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- PDB-6tq0: Crystal structure of the human Arc N-lobe bound to repeat peptide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tq0
タイトルCrystal structure of the human Arc N-lobe bound to repeat peptide 5 from GKAP
要素
  • Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
  • repeat peptide 5 from GKAP
キーワードPROTEIN BINDING / Arc / capsid homology / GKAP
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic endosome / virus-like capsid / vesicle-mediated intercellular transport / neuronal ribonucleoprotein granule / postsynaptic specialization / clathrin-coated vesicle membrane / endoderm development / regulation of dendritic spine morphogenesis / NGF-stimulated transcription / dendritic spine morphogenesis ...postsynaptic endosome / virus-like capsid / vesicle-mediated intercellular transport / neuronal ribonucleoprotein granule / postsynaptic specialization / clathrin-coated vesicle membrane / endoderm development / regulation of dendritic spine morphogenesis / NGF-stimulated transcription / dendritic spine morphogenesis / regulation of cell morphogenesis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Neurexins and neuroligins / regulation of long-term synaptic potentiation / response to morphine / anterior/posterior pattern specification / regulation of long-term synaptic depression / regulation of neuronal synaptic plasticity / mRNA transport / long-term memory / cytoskeleton organization / acrosomal vesicle / learning / long-term synaptic potentiation / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / protein homooligomerization / endocytosis / extracellular vesicle / cell migration / actin cytoskeleton / cell cortex / early endosome membrane / chemical synaptic transmission / response to ethanol / molecular adaptor activity / dendritic spine / postsynaptic density / membrane raft / mRNA binding / neuronal cell body / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / structural molecule activity / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SAPAP family / Guanylate-kinase-associated protein (GKAP) protein / : / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, capsid domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, C-terminal domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, N-terminal domain / Arc C-lobe / Arc MA domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Disks large-associated protein 1 / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hallin, E.I. / Bramham, C.R. / Kursula, P.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Norwegian Research Council249951 ノルウェー
引用ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2021
タイトル: Structural properties and peptide ligand binding of the capsid homology domains of human Arc.
著者: Hallin, E.I. / Bramham, C.R. / Kursula, P.
履歴
登録2019年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
B: repeat peptide 5 from GKAP
C: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
D: repeat peptide 5 from GKAP
E: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
F: repeat peptide 5 from GKAP
G: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
H: repeat peptide 5 from GKAP
I: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
J: repeat peptide 5 from GKAP
K: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
L: repeat peptide 5 from GKAP
M: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
N: repeat peptide 5 from GKAP
O: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
P: repeat peptide 5 from GKAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,90516
ポリマ－78,90516
非ポリマー00
水75742
1
A: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
B: repeat peptide 5 from GKAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8632
ポリマ－9,8632
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5020 Å2
手法PISA
2
C: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
D: repeat peptide 5 from GKAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8632
ポリマ－9,8632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4750 Å2
手法PISA
3
E: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
F: repeat peptide 5 from GKAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8632
ポリマ－9,8632
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4910 Å2
手法PISA
4
G: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
H: repeat peptide 5 from GKAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8632
ポリマ－9,8632
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4890 Å2
手法PISA
5
I: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
J: repeat peptide 5 from GKAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8632
ポリマ－9,8632
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4830 Å2
手法PISA
6
K: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
L: repeat peptide 5 from GKAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8632
ポリマ－9,8632
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4800 Å2
手法PISA
7
M: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
N: repeat peptide 5 from GKAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8632
ポリマ－9,8632
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4820 Å2
手法PISA
8
O: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
P: repeat peptide 5 from GKAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8632
ポリマ－9,8632
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.310, 192.300, 39.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / hArc / Activity-regulated gene 3.1 protein homolog / Arg3.1


分子量: 8863.826 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARC, KIAA0278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7LC44
#2: タンパク質・ペプチド
repeat peptide 5 from GKAP


分子量: 999.278 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14490*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 1.2 M sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→100 Å / Num. obs: 41702 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 53.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3069 / CC1/2: 0.4 / Rrim(I) all: 2.073 / Rsym value: 1.786 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6tno

6tno


解像度: 1.95→100 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 1997 5 %
Rwork0.2209 --
obs0.2229 41626 98.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 65.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5090 0 0 42 5132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75457039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0517627
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.88493038

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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