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- PDB-6tqa: X-ray structure of Roquin ROQ domain in complex with a UCP3 CDE2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tqa
タイトルX-ray structure of Roquin ROQ domain in complex with a UCP3 CDE2 SL RNA motif
要素
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*(CCC))-3')
  • Roquin-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / roquin / ROQ domain / RNA binding / CDE2
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / T follicular helper cell differentiation ...negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / T follicular helper cell differentiation / regulation of germinal center formation / P-body assembly / miRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of activated T cell proliferation / T cell homeostasis / B cell homeostasis / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to interleukin-1 / lymph node development / T cell proliferation / spleen development / regulation of mRNA stability / mRNA 3'-UTR binding / P-body / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / RING-type E3 ubiquitin transferase / RNA stem-loop binding / protein polyubiquitination / cytoplasmic stress granule / ubiquitin-protein transferase activity / double-stranded RNA binding / T cell receptor signaling pathway / regulation of gene expression / mRNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1790 / Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1790 / Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Roquin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Binas, O. / Tants, J.-N. / Peter, S.A. / Janowski, R. / Davydova, E. / Braun, J. / Niessing, D. / Schwalbe, H. / Weigand, J.E. / Schlundt, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the recognition of transiently structured AU-rich elements by Roquin.
著者: Binas, O. / Tants, J.N. / Peter, S.A. / Janowski, R. / Davydova, E. / Braun, J. / Niessing, D. / Schwalbe, H. / Weigand, J.E. / Schlundt, A.
履歴
登録2019年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roquin-1
E: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*(CCC))-3')
B: Roquin-1
F: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*(CCC))-3')
C: Roquin-1
G: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*(CCC))-3')
D: Roquin-1
H: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*(CCC))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,25312
ポリマ－109,1228
非ポリマー1314
水5,314295
1
A: Roquin-1
E: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*(CCC))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3514
ポリマ－27,2812
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10510 Å2
手法PISA
2
B: Roquin-1
F: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*(CCC))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3163
ポリマ－27,2812
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area10560 Å2
手法PISA
3
C: Roquin-1
G: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*(CCC))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2812
ポリマ－27,2812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
4
D: Roquin-1
H: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*(CCC))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3053
ポリマ－27,2812
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.530, 160.660, 68.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Roquin-1 / Roquin / Protein Sanroque / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type ...Roquin / Protein Sanroque / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type zinc finger domain-containing protein 1


分子量: 20528.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rc3h1, Gm551, Kiaa2025 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4VGL6, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*(CCC))-3')


分子量: 6751.968 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 250 mM ammonium sulphate and 30% (v/w) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 35375 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 55.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 14.05
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.837 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 2623 / CC1/2: 0.63 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QI0

4qi0


解像度: 2.4→42.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 22.289 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.522 / ESU R Free: 0.292
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1720 4.9 %RANDOM
Rwork0.1968 ---
obs0.2001 33655 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 164.31 Å2 / Biso mean: 55.195 Å2 / Biso min: 25.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.78 Å2-0 Å2-1.1 Å2
2---2.2 Å20 Å2
3---0.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→42.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4803 1796 4 295 6898
Biso mean--56.91 49.2 -
残基数----685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0126935
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0185552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7961.5519770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4151.79512963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3415609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.66721.237283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.25315948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg181548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021485
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 116 -
Rwork0.294 2502 -
all-2618 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.23260.6248-0.19350.53410.14590.36570.08750.0220.1017-0.00310.027-0.03990.0655-0.0013-0.11450.31330.03660.0830.55530.00310.5005-2.639113.606816.7748
20.7507-0.0055-0.2021.0078-0.04540.70670.1295-0.04180.20150.05850.09740.1019-0.1633-0.2332-0.22680.38510.02510.130.4254-0.04050.5761-14.470925.554325.0498
31.51250.06650.51211.0030.27210.2460.15190.18310.21780.003-0.1576-0.14420.0682-0.02950.00570.26320.07460.16460.60220.09240.5119-14.106618.1173-13.8264
43.3534-0.183-0.12160.0163-0.00510.76660.184-0.05620.57810.02010.0135-0.0794-0.1164-0.5447-0.19760.52970.1099-0.00410.4170.00240.6409-26.000429.0967-3.4347
50.7320.4533-0.03280.9987-0.33710.21360.18080.0717-0.14340.0493-0.09630.1423-0.06010.0555-0.08460.31360.04250.0030.5603-0.02120.5092-36.215-9.1997-7.2441
61.594-0.89220.36011.7731-0.04270.50010.24040.213-0.53150.0632-0.075-0.0609-0.08540.2274-0.16540.37480.0372-0.0690.3447-0.02110.6512-21.6968-21.352-8.5785
70.8152-1.32180.68972.3175-1.16240.5988-0.1025-0.0751-0.31980.06580.41450.5491-0.0789-0.1432-0.3120.3872-0.02780.05130.56980.11910.5586-25.0684-13.213926.409
81.26631.05221.61872.56810.18543.0784-0.110.1722-0.3889-0.11620.289-0.2581-0.15530.2927-0.1790.4343-0.00380.06870.20530.1860.7672-10.5289-25.649127.5099
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A174 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2E1 - 21
3X-RAY DIFFRACTION3B177 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4F1 - 21
5X-RAY DIFFRACTION5C175 - 325
6X-RAY DIFFRACTION6G1 - 21
7X-RAY DIFFRACTION7D177 - 325
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 21

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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