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- PDB-6to4: Imine Reductase from Myxococcus stipitatus in complex with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6to4
タイトルImine Reductase from Myxococcus stipitatus in complex with NADP+
要素Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Imine / Amine / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent reductive aminase-like, C-terminal domain / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus stipitatus DSM 14675 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Sharma, M. / Nestl, B. / Grogan, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M006832/1 英国
引用ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2021
タイトル: Inverting the Stereoselectivity of an NADH-Dependent Imine-Reductase Variant
著者: Stockinger, P. / Borlinghaus, N. / Sharma, M. / Aberle, B. / Grogan, G. / Pleiss, J. / Nestl, B.
履歴
登録2019年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase
B: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase
C: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase
D: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,3387
ポリマ－126,1084
非ポリマー2,2303
水2,738152
1
A: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase
D: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7973
ポリマ－63,0542
非ポリマー7431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10140 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area21750 Å2
手法PISA
2
B: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase
C: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5414
ポリマ－63,0542
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11770 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area20890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.707, 42.584, 121.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEUAA3 - 2903 - 290
21PROPROLEULEUBB3 - 2903 - 290
12LYSLYSLEULEUAA2 - 2902 - 290
22LYSLYSLEULEUCC2 - 2902 - 290
13THRTHRLYSLYSAA6 - 2916 - 291
23THRTHRLYSLYSDD6 - 2916 - 291
14PROPROLEULEUBB3 - 2903 - 290
24PROPROLEULEUCC3 - 2903 - 290
15THRTHRLYSLYSBB6 - 2916 - 291
25THRTHRLYSLYSDD6 - 2916 - 291
16THRTHRLYSLYSCC6 - 2916 - 291
26THRTHRLYSLYSDD6 - 2916 - 291

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase


分子量: 31526.998 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myxococcus stipitatus DSM 14675 (バクテリア)
遺伝子: MYSTI_01767 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L7U9F5
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5; 300 mM NaCl; 0.2 M ammonium acetate; 25% (w/v) PEG 3350; 5 mM NADP+

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→49.32 Å / Num. obs: 52197 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.29→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 4505 / CC1/2: 0.93 / Rpim(I) all: 0.28

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OCM

5ocm


解像度: 2.29→49.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.624 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.232
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2395 2520 4.8 %RANDOM
Rwork0.2117 ---
obs0.2131 49666 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.89 Å2 / Biso mean: 51.36 Å2 / Biso min: 26.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å2-0 Å21.72 Å2
2--2.3 Å2-0 Å2
3----1.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→49.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8287 0 144 152 8583
Biso mean--43.19 43.62 -
残基数----1146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0158556
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.7611669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4821.75717696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62851134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74821.854356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.901151270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6621550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021581
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A83410.09
12B83410.09
21A85430.08
22C85430.08
31A73740.08
32D73740.08
41B83760.08
42C83760.08
51B73760.09
52D73760.09
61C74140.08
62D74140.08
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.349 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 206 -
Rwork0.276 3642 -
all-3848 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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