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- PDB-6tpm: Crystal structure of AmpC from E.coli with Relebactam (MK-7655) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tpm
タイトルCrystal structure of AmpC from E.coli with Relebactam (MK-7655)
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta lactamase / antibiotic resistance / diazabicyclooctane / DBO
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MK7 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Lang, P.A. / Leissing, T.M. / Schofield, C.J. / Brem, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MRF-145-0004-TPG-AVISO 英国
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2021
タイトル: Structural Investigations of the Inhibition of Escherichia coli AmpC beta-Lactamase by Diazabicyclooctanes.
著者: Lang, P.A. / Leissing, T.M. / Page, M.G.P. / Schofield, C.J. / Brem, J.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5989
ポリマ－39,5881
非ポリマー1,0108
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.500, 138.500, 138.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-603-

ZN

21A-608-

CL

31A-961-

HOH

41A-966-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Cephalosporinase


分子量: 39587.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: ampC, ampA, b4150, JW4111 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase

-
非ポリマー , 7種, 312分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-MK7 / (2S,5R)-1-formyl-N-(piperidin-4-yl)-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / MK-7655, bound form


分子量: 350.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H22N4O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 26% PEG6000, 0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH=6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→56.54 Å / Num. obs: 48671 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 77.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 31.6 / Num. measured all: 3750555
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.72-1.7676.93.9771.735350.7240.4544.003100
7.69-56.5461.30.047106.966810.0060.04799.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.72 Å56.54 Å
Translation5.72 Å56.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IEM

1iem


解像度: 1.72→46.167 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1953 2443 5.03 %
Rwork0.169 --
obs0.1703 48609 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.56 Å2 / Biso mean: 38.5066 Å2 / Biso min: 14.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→46.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2727 0 78 313 3118
Biso mean--61.59 44.65 -
残基数----358
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.7203-1.75540.25371130.26832689
1.7554-1.79350.27441400.23632658
1.7935-1.83530.21321570.21832647
1.8353-1.88120.24811380.21122670
1.8812-1.9320.22621550.20432669
1.932-1.98890.22071440.19632679
1.9889-2.05310.21681460.18752658
2.0531-2.12650.1921550.17872670
2.1265-2.21160.17741530.17152693
2.2116-2.31220.22021530.17012680
2.3122-2.43410.19821270.16532708
2.4341-2.58660.20821240.16992736
2.5866-2.78630.19671380.17582728
2.7863-3.06670.20461530.17032741
3.0667-3.51030.18861580.17012740
3.5103-4.42210.17891230.13452830
4.4221-46.1670.18291660.17092970
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0145-0.7071-0.53699.8292-2.23632.96750.0260.0056-0.0532-0.2421-0.1277-0.13780.1093-0.1120.09340.2379-0.00390.00090.2909-0.00870.2255-3.2361-0.34216.7224
24.35382.2326-0.63435.63250.86432.84810.1423-0.3378-0.04280.2798-0.1065-0.4561-0.07410.2276-0.05870.1769-0.0105-0.00990.21490.00440.15760.53991.855417.5317
37.54581.8655-4.6190.6969-0.99273.57210.3256-0.15740.24070.2961-0.10550.0048-0.33430.1225-0.22460.3483-0.02670.00450.2682-0.04240.2216-13.15065.419628.6601
42.51680.6457-0.08752.3078-1.05252.02160.2884-0.28450.39860.538-0.07170.424-0.5719-0.2416-0.25840.487-0.0010.12890.3336-0.03550.2875-30.46948.400343.674
53.4574-0.2111-0.6594.79942.26315.6250.3292-0.3040.7330.49380.12050.1052-0.73450.0461-0.33520.51770.03590.16950.2588-0.0270.3519-27.14117.905436.1138
61.78180.1111-0.3391.8975-0.11682.40930.1846-0.06260.4220.24050.1470.113-0.7277-0.518-0.31990.44250.0840.14050.31470.01650.3125-29.057214.001330.7994
73.38920.5737-1.96081.4011-0.69352.90190.2866-0.63190.02730.3689-0.1752-0.0652-0.26410.5377-0.12690.3991-0.083-0.03650.4558-0.01440.2364-10.71141.229439.5242
83.49381.1172-1.49133.9453-0.12412.01830.0902-0.37250.31950.22940.0927-0.2011-0.25160.3887-0.17640.3033-0.0726-0.01320.3316-0.03940.2022-5.81137.659928.6378
98.5272-5.4034-0.55039.1689-0.58154.406-0.4411-0.346-0.63290.5520.20590.28520.25380.07060.23350.3189-0.06730.08470.23580.00130.2398-20.0597-10.470632.7027
108.0061-1.2149-2.93133.70053.88697.70710.09560.56330.2931-0.03510.05580.0855-0.2821-0.4949-0.1170.28590.01730.03410.28920.05150.2432-28.46131.660821.3769
112.5716-0.6408-1.71995.5305-1.79433.45490.11920.32220.3080.03010.1328-0.084-0.1155-0.3345-0.2120.25780.0559-0.0060.39870.01870.2502-24.16187.475312.3806
126.44772.0869-1.30843.1378-0.57462.6170.01140.0805-0.08370.09450.04180.0926-0.0144-0.2474-0.05210.19590.00610.00390.1610.00480.1133-21.19840.031720.7682
133.6631-0.0812-0.60525.1069-0.62993.01070.05420.1296-0.1063-0.16910.01250.2987-0.1146-0.1962-0.06790.2008-0.00330.01440.2523-0.00440.1828-12.15640.81912.5809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 23 )A4 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 54 )A24 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 55 through 79 )A55 - 79
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 80 through 98 )A80 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 99 through 137 )A99 - 137
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 138 through 162 )A138 - 162
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 163 through 192 )A163 - 192
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 193 through 238 )A193 - 238
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 239 through 256 )A239 - 256
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 257 through 275 )A257 - 275
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 276 through 297 )A276 - 297
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 298 through 332 )A298 - 332
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 333 through 361 )A333 - 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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