PDB-6tsb: Crystal structure of the Chitinase Domain of the Spore Coat Prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tsb

タイトル

Crystal structure of the Chitinase Domain of the Spore Coat Protein CotE from Clostridium difficile

要素

Peroxiredoxin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Spore Coat / Chitinase / Colonisation Factor

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin activity / chitinase activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Whittingham, J.L. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of the GH18 domain of the bifunctional peroxiredoxin-chitinase CotE from Clostridium difficile.
著者: Whittingham, J.L. / Hanai, S. / Brannigan, J.A. / Ferreira, W.T. / Dodson, E.J. / Turkenburg, J.P. / Cartwright, J. / Cutting, S.M. / Wilkinson, A.J.

履歴

登録	2019年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tsb.cif.gz	140.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tsb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tsb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t9mSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3msg-d 3ms8-d 1ub4-1 3mui-d 1tyb-1 2q8x-d 4ts1-d 6tzt-3 3ts1-1 1n82-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Peroxiredoxin

ヘテロ分子

41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Peroxiredoxin

ヘテロ分子

AAA: Peroxiredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.076, 82.076, 325.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1003- HOH

#1: タンパク質	Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase 分子量: 40771.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile (strain 630) (バクテリア) 遺伝子: cotE, CD630_14330 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18BV5, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Reservoir, 1 ml 0.1 M sodium malonate pH 5.5, 13% PEG 3,350 and 3 microlitres of pentaethylene glycol monooctyl ether (C8E5) Drops contained 2 microlitres of protein at 20 mg/ml in 50 mM Tris- ...詳細: Reservoir, 1 ml 0.1 M sodium malonate pH 5.5, 13% PEG 3,350 and 3 microlitres of pentaethylene glycol monooctyl ether (C8E5) Drops contained 2 microlitres of protein at 20 mg/ml in 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 500 mM NaCl, 10 mM imidazole, a 3 microlitres of reservoir solution.

結晶

マシュー密度: 3.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.35 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Reservoir, 1 ml 0.1 M sodium malonate pH 5.5, 13% PEG 3,350 and 3 microlitres of pentaethylene glycol monooctyl ether (C8E5) Drops contained 2 microlitres of protein at 20 mg/ml in 50 mM Tris- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→81.41 Å / Num. obs: 35657 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.17→2.17 Å / Num. unique obs: 2551 / CC_1/2: 0.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6T9M

6t9m

解像度: 2.1→54.373 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2674	1918	4.894 %
R_work	0.2163	-	-
all	0.219	-	-
obs	-	39192	99.957 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.348 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	-0.001 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→54.373 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2699	0	14	138	2851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2771
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	2503
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.64	1.64	3764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.376	1.572	5806
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.483	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.317	23.158	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.81	15	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.717	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	554
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.263	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.097	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.175	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.338	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.847	5.678	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.847	5.676	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.017	8.5	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.016	8.502	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.903	6.039	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.901	6.04	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.218	8.9	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.216	8.902	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	30.8	66.071	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	30.797	66.086	3028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.154	0.426	154	0.408	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.9295
2.154-2.213	0.402	120	0.387	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.213-2.278	0.379	127	0.373	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.278-2.348	0.367	136	0.332	2465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.348-2.424	0.33	125	0.308	2405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.424-2.509	0.335	120	0.279	2339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.509-2.604	0.308	122	0.263	2246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.604-2.71	0.305	109	0.262	2193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.831	0.34	116	0.259	2104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-2.968	0.296	124	0.229	1982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.968-3.129	0.26	84	0.225	1924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.129-3.318	0.3	92	0.224	1839	X-RAY DIFFRACTION	100
3.318-3.547	0.267	71	0.212	1745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.547-3.83	0.261	81	0.199	1612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.194	0.208	74	0.171	1508	X-RAY DIFFRACTION	100
4.194-4.687	0.215	59	0.164	1378	X-RAY DIFFRACTION	100
4.687-5.409	0.22	69	0.162	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
5.409-6.615	0.21	56	0.166	1060	X-RAY DIFFRACTION	100
6.615-9.314	0.18	49	0.138	857	X-RAY DIFFRACTION	100
9.314-54.373	0.296	30	0.225	535	X-RAY DIFFRACTION	98.7762

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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