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- PDB-6tsm: Marasmius oreades agglutinin (MOA) in complex with the truncated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tsm
タイトルMarasmius oreades agglutinin (MOA) in complex with the truncated PVVRAHS synthetic substrate
要素
  • Agglutinin
  • PRO-VAL-VAL-ARG
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / fungal chimerolectin / papain-like cysteine protease / protease-substrate complex / calcium-binding protein / manganese-binding protein
機能・相同性Agglutinin, C-terminal / Agglutinin C-terminal / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Papain-like cysteine peptidase superfamily / metal ion binding / Agglutinin
機能・相同性情報
生物種Marasmius oreades (シバフタケ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Cordara, G. / Manna, D. / Krengel, U.
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of MOA in complex with a peptide fragment: A protease caught in flagranti .
著者: Manna, D. / Cordara, G. / Krengel, U.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Agglutinin
BBB: PRO-VAL-VAL-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8659
ポリマ－32,7002
非ポリマー1,1657
水4,522251
1
AAA: Agglutinin
BBB: PRO-VAL-VAL-ARG
ヘテロ分子

AAA: Agglutinin
BBB: PRO-VAL-VAL-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,73018
ポリマ－65,4004
非ポリマー2,33014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_454-x+y-1,y,-z-1/21
Buried area9060 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area23100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.155, 122.155, 100.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Agglutinin


分子量: 32229.578 Da / 分子数: 1 / 変異: C215A, H257A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marasmius oreades (シバフタケ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X123
#2: タンパク質・ペプチド PRO-VAL-VAL-ARG


分子量: 470.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic proteolysis substrate / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_a3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_a3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 256分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 % / 解説: rod-shaped crystal
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M cacodylate/HCl pH 6.5, 20% PEG 8000, 0.2 M sodium acetate, 10 mM CaCl2, 5 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97239 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→46.8 Å / Num. obs: 87357 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 17.8 % / Rmerge(I) obs: 5.335 / Mean I/σ(I) obs: 0.362 / Num. unique obs: 4152 / CC1/2: 0.362 / Rpim(I) all: 1.266 / Rrim(I) all: 5.489 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.0.078精密化
XDS29-Nov-2019データ削減
XDS29-Nov-2019データスケーリング
REFMAC7.0.078位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EF2

3ef2


解像度: 1.4→46.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.296 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 4388 5.025 %
Rwork0.179 --
all0.18 --
obs-87323 99.8 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.883 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.547 Å20.274 Å20 Å2
2--0.547 Å20 Å2
3----1.775 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2305 0 74 251 2630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132605
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0182267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8761.6783579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6051.6145304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2295338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.25323.282131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16915387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0281510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0160.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0420.022958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0350.02572
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.21993
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1010.21117
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2520.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1560.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3150.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1120.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1460.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4972.0491237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4822.0481236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1773.071557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1773.0711558
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2372.2711367
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2292.2721367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3773.3212001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3773.3232001
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.38124.4422973
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.3824.4462974
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.4310.3543070.3535919X-RAY DIFFRACTION98.0009
1.431-1.470.2973110.3245914X-RAY DIFFRACTION99.9037
1.47-1.5120.2882910.2995752X-RAY DIFFRACTION99.9504
1.512-1.5590.2912940.2745576X-RAY DIFFRACTION99.9659
1.559-1.610.2652860.255440X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.6670.252940.2225222X-RAY DIFFRACTION99.9819
1.667-1.7290.2262620.1945075X-RAY DIFFRACTION100
1.729-1.80.1912750.1724891X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.880.1862640.1654674X-RAY DIFFRACTION99.9798
1.88-1.9720.1882370.1674494X-RAY DIFFRACTION100
1.972-2.0780.1942040.1694306X-RAY DIFFRACTION100
2.078-2.2040.1862260.1634040X-RAY DIFFRACTION99.9766
2.204-2.3570.1912060.1563839X-RAY DIFFRACTION100
2.357-2.5450.1871830.1623597X-RAY DIFFRACTION100
2.545-2.7880.1881980.1723284X-RAY DIFFRACTION100
2.788-3.1170.2041600.1743003X-RAY DIFFRACTION100
3.117-3.5980.1781330.172699X-RAY DIFFRACTION100
3.598-4.4060.1641140.1452297X-RAY DIFFRACTION100
4.406-6.2260.156910.1531818X-RAY DIFFRACTION99.8953
6.226-46.80.221520.1831095X-RAY DIFFRACTION99.4796

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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