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- PDB-6top: Structure of the PorE C-terminal domain, a protein of T9SS from P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6top
タイトルStructure of the PorE C-terminal domain, a protein of T9SS from Porphyromonas gingivalis
要素(OmpA family protein) x 2
キーワードPROTEIN BINDING / Peptidoglycan binding protein Type IX secretion system Porphyromonas gingivalis
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Outer membrane protein, bacterial / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / : / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like ...WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Outer membrane protein, bacterial / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / : / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MLD / OmpA family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis JCVI SC001 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Trinh, T.N. / Cambillau, C. / Roussel, A. / Leone, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE11-0019-01 フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Type IX secretion system PorE C-terminal domain from Porphyromonas gingivalis in complex with a peptidoglycan fragment.
著者: Trinh, N.T.T. / Tran, H.Q. / Van Dong, Q. / Cambillau, C. / Roussel, A. / Leone, P.
履歴
登録2019年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2020年6月17日ID: 6I9O
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OmpA family protein
B: OmpA family protein
C: OmpA family protein
D: OmpA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,53212
ポリマ－68,7534
非ポリマー3,7808
水13,583754
1
A: OmpA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5483
ポリマ－17,6031
非ポリマー9452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: OmpA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9953
ポリマ－17,0501
非ポリマー9452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: OmpA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9953
ポリマ－17,0501
非ポリマー9452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: OmpA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9953
ポリマ－17,0501
非ポリマー9452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)208.030, 52.220, 66.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 OmpA family protein


分子量: 17602.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis JCVI SC001 (バクテリア)
遺伝子: A343_1565 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T2NEY1
#2: タンパク質 OmpA family protein


分子量: 17050.070 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis JCVI SC001 (バクテリア)
遺伝子: A343_1565 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T2NEY1
#3: 化合物
ChemComp-MLD / GLCNAC(BETA1-4)-MURNAC(1,6-ANHYDRO)-L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-A2PM-D-ALA / 2-ACETAMIDO-2-DEOXY-BETA-D-GLUCOPYRANOSE(BETA1-4)-2-ACETAMIDO-1,6-ANHYDRO-3-O-[(R)-1-CARBOXYETHYL]-2-DEOXY-BETA-D-GLUCOPYRANOSE-L-ALANYL-GAMMA-D-GLUTAMYL-MESO-DIAMINOPIMELYL-D-ALANINE


分子量: 921.899 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H59N7O20 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M sodium acetate 0.1M MES 30% (w/v) PEG2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→49.35 Å / Num. obs: 96340 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 22 % / Biso Wilson estimate: 29.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 14 % / Num. unique obs: 5637 / CC1/2: 0.85 / % possible all: 77.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (3-OCT-2019)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU R Cruickshank DPI: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Blow DPI: 0.085 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.082
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 4772 4.96 %RANDOM
Rwork0.1899 ---
obs0.1911 96279 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8087 Å20 Å2-0.5618 Å2
2--1.4898 Å20 Å2
3----0.6811 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4812 0 125 756 5693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085022HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.956784HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1853SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes876HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5022HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.61
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion661SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5363SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.55→2 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3276 113 5.87 %
Rwork0.32 1813 -
all0.3205 1926 -
obs--73.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3740.5312-00.9283-0.02621.4759-0.1110.2451-0.1575-0.07470.1559-0.06030.0698-0.0163-0.0449-0.0843-0.04080.01960.0485-0.0305-0.070566.231-7.4856-8.8948
21.50530.44370.45211.10070.04891.965-0.0687-0.08530.19870.0122-0.06070.1266-0.1736-0.29390.1295-0.09020.0492-0.01810.0154-0.0228-0.05761.472611.832315.1289
31.91990.5008-0.16881.38690.23932.3117-0.18920.435-0.2282-0.11010.1834-0.2305-0.02060.39130.0058-0.1499-0.07870.04170.0946-0.065-0.077789.2134-2.9776-7.9581
41.6320.28160.55990.87650.57361.8908-0.06960.05350.08760.0199-0.0035-0.0538-0.13220.0180.0731-0.04140.0042-0.0428-0.10280.02-0.023484.165912.818119.046
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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