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- PDB-6tqq: Structural insight into tanapoxvirus mediated inhibition of apoptosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tqq
タイトルStructural insight into tanapoxvirus mediated inhibition of apoptosis
要素
  • 16L protein
  • Bcl-2-like protein 11
キーワードAPOPTOSIS / Pox virus / Bcl-2
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / developmental pigmentation / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / developmental pigmentation / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / ear development / meiosis I / mammary gland development / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of T cell apoptotic process / tube formation / regulation of organ growth / cellular response to glucocorticoid stimulus / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / NRAGE signals death through JNK / thymocyte apoptotic process / T cell homeostasis / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / B cell homeostasis / endomembrane system / positive regulation of cell cycle / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / FLT3 Signaling / response to endoplasmic reticulum stress / cell-matrix adhesion / post-embryonic development / thymus development / kidney development / positive regulation of protein-containing complex assembly / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of neuron apoptotic process / spermatogenesis / microtubule binding / regulation of apoptotic process / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / 16L protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yaba-like disease virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.00179724185 Å
データ登録者Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1007918 オーストラリア
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Structural insight into tanapoxvirus-mediated inhibition of apoptosis.
著者: Suraweera, C.D. / Anasir, M.I. / Chugh, S. / Javorsky, A. / Impey, R.E. / Hasan Zadeh, M. / Soares da Costa, T.P. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16L protein
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7403
ポリマ－20,7172
非ポリマー231
水1448
1
A: 16L protein
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子

A: 16L protein
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4806
ポリマ－41,4344
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_677x-y+1,-y+2,-z+7/31
Buried area9350 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.654, 59.654, 90.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 16L protein


分子量: 17442.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Viral Bcl-2 homolog in Tanapox virus
由来: (組換発現) Yaba-like disease virus (ウイルス)
遺伝子: 16L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9DHU6
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-L-11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 3274.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: BH3 motif of Bcl-2-like protein 11 (BIM) / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 % / 解説: Small cubic shape single crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M MIB pH 8.0, 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→51.6622258475 Å / Num. obs: 4030 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 86.2771477384 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.168 / Num. unique obs: 4030 / CC1/2: 0.996 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PHASER1.11.1_2575位相決定
XDSデータ削減
Aimless7.0.077データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Previously solved structure of TNP_Bax

解像度: 3.00179724185→51.6622258475 Å / SU ML: 0.416669645544 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34348368526 / 位相誤差: 21.9622995312
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276375214102 211 5.26315789474 %
Rwork0.242231925533 3798 -
obs0.243997220214 4009 99.8256972112 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 97.0484228492 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.00179724185→51.6622258475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1299 0 1 8 1308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003292724199211314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5539385250031763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0363384959154203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00355298483034223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5290751998828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0018-3.78180.341073634672910.2758223333791861X-RAY DIFFRACTION99.8976458547
3.7818-51.6622250.2619435253441200.2302317438271937X-RAY DIFFRACTION99.7575169738
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.9210480167 Å / Origin y: 41.8274946086 Å / Origin z: 95.3140751365 Å
111213212223313233
T0.369618422922 Å2-0.0368418913202 Å2-0.025918069006 Å2-0.389130668158 Å2-0.027985005639 Å2--0.366149412353 Å2
L0.592186852537 °20.206902629794 °2-0.224175480508 °2-2.53035222931 °20.511074171571 °2--1.56183979355 °2
S0.0124048822673 Å °0.0545475403707 Å °0.0263075918637 Å °-0.175984778348 Å °-0.160693117809 Å °-0.0687473076326 Å °0.187948160071 Å °-0.0882600732321 Å °-2.74569332755E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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