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- PDB-6tpr: PqsR (MvfR) bound to inhibitory compound 40 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tpr
タイトルPqsR (MvfR) bound to inhibitory compound 40
要素Transcriptional regulator MvfR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Pseudomonas aeruginosa / Quorum sensing
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / : / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / : / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NV5 / Transcriptional regulator MvfR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Richardson, W.K. / Emsley, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Front Chem / 年: 2020
タイトル: Hit Identification of New Potent PqsR Antagonists as Inhibitors of Quorum Sensing in Planktonic and Biofilm GrownPseudomonas aeruginosa.
著者: Soukarieh, F. / Liu, R. / Romero, M. / Roberston, S.N. / Richardson, W. / Lucanto, S. / Oton, E.V. / Qudus, N.R. / Mashabi, A. / Grossman, S. / Ali, S. / Sou, T. / Kukavica-Ibrulj, I. / ...著者: Soukarieh, F. / Liu, R. / Romero, M. / Roberston, S.N. / Richardson, W. / Lucanto, S. / Oton, E.V. / Qudus, N.R. / Mashabi, A. / Grossman, S. / Ali, S. / Sou, T. / Kukavica-Ibrulj, I. / Levesque, R.C. / Bergstrom, C.A.S. / Halliday, N. / Mistry, S.N. / Emsley, J. / Heeb, S. / Williams, P. / Camara, M. / Stocks, M.J.
履歴
登録2019年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年5月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _citation.country ..._atom_site.auth_asym_id / _citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id
改定 2.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1922
ポリマ－26,7491
非ポリマー4421
水362
1
A: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3834
ポリマ－53,4982
非ポリマー8852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area2180 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.754, 118.754, 115.242
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator MvfR


分子量: 26749.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
遺伝子: mvfR, PA14_51340 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2Z7A6
#2: 化合物 ChemComp-NV5 / 2-[(5-methyl-[1,2,4]triazino[5,6-b]indol-3-yl)sulfanyl]-~{N}-(4-pyridin-2-yloxyphenyl)ethanamide


分子量: 442.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H18N6O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Sodium citrate, 200 mM Ammonium acetate, 3% (v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→115.242 Å / Num. obs: 8390 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.234 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 1.392 / Num. unique obs: 1466 / CC1/2: 0.982 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6q7w, 4jvc

6q7w

4jvc


解像度: 3.2→115.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 20.575 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.717 / ESU R Free: 0.357 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2419 413 4.942 %RANDOM
Rwork0.2066 ---
all0.208 ---
obs-8357 99.916 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 125.861 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4 Å22 Å20 Å2
2--4 Å20 Å2
3----12.976 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→115.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1594 0 32 2 1628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0121660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.6282256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3935202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.4521.42991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.50315271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7921514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2780.2815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21152
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2720.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1750.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.35712.39811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.16218.5621012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.85112.715848
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.70118.8651244
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it19.136169.9182555
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.2830.333280.38565X-RAY DIFFRACTION99.6639
3.283-3.3730.449250.341564X-RAY DIFFRACTION100
3.373-3.4710.356290.313532X-RAY DIFFRACTION100
3.471-3.5780.306330.313519X-RAY DIFFRACTION100
3.578-3.6950.274330.281514X-RAY DIFFRACTION100
3.695-3.8250.332250.244493X-RAY DIFFRACTION100
3.825-3.9690.254310.237481X-RAY DIFFRACTION100
3.969-4.1310.231180.217466X-RAY DIFFRACTION100
4.131-4.3140.337210.191437X-RAY DIFFRACTION100
4.314-4.5240.258160.164442X-RAY DIFFRACTION100
4.524-4.7690.187160.125416X-RAY DIFFRACTION100
4.769-5.0570.164180.135390X-RAY DIFFRACTION100
5.057-5.4060.163140.157379X-RAY DIFFRACTION100
5.406-5.8380.2210.171335X-RAY DIFFRACTION100
5.838-6.3930.27140.203330X-RAY DIFFRACTION100
6.393-7.1450.29310.206280X-RAY DIFFRACTION100
7.145-8.2450.174130.192264X-RAY DIFFRACTION100
8.245-10.0860.114120.154226X-RAY DIFFRACTION100
10.086-14.2090.11870.157190X-RAY DIFFRACTION100
14.209-115.240.34580.381121X-RAY DIFFRACTION97.7273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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