsn_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tsn_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6tsn_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	6tsn_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tslC 6tsmC 6tsoC 6tsqC 6tsrC 6yh0C 3ef2S 2iho S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ef2-2 5mu9-1 6yh0-1 3ef2-1 6tsq-1 5d61-1 6tsl-1 6tsp-1 6tsr-1 6tsm-1 6tso-1 3phz-d 2iho-1 5d63-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (3) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

AAA: Agglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, single-peak elution of the dimer, under all tested conditions
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.615, 121.615, 100.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-567- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Agglutinin 分子量: 32419.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marasmius oreades (シバフタケ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X123

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 202分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.2 % / 解説: rod-shaped crystals
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M cacodylate/HCl pH 6.5, 14% PEG 8000, 0.2 M calcium acetate, 10% DMSO, 5 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→46.6 Å / Num. obs: 104686 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 1.749 / Num. unique obs: 2154 / CC_1/2: 0.265 / R_pim(I) all: 1.572 / R_rim(I) all: 2.359 / % possible all: 77.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	7.0.078	精密化
XDS	22-Sep-2015	データ削減
XDS	22-Sep-2015	データスケーリング
REFMAC	7.0.078	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EF2

3ef2

解像度: 1.6→46.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 1.572 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	2756	4.933 %
R_work	0.1852	-	-
all	0.186	-	-
obs	-	55866	96.55 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.138 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.679 Å²	0.339 Å²	0 Å²
2-	-	0.679 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.203 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2280	0	110	197	2587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.96	1.692	3560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.877	1.633	5118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.915	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.495	23.864	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.032	15	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.071	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.012	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.04	0.02	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.034	0.02	560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.111	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.161	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.381	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.127	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.415	1.796	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.413	1.796	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.928	2.692	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.928	2.692	1552
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.086	2.005	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.086	2.005	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.108	2.937	2001
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.107	2.937	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.125	22.039	3014
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.023	21.778	2976

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.641	0.352	144	0.366	3163	X-RAY DIFFRACTION	78.3835
1.641-1.686	0.34	172	0.334	3329	X-RAY DIFFRACTION	85.599
1.686-1.735	0.351	172	0.296	3488	X-RAY DIFFRACTION	91.9598
1.735-1.788	0.274	190	0.267	3597	X-RAY DIFFRACTION	96.7305
1.788-1.847	0.254	199	0.231	3530	X-RAY DIFFRACTION	99.7059
1.847-1.912	0.25	175	0.212	3476	X-RAY DIFFRACTION	99.9726
1.912-1.984	0.201	184	0.184	3345	X-RAY DIFFRACTION	99.9151
1.984-2.065	0.204	176	0.177	3220	X-RAY DIFFRACTION	99.9706
2.065-2.157	0.185	154	0.157	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.157-2.262	0.177	169	0.158	2956	X-RAY DIFFRACTION	99.936
2.262-2.384	0.189	148	0.153	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.384-2.529	0.162	149	0.147	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.529-2.703	0.2	142	0.157	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.703-2.92	0.197	118	0.164	2375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.198	0.182	99	0.155	2211	X-RAY DIFFRACTION	100
3.198-3.575	0.173	103	0.163	2010	X-RAY DIFFRACTION	99.9527
3.575-4.128	0.191	74	0.159	1785	X-RAY DIFFRACTION	99.9462
4.128-5.053	0.157	85	0.154	1525	X-RAY DIFFRACTION	99.7522
5.053-7.138	0.213	64	0.214	1211	X-RAY DIFFRACTION	99.3765
7.138-46.6	0.309	39	0.211	721	X-RAY DIFFRACTION	98.0645

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関連情報:EMDBヘッダ

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