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万見
- PDB-6trh: Structure of E70A mutant of Rex8A from Paenibacillus barcinonensi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6trh
タイトルStructure of E70A mutant of Rex8A from Paenibacillus barcinonensis complexed with 3(3)-alpha-L-arabinofuranosyl-xylotetraose.
要素Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
キーワードHYDROLASE / Xylan / Exo-oligoxylanase / Xylanases / Xylooligosaccharides / Xylooligomers / Xylose / Hydrolysis / Polysaccharides / Glycan / Glycan degradation / Xylan degradation / Glycosidase / Carbohydrate metabolism.
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide reducing-end xylanase / oligosaccharide reducing-end xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus barcinonensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Jimenez-Ortega, E. / Ramirez-Escudero, M. / Sanz-Aparicio, J.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A from Paenibacillus barcinonensis BP-23 deciphers its molecular specificity.
著者: Jimenez-Ortega, E. / Valenzuela, S. / Ramirez-Escudero, M. / Pastor, F.J. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2019年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine_hist.d_res_high / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年12月30日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
B: Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
C: Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
D: Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,4288
ポリマ－178,7144
非ポリマー2,7144
水3,459192
1
A: Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3572
ポリマ－44,6781
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3572
ポリマ－44,6781
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3572
ポリマ－44,6781
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3572
ポリマ－44,6781
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.295, 82.720, 465.317
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSAA6 - 3846 - 384
21LYSLYSBB6 - 3846 - 384
12GLYGLYAA5 - 3845 - 384
22GLYGLYCC5 - 3845 - 384
13LYSLYSAA6 - 3846 - 384
23LYSLYSDD6 - 3846 - 384
14LYSLYSBB6 - 3846 - 384
24LYSLYSCC6 - 3846 - 384
15LYSLYSBB6 - 3856 - 385
25LYSLYSDD6 - 3856 - 385
16LYSLYSCC6 - 3846 - 384
26LYSLYSDD6 - 3846 - 384

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A / Rex


分子量: 44678.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus barcinonensis (バクテリア)
遺伝子: rex8A, DFQ00_11062 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0S2UQQ5, oligosaccharide reducing-end xylanase
#2: 多糖
alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-[beta-D-xylopyranose-(1-4)]beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D- ...alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-[beta-D-xylopyranose-(1-4)]beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 678.589 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-3[DXylpb1-4]DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a212h-1b_1-5][a211h-1a_1-4]/1-1-1-2-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(3+1)][a-L-Araf]{}[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 % / 解説: Bar
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Potassium thiocyanate, 0.1M Bis Tris propane pH 7.5. Microseeding. Co-crystallization: 5 mM 3(3)-alpha-L-arabinofuranosyl-xylotetraose. Cryoprotectant: 25% Glycerol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月20日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.52
11-K, -H, -L20.48
反射解像度: 1.85→46.62 Å / Num. obs: 129847 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5330 / CC1/2: 0.568 / Rpim(I) all: 0.377 / Rrim(I) all: 0.768 / % possible all: 80.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDS0.84データ削減
Aimless7.0.077データスケーリング
MOLREP7.0.077位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SRD

6srd


解像度: 1.86→46.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 2.931 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2633 6472 5 %RANDOM
Rwork0.2385 ---
obs0.2398 123280 95.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.88 Å2 / Biso mean: 33.218 Å2 / Biso min: 16.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.51 Å20 Å20 Å2
2---6.95 Å20 Å2
3---15.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→46.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12535 0 184 194 12913
Biso mean--21.56 33.16 -
残基数----1526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01313188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.01811077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4171.67717949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.241.60625720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6651528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42321.631846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.792151911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.27315102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023219
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A139470.05
12B139470.05
21A139290.05
22C139290.05
31A139820.04
32D139820.04
41B139640.05
42C139640.05
51B140130.05
52D140130.05
61C140320.04
62D140320.04
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.899 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 323 -
Rwork0.261 6260 -
all-6583 -
obs--66.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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