PDB-6trv: Structure of SapL1 lectin in complex with alpha methyl fucoside

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6trv

タイトル

Structure of SapL1 lectin in complex with alpha methyl fucoside

要素

Uncharacterized protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / FUCOSE BINDING / BETA PROPELLER / FUNGAL

機能・相同性

Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / methyl alpha-L-fucopyranoside / Fucose-specific lectin

機能・相同性情報

生物種

Scedosporium apiospermum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Martinez Alarcon, D. / Varrot, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Biochemical and structural studies of target lectin SapL1 from the emerging opportunistic microfungus Scedosporium apiospermum.
著者: Martinez-Alarcon, D. / Balloy, V. / Bouchara, J.P. / Pieters, R.J. / Varrot, A.

履歴

登録	2019年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6trv.cif.gz	134.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6trv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6trv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6trv_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6trv_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	6trv_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	6trv_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/6trv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/6trv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d4uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fc5-9 4dwz-7 4dwz-9 4fc5-7 4xiw-1 1r2s-2 1r2r-2 5gzp-d 4z0s-d 2vu9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Uncharacterized protein

BBB: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.064, 45.664, 83.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.054, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Uncharacterized protein

分子量: 31781.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Scedosporium apiospermum (菌類) / 遺伝子: SAPIO_CDS9261 / 細胞株 (発現宿主): TRX / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A084FYP2

#2: 糖

ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / ALPHA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / methyl alpha-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside / メチルα-L-フコピラノシド

タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₇H₁₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 % / 解説: broken plate
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.5 M ammonium sulfate (NH4)2SO4 100 mM BICINE pH 8.5 12% Glycerol 10% Glycerol were added for cryoprotection

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→39.99 Å / Num. obs: 21570 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.082 / R_sym value: 0.118 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2212 / CC_1/2: 0.7 / R_pim(I) all: 0.417 / R_sym value: 0.598 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4D4U

4d4u

解像度: 2.4→39.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 10.836 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.806 / ESU R Free: 0.285 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2398	1089	5.051 %
R_work	0.175	-	-
all	0.178	-	-
obs	-	21561	97.884 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.358 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.193 Å²	-0 Å²	1.865 Å²
2-	-	-0.899 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.078 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4442	0	155	179	4776

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	4719
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	4145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.938	1.662	6446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.421	1.607	9566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.409	5	586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.615	21.667	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.251	15	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.444	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	807
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	4102
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.055	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.873	3.566	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.866	3.564	2349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.298	5.341	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.301	5.343	2935
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.183	3.702	2369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.175	3.702	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.674	5.463	3512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.678	5.463	3507
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.935	40.045	5197
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.934	40.048	5198

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.343	78	0.345	1475	X-RAY DIFFRACTION	98.4781
2.462-2.529	0.366	74	0.313	1489	X-RAY DIFFRACTION	97.9937
2.529-2.602	0.353	66	0.286	1406	X-RAY DIFFRACTION	98.5934
2.602-2.682	0.368	63	0.254	1399	X-RAY DIFFRACTION	97.8581
2.682-2.77	0.313	62	0.227	1314	X-RAY DIFFRACTION	96.8332
2.77-2.866	0.295	84	0.187	1323	X-RAY DIFFRACTION	98.6676
2.866-2.974	0.243	81	0.164	1232	X-RAY DIFFRACTION	98.8705
2.974-3.095	0.25	77	0.16	1199	X-RAY DIFFRACTION	98.9915
3.095-3.231	0.22	62	0.156	1178	X-RAY DIFFRACTION	99.0415
3.231-3.388	0.231	61	0.164	1108	X-RAY DIFFRACTION	98.5666
3.388-3.57	0.189	56	0.16	1077	X-RAY DIFFRACTION	99.0385
3.57-3.785	0.229	52	0.145	1014	X-RAY DIFFRACTION	98.4303
3.785-4.043	0.182	55	0.12	926	X-RAY DIFFRACTION	97.4181
4.043-4.364	0.174	42	0.099	861	X-RAY DIFFRACTION	95.3537
4.364-4.774	0.227	43	0.119	815	X-RAY DIFFRACTION	97.3893
4.774-5.328	0.19	35	0.147	733	X-RAY DIFFRACTION	96.9697
5.328-6.135	0.192	35	0.182	644	X-RAY DIFFRACTION	96.3121
7.469-10	0.257	22	0.188	437	X-RAY DIFFRACTION	96.0251

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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